가. 대구지방국세청장(이하 ‘조사청’이라 한다)이 2011.5.3.부터 2011.6.21.까지 청구법인에 대한 주류유통과정추적조사를 실시하고 청구법인의 비밀전산장부를 확보하여 이를 근거로 청구법인이 부가가치세 2008년 제1기부터 2010년 제2기 과세기간 중 주류매출세금계산서를 발행함에 있어 공급가액 OOO 상당액을 과다발행하고, OOO 상당액을 과소 발행하여 세금계산서를 사실과 다르게 발행한 것으로 확인하여 처분청에 부가가치세 및 법인세 등에 대하여 부과처분 할 것과 매 과세기간별 총 주류매출금액 대비 세금계산서교부의무 위반비율이 10%이상이라 하여 「주세법」제15조 제2항 제4호에 따라 청구법인의 종합주류도매업에 대한 면허취소를 행정처분할 것을 통보(2011.7.24.)하였다.

나. 처분청은 이에 따라 세금계산서 과다·과소발행에 대하여 세금계산서 교부불성실가산세를 적용하여 2011.8.9. 청구법인에게 부가가치세 2008년 1기분 OOO, 2008년 제2기분 OOO2, 2009년 제1기분 OOO, 2009년 제2기분 OOO, 2010년 제1기분 OOO, 2010년 제2기분 OOO과 법인세 2009사업연도분 OOO, 2010사업연도분 OOO을 각각 경정·고지하는 한편, 벌과금 통고처분OOO을 하면서 종합주류도매업면허를 취소할 것임을 예고 통지하였다.

다.청구법인은 이에 불복하여 2011.10.14. 이의신청을 거쳐 2012.3.2.심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1)처분청은 주류의 주문 및 출고관리와 수당제 판매직원 실적관리를 위한 청구법인의 “내부관리용 전산자료”를 실제 판매내역으로 보고 세금계산서 발행내역과 단순비교하여 그 차액에 대한 충분한 소명이나 규명이 되지않은 불명확한 자료를 근거로 부과 처분한 것으로,부과처분의 근거에 대한 입증책임은처분청에 있음에도 거래처및 판매사원에 대한 일체의 사실관계확인 없이 처분한 것은 실질과세 및 근거과세에 위배되는 위법한 처분이며,“내부관리용 전산자료”는 주류 출고 시 출고 수량에 판매기준단가를 적용한 금액으로 배달 인수과정에서의 수량, 단가조정, 에누리, 반품등 변동사항이 전혀반영되지 않았으며, 세금계산서 과다 및 과소발행 금액이거래금액에비하여 미미한바, 이는 집계과정에서의 단수차이, 거래관행상의에누리 등일수도있음에도 사실관계 확인 없이 무차별 위장거래로 보아 과세한것은 부당하므로 법인세 및 부가가치세 부과처분은 취소되어야 한다.

(2) 처분청은 동일 거래처에 대한대금회수 지연에 따라 다음 과세기간에 세금계산서를 발급한 경우, 주류를공급한 과세기간에는 과소발행으로 다음 과세기간에는 세금계산서 과다발행으로 지연발행 가산세를 적용하여야 함에도 각각 미발행·가공발행가산세를 적용하여 세금계산서 발행의무 위반비율도 이중으로 적용한 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 조사청은 청구법인에 대한 주류유통과정 추적조사 과정에서 청구법인의 PC(경리직원 사용)에 저장된 “전산비밀장부”인 2008년OOO2009년OOO파일의 거래처별 매출금액과 세금계산서 합계표를 대사하여 과다·과소발급 사실 적출한 것으로, 청구법인은 실거래내용인 “전산비밀장부”와 세금계산서 발행내용이 다름에도 판매대금 수령 근거인 주류구매카드 결제금액을 세금계산서 금액과 일치시켜 주류구매카드 결제금액이 세금계산서 발행을 위하여 실거래와 관계없이 조작 발행하였고, 판매대금 수령에 대하여 주류구매카드 이외의 현금수령 또는 통장수금 등의 구체적인 증거서류는 전혀 제출하지 않았고, 조사 당시에도 대금수령에 관한 서류는 주류구매카드만 확인이 가능하였고 다른 자료는 발견할 수 없었으며, 기타 판매일보 등 원시자료 제시가 없으므로 조사당시 실제 거래장부로 인정한 전산파일을 근거로 세금계산서발행내역을 대사하여 세금계산서 과소·과다발행으로 과세한 처분은 정당하다.

(2)「조 세범처벌법」제11조의2 제1항 및 같은 조 제4항에 위반하여세금계산서를 발행하지 않거나 가공 발행한 경우에는 각각 별개의 범죄행위가성립하는 것으로같은 법 제11조의2 제1항 및제4항위반금액은 합산되어야 하고, 위반금액의 합산액이 총 주류매출금액 또는 총 주류매입금액의10% 이상인 때에 그 면허를 취소하는 것으로, 「주세법」제15조 제2항 제4호의 규정에의한 세금계산서 교부의무위반 등의 금액을 산정함에 있어서무자료금액과 가공거래금액을 합하여 계산함이 타당하다(대법원 2009두2139, 2009.4.23. 같은 뜻).

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

ⓛ 이 건 세무조사 절차상 중대한 하자(거래상대방 및 영업사원 에 대한 확인조사 생략 등)가 있으므로 이 건 과세처분을 취소하여야 한다는 청구주장의 당부

② 세금계산서의 단순한 지연발급을 미발급 및 가공발급으로 보아 가산세 등을 과세하고, 세금계산서 발행의무 위반비율을 산정한 처분이 부당하다는 청구주장의 당부

다. 사실관계 및 판단

(1)「 국세기본법」제16조(근거과세) 제1항은 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하도록 하였고, 「부가가치세법」제9조(거래 시기) 제1항 제1호는 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때를 재화의 공급시기로 보도록 하였으며, 같은 법 제22조(가산세) 제3항 제1호는 제16조 제1항의 규정에 따른 세금계산서를 교부하지 아니한 경우 그 공급가액에 대하여 100분의2에 해당하는 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 빼도록 하였고,「조 세범처벌법」제11조의2(세금계산서 교부의무위반 등) 제1항 제1호 및 제2호는,세금계산서를 발급하지 아니하거나 거짓으로 기재하여 발급한경우나 거짓으로 기재한 매출처별세금계산서합계표를 제출한 경우는 1년 이하의 징역 또는 공급가액에 부가가치세의 세율을 적용하여 계산한 세액의 2배 이하에 상당하는 벌금에 처하도록 규정하고 있다.

(2) 쟁점ⓛ에 대하여 살펴본다.

(가) 조사청은 청구법인(영업직원 9명, 주류운반차량 7대 보유하여 대구시내 음식점 등에 주류판매)에 대한 주류유통과정추적조사 를 실시하여 주류창고 입·출고대장, 영업사원 판매일보, 미수금관리 장부 등에 의한 구체적인 해명 및 증빙자료의 제시가 없고, 청구법인의 경리여직원이 장부정리 방법 등을 요약하여 기록한 메모를 근거로 청구법인의 2008부터 2009사업연도에 대하여는 전산관리장부OOO를, 2010사업연도에 대하여는 미수금대장과 미수금화일을 실지거래 파일 및 장부로 보아 이를 신고한 (매출)세금계산서합계표와 대사한 결과, 청구법인이 세금계산서를 실거래와 관계없이 조작·발행한 것으로 보고 공동대표이사인 하재서와 이태희의 확인서, 문답서 및 전말서에 의하여 실거래내용을 관리하는 파일임을 확인하여 아래 <표1>과 같이 소규모 영세음식점인 죽전구이 등 1,200개 업소에 대하여는 실 매출액 보다 OOO(공급가액)의 세금계산서를 과소·미발행하고, 유흥업소인 베이징가요방식주점 등 1,028개 업소에 대하여는 OOO(공급가액)의 세금계산서를 과다·위장 발행한데 대하여 관련 부가가치세 및 법인세 등을 추징하고, 세금계산서 위장발행분에 대하여는 관할 세무서에 과세자료를 통보하고, <표2>와 같이 과세기간별 세금계산서 발급의무 위반내역을 적출하여 <표3>과 같이 벌과금 통고처분 청구법인 OOO, 공동대표이사 하OOO와 이OOO에게 OOO 및 OOO을 각 통보하면서 2008년 제2기에 그 위반비율이 104.1.%로 주류판매면허 취소사유에 해당한 것으로 보아 종합주류도매업면허를 취소할 것 등을 처분청에 통보하자 처분청은 이에 따라 이 건 과세처분 및 통고처분 등을 한 것으로 나타난다.

OOO

(나) 청구법인은조사청이 2011.5.3.부터 2011.6.21.까지(50일간) 주류유통과정추적조사를 실시한바, 주류유통과정추적조사는 주류의 매입·출고·배달·대금결제 및 세금계산서 교부 등 전반에 대하여 흐름에 따라 추적하여, 세금계산서 과소, 과다발행 여부에 대한 사실관계를 확인·조사가 유통과정추적조사임에도 거래처 및 판매사원에 대한 일체의 사실관계 확인도 없이 거래처와 판매사원별 주류출고내역 등을 수록한 전산자료와 세금계산서 발행내역과의 단순 차이에 대하여 이를 모두 과소 또는 과다 발행으로 단정하여 부과 처분하였다며, 이에 대한 증빙자료로금융증빙, 판매사원거래처별 판매내역, 통고서 등을 제출하였다.

1) 청구법인은 조사청이 제시한 “세금계산서 과소, 과다 발행 내역”에 대하여 “직원명의 입력된 건은 거래처의 실제 상호가 입력된 거래처에 판매한 것도 있으며, 직원명의로 출고된 부분에 대하여 실제 거래처에 판매한 근거를 준비하여 추가로 제출하겠다”고 2011.6.15 작성된 전말서에서 입장을 밝혔고, 청구법인이 혐의에 대한 소명할 책임은 있다고 하더라도, 거래처가 1,200여개로서연간 거래건수가 7만여 건에 달하며, 조사종결 4일을 남겨둔 시점에서 판매직원별 거래처별 자료를 별도 관리하고 보관하고 있지 않아 기간 내에 제시가 물리적으로 어려운 상황이었다.

2) 조사청이 “전산비밀장부”라고 한 전산데이터는 주류출고 시 일반거래처별 및 수당제 판매직원별 주류 출고내용을 수록한 데이터로서판매가 확정되지 않은 상태의 자료일 뿐 비밀장부가 아닌 것으로 청구법인은 2008년에는 OOO의 OOO 프로그램을, 2009년경에는 주식회사 OOO의 프로그램을 사용하였고, 2010년 1월경부터는 OOO라는 프로그램을 사용하고 있으며, 2008년, 2009년 데이터로 사용하지 않는 과거의 자료가 직원 컴퓨터에 저장되어 남아있는 상태로 아래 <표4>와 같이 유사한 두 개의 전산화일 중 조사청이 비밀 전산장부라고 한 전산파일은 단순히 주문과 출고만을 관리하던 파일이고 하나는 거래처별 주류판매계산서, 수금 및 미수금, 공병관리 및 세금계산서 발행 등 주류판매 전반을 통합 관리하던 파일일 뿐이다.

OOO

3) 문제의 원시 전산자료에는 출고 시 출고수량에 판매기준단가를 적용한 금액을 수록하고, 거래처에 배달, 거래처가 인수과정에서의 수량, 단가, 에누리 및 반품 등 변동 사항은 반영되지 않는 자료로 출고 → 배달 → 인수 → 대금결제(주류카드 또는 입금) 등이 종료되면, 주류판매계산서를 작성 확정된 매출수량, 금액, 대금결제 등을 주류 판매관리전산프로그램에 입력 관리하며 세금계산서는 고정거래처의 경우 월 합계로 발급하였다.

4)수당제 판매직원 명의의 출고 주류에 대하여 모두 세금계산서 미발행으로, 그들을 통하여 구입한 거래처에는 모두 세금계산서 과다 발행으로, 배달 인수과정에서의 수량, 단가조정, 에누리, 반품 등 변동사항이 전혀 반영되지 않은 것이고, 유사 상호 입력오류 등 불안전한 자료를 마치 확정된 판매금액으로 오인한 결과 위장거래 내역에 판매직원이 거래처에 공급하고 적법하게 세금계서를 발행하였음에도 각각 과소 과다 발행으로 단정함에 따라 위 <표2>와 같이 의무위반비율이 104.1%, 90.8% 등이다.

(다) 위 내용을 종합하여 살피건대,조사청의 이 건 세무조사가 주류유통과정추적조사이므로주류의 매입·출고·배달·대금결제 및 세금계산서 교부 등 전반에 대하여 흐름에 따라 추적하여 세금계산서 과소 및 과다발행 여부에 대한 사실관계를 확인·조사하여야 함에도 이 건의 경우에는 당해 주류를 구입한 거래처 및 판매사원 등에 대한 사실 확인조사 없이 청구법인의 전산내부 자료와 세금계산서만을 대사한 후 처분청이 세금계산서 과소·과다발행을 확정한 것으로 보이고,

또한, 주류 판매에 대한 세금계산서 발행금액과 주류구매카드금액이 서로 일치하고, 대표이사 이OOO는 전말서에서 주류 판매와 관련하여 청구법인의 내부전산자료가 판매사원의 수당내역 및 미수금관리를 목적으로 작성한 것이고, 2008년 이후 전산을 3회 변경한 것으로 당해 전산자료는 판매가 확정되지 아니한 상태이며, 거래처 상호 란에 직원명이 입력된 건은 거래처의 실제 상호가 입력된 거래처에 판매된 경우가 있어 처분청의 세금계산서 과다·과소발행사실을 인정하지 못한다고 진술한 점, 과소발행 및 과다발행에 대하여 청구법인이 이를 소명하고 있는 점 등에서 이 건 주류유통과정추적조사는 충분하지 않았던 측면이 있어 보인다.

따라서, 처분청은 처분청이세금계산서 교부의무 위반금액으로 본 금액에 대하여 거래처 및 판매사원에 대한 확인 등의 방법으로 동 거래가 실지거래인지 여부를 재조사하고, 그 결과에 따라 이 건 부가가치세와 법인세의 과세표준과 세액 및 통고처분 대상금액을 경정하는 것이 합리적이라고 판단된다.

(3) 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가)청구법인은계속거래처에 대한 대금결제 지연에 따라 부득이 대금을 회수하는 다음 과세기간에 세금계산서를 발급한 경우, 주류를 공급한 과세기간에는 과소발행으로, 다음 과세기간에는 세금계산서 과다발행으로 판단하여 지연발행 가산세를 적용하여야함에도 각각 미발행∙가공발행 가산세를 적용하였고, 세금계산서 발행의무 위반비율도 이중으로 적용하였으며, 아래 <표5>의 사례와 같이 과다, 과소 발행 금액이 거래금액에 비하여 미미한 바, 이는 집계과정에서의 단수차이, 거래 관행상 에누리 등일 수도 있음에도 사실관계 확인 없이 무차별 위장거래로 단정하였고,

OOO

조사청의 “세금계산서 위장발행 내역”에 대하여 규명한바, 판매직원이 거래처에 공급한 금액, 대금회수 지연에 따른 세금계산서 지연 발행한 금액, 거래처에 배달과정에서 출고내역과의 변동사항, 기타 유사 상호 표기 오류 및 집계상 오류를 규명하면, 아래 <표6>과 같으므로 이 건 동일거래처의 계속거래의 경우의 가산세는 세금계산서 발급지연에 따른 가산세만 과세하여야 하고, 세금계산서 발행의무 위반비율을 산정 시에도 이를 감안하여야 한다고 주장한다.

OOO

(나) 처분청은「조 세범처벌법」제11조의2 제1항 및 같은 조 제4항에 위반하여 세금계산서를 발행하지 않거나 가공 발행한 경우에는 각각 별개의 범죄행위가성립하는 것으로 같은 법 제11조의2 제1항 및제4항 위반금액은 합산되어야 하고, 위반금액의 합산액이 총 주류매출금액 또는 총 주류매입금액의 10% 이상인 때에 그 면허를 취소하는 것으로 「주세법」제15조 제2항 제4호의 규정에의한 세금계산서 교부의무위반 등의 금액을 산정함에 있어서 무자료금액과 가공거래금액을 합하여 계산함이 타당(대법원 2009두2139, 2009.4.23. 같은 뜻)하므로 관련 처분은 정당하다는 의견이다.

(다) 살피건대,동일거래처에 대한공급시기에 세금계산서를 교부하지 아니하고 그 다음 과세기간에 세금계산서를 교부하고 부가가치세를 신고·납부한 경우 세금계산서를 교부하지 아니한 과세기간과 세금계산서를 교부한 과세기간 모두에 대해 가산세를 중복하여 부과하는 것은 부당하다고 보이므로 「부가가치세법」제22조 제3항 제1호를 적용하는 것이 합리적이라고 판단되고(조심 2011부3319, 2012.3.13. 같은 뜻), 세금계산서 교부의무 위반비율은 쟁점①에 대한 재조사 결과를 반영하여 다시 산정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.