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서울행정법원 2013.07.26 2013구합12157

부가가치세경정거부처분취소

주문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

이유

1. 처분의 경위

가. 원고는 소위 오픈마켓(Open Market)형 인터넷 쇼핑몰인 인터파크(www.interpark. com, 이하 ‘인터파크’라 한다)의 운영자로서 판매회원으로 등록한 판매자와 구매회원으로 등록한 불특정 다수의 구매자들에게 인터넷 쇼핑몰에서 재화 및 용역을 거래할 수 있도록 상품의 등록, 검색, 주문, 결제, 결제대금 예치, 배송 추적, 주문 취소, 반품, 환불, 증빙발급 등 거래에 필요한 제반 서비스를 제공하고, 그 대가로 판매회원에게서 원고의 판매자 약관에 따라 계산한 소정의 판매수수료를 받아 왔다.

나. 원고는 인터파크를 통한 거래를 활성화하기 위하여 특정 상품을 구매하는 모든 구매회원을 대상으로 상품의 판매가격 중 일정 금액 또는 일정 비율을 할인하여 주는 상품할인권(이하 ’할인권‘이라 한다) 제도를 시행하여 그 할인액만큼을 원고가 판매회원에게서 받아야 할 판매수수료에서 공제해 주면서도, 정상 판매가격을 기준으로 계산한 판매수수료를 부가가치세 과세표준으로 하여 2007년 제1기부터 2009년 제2기까지(이하 ‘이 사건 과세기간’이라 한다) 판매수수료와 관련한 부가가치세를 신고납부하였다.

다. 이후 원고는 2010. 7. 26.과 같은 해 12. 3. 피고에게 할인권이 적용되는 모든 거래의 경우 판매수수료 중 할인액 상당의 공제액은 부가가치세법(이하 ‘법’이라 하고, 그 시행령은 ‘시행령’이라 한다) 제13조 제2항 제1호, 시행령 제52조 제2항에서 정한 에누리액에 해당한다며 이미 납부한 2007년 제1기 부가가치세 중 219,682,650원, 제2기 부가가치세 중 134,028,700원, 2008년 제1기 부가가치세 중 479,789,250원, 제2기 부가가치세 중 679,494,120원, 2009년 제1기 부가가치세 중 724,229,170원, 제2기 부가가치세 중 933,748,690원에 대한...