2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2014. 2. 1. 원고에 대하여 한 2003년 귀속 양도소득세 47,393,990원의 부과처분을 취소한다.

가. 원고는 2003. 1. 17. ㅇㅇㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇ동 ㅇㅇㅇ-D 대 ㅇㅇㅇ.ㅇ㎡(이하 '이 사건 토지'라 한다)에 관하여 자신 앞으로 소유권이전등기를 경료하였고, 2003. 1. 22. 이 사건 토지 지상의 4층 건물(이하 '이 사건 건물'이라 한다)에 관하여 소유권보존등기를 경료하였다(이하 이 사건 토지와 이 사건 건물을 합쳐 '이 사건 부동산'이라 한다).

나. 원고는 2003. 4. 24. 김ㅇㅇ에게 이 사건 부동산을 양도한 뒤 2003. 7. 1. 피고에

게 이 사건 부동산의 양도가액을 5억 5,000만 원, 취득가액을 508,515,331원으로 산정하여 양도소득세 신고를 하면서 산출세액 12,356,244원에 대하여 조세특례제한법 제99조의3에 따른 신축주택 양도소득세과세특례를 적용하여 전액 감면을 신청하였다.

다. 피고는 2014. 2. 1. 이 사건 부동산의 실제 양도가액이 6억 4,650만 원임을 확인

하고 이 사건 부동산이 고가주택에 해당하여 양도소득세 감면을 부인하고 원고에게

2003년 귀속 양도소득세 47,393,990원(신고불성실 가산세 978,574원, 납부불성실 가산세 23,882,567원 포함)을 경정・고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

라. 원고는 전심 절차를 거쳤다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 2, 4호증, 을 1호증(가지번포 포함, 이하 같다)의 각

기재, 변론 전체의 취지

2. 본안전 항변에 대한 판단

가. 피고의 본안전 항변

이 사건 양도소득세는 신고납부방식의 조세로서 피고는 원고의 양도소득세 신고에

대하여 이 사건 부동산이 고가주택에 해당한다고 보아 원고가 신고한 양도소득세 감면

을 부인하고 2003년 양도소득세를 경정・고지한 것일 뿐 피고의 경정・고지과정에서

이 사건 토지의 취득가액을 문제삼지 않고 원고가 신고한 취득가액을 그대로 인정하였

는데 원고는 이 사건 토지의 취득가액이 실제 취득가액과 다르다고 주장하며 이 사건

소를 제기하였는바, 이 사건 토지의 취득가액이 당초 원고가 신고한 부분과 아무런 변

동이 없는 이상 이를 위법사유로 삼아 항고소송 대상으로 할 수 없는 것이므로 이 사

건 소는 부적법하다.

나. 판단

신고납부방식의 조세에 있어서도 피고가 원고의 양도소득세신고를 확인하고 수리한

것에 그치지 아니하고 원고가 신고한 양도소득세를 부인하고 양도소득세를 경정・고지

한 이상 항고소송이 되는 행정처분이라 할 것이고, 과세처분의 취소소송의 소송물은

과세관청이 결정한 세액의 객관적 존부로 피고가 원고가 당초 양도소득세 신고 당시

인정한 부분, 즉 이 사건 토지의 취득가액을 그대로 인정하되 다만 이 사건 부동산의

양도가액을 원고의 신고와 달리 보아 이 사건 처분을 하였다고 하더라도 원고가 양도

소득세를 경정・고지한 이 사건 처분에 대하여 과세표준 및 세액의 객관적 존부를 다

투며 행정소송을 제기한 이상 원고의 주장이 신의칙 위반에 해당하는지는 별론으로 하

더라도 원고가 당초 신고 당시 인정한 부분을 다투면서 행정소송을 제기한 것을 두고

부적법하다고 할 수 없다.

따라서 피고의 본안전 항변은 이유 없다.

3. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고의 배우자인 이AA는 안AA과 사이에 이 사건 토지를 매수하여 그 지상에 다

가구주택을 신축한 후 이를 매도한 후 이익금을 정산하기로 하는 내용의 동업계약(이

하 '이 사건 동업계약'이라 한다)을 체결하였고, 이에 따라 안ㅇㅇ는 이 사건 토지를 매수하고 이ㅇㅇ는 이 사건 건물을 완성하였는데, 이후 이 사건 동업계약을 해지하면서이ㅇㅇ가 안ㅇㅇ에게 정산금을 지급하고 이 사건 토지 및 이 사건 건물을 원고 앞으로 이전하였다. 안ㅇㅇ가 이 사건 토지에 대한 매매대금으로 지급한 돈은 2억 5,033만 원(=안ㅇㅇ의 배우자 김ㅇㅇ가 2002. 5. 15. 이 사건 토지의 이전 소유자인 한ㅇㅇ에게 지급한 2,000만 원+안ㅇㅇ가 자신의 계좌에서 2002. 6. 11. 출금한 6,135만 원과 2002.6. 12. 출금한 48,980,550원 중 1억 1,033만 원+원고가 이 사건 부동산에 설정된 근저당권의 피담보채무를 갚기 위해 지급한 121,015,754원 중 1억 2,000만 원)이고, 이ㅇㅇ가 이 사건 동업계약의 해지에 따른 정산금으로 지급한 돈은 총 264,015,754원(=2002.5. 22. 김ㅇㅇ에게 지급한 1,500만 원+2003. 1. 16. 김ㅇㅇ에게 지급한 500만 원+2003.1. 22. 안ㅇㅇ의 형인 안승우에게 지급한 121,015,754원+2003. 1. 22. 안ㅇㅇ에게 지급한 1억 원+2003. 3. 25. 김ㅇㅇ에게 지급한 2,000만 원+2003. 3. 26. 김ㅇㅇ에게 지급한 300만 원)이므로, 이 사건 토지의 매매대금은 2억 5,033만 원으로 보아야 한다. 따라서 원고가 양도소득세 감면을 받기 위해 이 사건 토지의 취득가액을 검인계약서상의 금액인 1억 7,000만 원으로 신고하였으나 실제 이 사건 토지의 취득가액은 2억 5,033만 원이므로, 이와 다른 전제에서 이루어진 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

나. 판단

매매당사자들이 작성하여 시장, 군수 등의 검인을 받은 검인계약서는 특별한 사정

이 없는 한 당사자 사이의 매매계약 내용대로 작성되었다고 추정되고, 그 계약서가 실

제와 달리 작성되었다는 점은 주장자가 입증하여야 할 것이다(대법원 1993. 4. 9. 선고93누2353 판결 참조).

이 사건에 관하여 보건대, 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 3, 5 내지 7호증, 을 2

호증의 각 기재와 이 법원의 주식회사 국민은행, 주식회사 신한은행, 주식회사 하나은

행에 대한 각 금융거래정보제출명령 회신결과에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는

다음과 같은 사정, ① 원고와 안AA 사이에 이 사건 토지의 양도와 관련하여 작성하

여 검인받은 매매계약서상 매매대금이 1억 7,000만 원으로 기재되어 있는 점, ② 안ㅇㅇ은 자신 명의 계좌에서 2002. 6. 11. 6,135만 원, 2002. 6. 12. 3,000만 원, 18,980,550원을 각 인출하였고, 원고는 자신 명의 계좌에서 2003. 1. 22. 121,015,754원을 인출한 사실은 인정되나, 위 돈이 이 사건 토지의 매매대금과 관련하여 안ㅇㅇ가 부담한 돈이라고 볼 자료가 부족한 점, ③ 원고는 이ㅇㅇ가 이 사건 동업계약의 해지에 따라 지급한 정산금이 264,015,754원인 것에 비추어 이 사건 토지의 매매대금이 2억 5,033만 원이라는 취지로 주장하나, 이ㅇㅇ가 김ㅇㅇ에게 2002. 5. 22. 1,500만 원, 2003. 1.16. 500만 원, 2003. 3. 25. 2,000만 원, 2003. 3. 26. 300만 원을 지급한 사실, 원고의 계좌에서 2003. 1. 22. 221,015,754원이 인출된 사실은 인정되지만 이ㅇㅇ가 2003. 1.22. 안승우에게 121,015,754원을 지급하였다거나 2003. 1. 22. 안ㅇㅇ에게 1억 원을 지급하였다고 볼 자료는 부족할 뿐만 아니라 김ㅇㅇ가 이ㅇㅇ에게 2002. 6. 27. 6,000만원, 2002. 7. 15. 4,000만 원, 2002. 8. 27. 3,000만 원을 지급한 점에 비추어 이ㅇㅇ가 264,105,754원을 정산금으로 지급하였다고 보기 어려운 점 등을 종합하여 보면, 원고가 제출한 증거만으로는 원고와 안AA 사이에 작성한 검인계약서가 진정하게 작성된 것이라는 추정을 번복하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

따라서 이 사건 토지의 취득가액을 검인계약서 상의 금액으로 보고 양도차익을 산정한 이 사건 처분은 적법하다.

4. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 기각한다.