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가. 원고는 1991. 2. 20.부터 공주시 B에서 ‘C’라는 상호로 주유소를 운영하여 오면서 피고로부터 조세특례제한법 제106조의2 제7항에 따른 면세유류 판매업자로 지정받아 구 농축산임어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정(2015. 2. 3. 대통령령 제26072호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘농림특례규정’이라 한다)에 따른 자격을 갖춘 농민들에게 면세유를 판매해왔다.

나. 원고는 2014. 12. 27. 농민인 D에게 면세유(경유) 172ℓ, 2014. 12. 30. 농민인 E에게 면세유(경유) 617ℓ, 합계 789ℓ(이하 ‘이 사건 면세유’라고 한다)를 매도하면서 각 면세유류구입카드로 결제하되 실제 납품은 하지 않고 추후 위 농민들이 요청할 때에 공급하여 주기로 약정한 후, 위 약정에 따라 이 사건 면세유를 원고가 운영하는 주유소에 보관하였다.

다. 원고는 2015. 1. 5. 공주세무서에 원고가 보관 중인 이 사건 면세유를 포함한 88,065ℓ에 대하여 2014. 12.분 교통에너지환경세 및 개별소비세 세액 합계 28,892,703원의 면세유류 세금환급을 신청하였다. 라.

국립농산물품질관리원 충남지원 공주세종사무소는 2015. 1. 6. 겨울철 농업용 면세유 부정사용 일제점검 계획에 따라 농업용 면세유를 12월에 집중적으로 구입한 것으로 확인된 E, D에 대하여 조사하던 중, 원고가 위와 같은 경위로 원고 주유소에 보관 중인 이 사건 면세유에 대하여 면세유류 세금환급을 신청한 사실을 확인하였다.

마. 이에 국립농산물품질관리원 충남지원 공주세종사무소는 2015. 1. 8. 피고에게 원고가 농민에게 공급하지 않은 이 사건 면세유에 대하여 개별소비세 등의 환급신청을 하였다는 이유로 조세특례제한법 위반자 통보를 하였고, 위 통보에 따라...

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