가. 원고는, 2003. 7. 9. B으로부터 부산 사하구 C 대 384.9㎡ 중 10분의2 지분(이하 위 토지를 ‘이 사건 토지’라 하고, 위 지분을 ‘이 사건 지분’이라 한다)을 취득하였고, 2012. 4. 9. 이 사건 지분을 포함하여 이 사건 토지에 관한 원고 지분 중 22,550,000분의3,963,547를 D에게, 22,550,000분의3,963,547를 E에게 각 양도하였다.

나. 원고는 2012. 7. 2. 피고에게 이 사건 지분의 양도와 관련하여 양도가액은 실지거래가액 중 이 사건 지분에 해당하는 416,838,127원으로, 취득가액은 취득 당시 작성한 매매계약서를 분실하여 실지거래가액을 확인할 수 없다는 이유로 기준시가에 의한 환산가액인 319,951,427원을 적용하여 이 사건 토지 및 그 지상 건물(이하 토지 및 건물을 합하여 ‘이 사건 부동산’이라 한다) 중 원고 지분에 관한 양도소득세를 71,191,146원으로 계산하여 신고납부하였다.

다. 그런데 피고는, 원고가 2003. 7. 9.경 이 사건 지분을 B으로부터 양수할 당시 제출한 검인계약서에 의하면 이 사건 지분의 실지거래가액이 확인된다는 이유로 위 검인계약서상의 매매금액인 85,500,000원을 이 사건 지분의 취득 당시 실지거래가액으로, 416,992,017원을 양도 당시 실지거래가액으로 하여 이 사건 부동산 중 원고 지분에 관한 양도차익을 산정한 다음, 2013. 1. 11. 과세표준을 440,133,132원으로, 총결정세액을 153,657,496원(가산세 포함)으로 증액하는 경정결정을 한 다음 위 세액에서 기납부세액을 공제한 나머지 금액 82,466,350원(= 153,657,496원 - 71,191,146원)을 부과, 고지하였다

(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 라.

원고는 이 사건 처분에 불복하여 2013. 4. 15. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2013. 6. 26. 원고의 청구를 기각하는 결정을 하였다....