가. 사실관계

○甲법인은 계속사업자로 2012.5월경 실시된 2009귀속 법인세정기조사 결과 대표자 상여처분금액(43,338,358원)의 소득금액변동통지서를 2012.6.5.자로 수령함

-대표이사는 근로소득외 타 소득이 존재하여 종합소득세 확정신고를 마친 상태임

○甲법인은 소득금액변동통지서를 수령하고 2009년 귀속분에 대한 연말정산 수정신고를 하였어야 함에도 착오로 미이행함

-대표이사는 2012.7.10. 인정상여처분금액을 포함하여 종합소득세 수정신고를 마침

나. 질의요지

○세무조사결과 대표이사 상여처분된 금액에 대하여 소득금액변동통지서를 수령하였으나 연말정산 수정신고를 미이행한 경우 적용되는 국세기본법상 가산세의 종류

2. 관련법령

○ 국세기본법 제47조의3 【과소신고가산세】

① 납세자( 「부가가치세법」 제29조에 따라 납부의무가 면제된 자는 제외한다)가 법정신고기한 내에 세법에 따른 과세표준신고서를 제출한 경우로서 신고한 과세표준이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준에 미달한 경우에는 과소신고한 과세표준 상당액이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액(이하 이 항에서 "일반과소신고가산세액"이라 한다)을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 다만, 같은 법 제17조의2제3항 단서에 따라 관할 세무서장이 경정하는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2007.12.31, 2008.12.26>

② 제1항의 규정에 불구하고 부당한 방법으로 과소신고한 과세표준이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. <개정 2007.12.31>

1. 부당한 방법으로 과소신고한 과세표준에 대한 가산세액 : 과세표준 중 부당한 방법으로 과소신고한 과세표준에 상당하는 금액(이하 이 항에서 "부당과소신고과세표준"이라 한다)이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 40에 상당하는 금액(이하 이 항에서 "부당과소신고가산세액"이라 한다). 다만, 복식부기의무자 또는 법인이 신고한 소득세 과세표준 또는 법인세 과세표준이 세법에 따라 신고하여야 할 소득세 과세표준 또는 법인세 과세표준에 미달한 때에는 부당과소신고가산세액과 부당한 방법으로 과소신고한 과세표준과 관련된 수입금액(이하 이 조에서 "부당과소신고수입금액"이라 한다)에 1만분의 14를 곱하여 계산한 금액 중 큰 금액으로 한다.

2. 제1호 외의 부분에 대한 가산세액 : 과소신고한 과세표준 상당액 중 부당과소신고과세표준을 차감한 과세표준이 과세표준에서 차지하는비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액

③ 제47조의2제3항·제5항 및 제6항의 규정은 과소신고가산세의 부과에 관하여 준용한다.

④ 부당과소신고수입금액의 계산 등 과소신고가산세의 부과와 관련하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 소득세법 제80조 【결정과 경정】

① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조ㆍ제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 해당 과세기간 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조ㆍ제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 한 자(제2호 및 제3호의 경우에는 제73조에 따라 과세표준확정신고를 하지 아니한 자를 포함한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우

2. 제137조ㆍ제137조의2ㆍ제138조ㆍ제143조의4ㆍ제144조의2 또는 제146조에 따라 소득세를 원천징수한 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우로서 원천징수의무자의 폐업ㆍ행방불명 등으로 원천징수의무자로부터 징수하기 어렵거나 근로소득자의 퇴사로 원천징수의무자의원천징수 이행이 어렵다고 인정되는 경우

3. 제140조에 따른 근로소득자 소득공제신고서를 제출한 자가 사실과다르게 기재된 영수증을 받는 등 대통령령으로 정하는 부당한 방법으로 종합소득공제를 받은 경우로서 원천징수의무자가 부당공제 여부를 확인하기 어렵다고 인정되는 경우

○ 소득세법 제81조【가산세】

① 제164조 또는 제164조의2의 규정에 따라 지급명세서를 제출하여야 할 자가 해당지급조서를 그 기한 내에 제출하지 아니하였거나 제출된 지급명세서가 대통령령이 정하는 불분명한 경우에 해당하는 때에는 그 제출하지 아니한 분의 지급금액 또는 불분명한 분의 지급금액의 100분의 2에 상당하는 금액을 결정세액에 가산한다. 다만, 제출기한 경과 후 1개월 이내에 제출하는 경우에는 지급금액의 100분의 1에 상당하는 금액을 결정세액에 가산하고, 「조세특례제한법」제90조의2의 규정에 따라 가산세가 부과되는 분에 대하여는 그러하지아니하다. <개정 2007.12.31>

② 제1항의 규정을 적용하는 경우 지급받은 자가 불분명한 경우의 가산세의 적용은 해당 지급명세서에 의한 지급일이 속하는 연도의 제70조·제71조 및 제74조의 규정에 따른 과세표준확정신고기간 종료일부터 1년 내에 한한다. <개정 2007.12.31>

○ 소득세법 제158조【원천징수납부 불성실가산세】

①원천징수의무자 또는 제156조에 의하여 원천징수하여야 할 자가 징수하였거나 징수하여야 할 세액을 그 기간내에 납부하지 아니하였거나미달하여 납부한 때에는 그 납부하지 아니한 세액 또는 미달한 세액의100분의 10에 상당하는 금액을 한도로 하여 다음 각호의 금액중 큰 금액을 징수하여야 할 세액에 가산한 것을 그 세액으로 하여 납부하여야 한다. 다만, 원천징수의무자 또는 제156조에 의하여 원천징수하여야 할 자가 국가·지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 조에서 "국가등"이라 한다)인 경우에는 제2항이 정하는 바에 의한다. <개정 2007.12.31>

1. 납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 그 미달한 세액) × 납부기한의 다음날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 고려하여 대통령령이 정하는 이자율

2. 납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 그 미달한 세액)의 100분의 5

3. 관련사례

○소득세과-0882, 2011.10.28

원천징수의무자인 법인이 종업원(근로소득자)에 대한 총급여액을 일부누락하여 「소득세법」 제137조에 따른 근로소득세액의 연말정산후, 누락된 근로소득에 대해 원천징수이행상황신고서를 수정신고하여추가 납부할 세액을 납부하는 경우

원천징수의무자는 「소득세법 」제81조 제1항과 같은 법 제158조 제1항에따른 가산세를 부담하는 것이며, 근로소득자는 「국세기본법」 제47조의3에따른 가산세를 부담하지 아니하는 것이나 부당한 방법으로 해당 근로소득을 누락한 경우에는 「국세기본법」 제47조의3에 따른 가산세를 부담하는 것입니다.