가. 원고는 음반제작업 등을 사업목적으로 하여 1992. 10. 28. 설립된 코스닥시장 상장법인으로, 2007. 7. 18. 비상장법인인 주식회사 이텐티브이, 예당미디어 주식회사 및 주식회사 예당에이엔씨(이하 각 ‘이텐티브이’, ‘예당미디어’, ‘예당에이엔씨’라 하고, 통틀어 ‘피합병법인’이라 한다)를 흡수합병하였고, 2007. 7. 20. 합병등기를 마쳤다

(이하 ‘이 사건 합병’이라 한다. 이 사건 합병 당시 원고의 상호는 주식회사 예당엔터테인먼트였으나, 2010. 4. 1. 현재의 상호로 변경되었다). 나.

이 사건 합병 당시 원고의 합병가액은 기준주가로, 피합병법인의 합병가액은 본질가치로 평가되었고, 그에 따라 원고와 피합병법인의 합병비율이 이텐티브이, 예당미디어, 예당에이엔씨 순으로 1:4.126364, 1:2.5103030, 1:19.3863636으로 결정되었다.

다. 원고는 피합병법인의 주주에게 위 합병비율에 따라 원고의 보통주를 교부하였는바, 합병에 따른 신주 10,613,917주(액면금액 500원)를 발행ㆍ교부하였다. 라.

합병기일인 2007. 7. 18. 기준 합병신주의 발행가액 합계액은 34,325,000,000원이고, 액면총액은 5,306,958,500원(= 발행주식수 10,613,917주 × 액면금액 500원)이다.

마. 이 사건 합병으로 원고가 피합병법인으로부터 승계한 순자산의 공정가액은 1,348,000,000원이고, 원고는 합병신주의 발행가액과 피합병법인으로부터 승계한 순자산 공정가액의 차액 32,977,000,000원(=34,325,000,000원-1,348,000,000원)을 회계장부에 영업권(이하 ‘이 사건 영업권’이라 한다)으로 계상하였다.

바. 이 사건 합병 이후 원고의 회계장부는 아래 표와 같고, 원고는 이 사건 영업권을 구 법인세법 시행령 2010. 6. 8. 대통령령 제22184호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 법인세법...

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