1, 2처분은 위법하다.

3. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

4. 판단

가. 재조사 금지 원칙 위반 주장에 대한 판단

1) 구 국세기본법(2014. 1. 1. 법률 제12162호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 국세

기본법'이라 한다) 제81조의4 제2항은 세무공무원은 각 호에서 정하고 있는 사유가 없

으면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다고 규정하고 있고, 제

5호는 재조사 예외 사유로 '제1호부터 제4호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정

하는 경우'를 규정하고 있고, 그 위임에 따른 구 국세기본법 시행령(2014. 2. 21. 대통

령령 제25201호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 국세기본법 시행령'이라 한다) 제63조의2 제2호는 '각종 과세자료의 처리를 위한 재조사'를 예외사유로 규정하고 있다.

2) 이 사건에 관하여 보건대, 갑 제12 내지 14호증, 을 제1, 3, 18호증의 4의 각

기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 2차 세

무조사는 1차 세무조사 당시 누락되었던 2007년 1기분 부가가치세에 대한 세무조사이

어서 동일한 과세기간, 세목에 대한 재조사로 보기 어렵고, 피고는 2차 세무조사 후

'과세자료 처리'로서 이 사건 1 처분 중 2007년 1기분 부가가치세 부분을 제외한 나머

지 부가가치세, 법인세 부과처분 및 이 사건 2 처분을 한 것이어서, 2차 세무조사가 재조사에 해당한다고 하더라도 '각종 과세자료의 처리를 위한 재조사'로서 구 국세기본법 시행령 제63조의 2 제2호에 정해진 재조사 예외사유에 해당하므로, 2차 세무조사가 재조사 금지원칙에 반하여 위법하다는 전제로 한 원고의 주장은 모두 이유 없다.

가) 피고는 1차 세무조사 당시 조사대상기간을 2003. 7. 1.부터 2003. 12. 31.까

지로 하였다가 이후 2007. 7. 1.부터 2008. 6. 30.까지를 추가하여 조사대상기간을 확

대하여 실시하였다.

나) 피고는 2013. 6. 10.부터 2013. 10. 25.까지 1차 세무조사 당시 조사대상기간

에서 누락되었던 2007. 1. 1.부터 2007. 6. 30.까지를 조사대상기간으로 하여 2차 세무조사를 실시하였다. 피고는 2차 세무조사를 실시하기 전인 2013. 5. 20. 2차 세무조사가 구 국세기본법 제81조의 4 및 같은 법 시행령 제63조의 2의 중복조사 예외사유에 해당하는지 여부를 검토하였고, 검토결과 중복조사에 해당하지 않는다고 판단하여 2차 세무조사를 실시한 것으로 보인다.

다) 2차 세무조사 관련 부가가치세 조사종결보고서(을 제1호증) 비고란, 납부고

지서(갑 제1호증의 1 내지 6, 갑 제2호증의 1 내지 9) 세액산출근거란에는 세무조사에

의한 부과처분과 과세자료 처리에 의한 부과처분이 구분되어 기재되어 있다. 이에 의

하면, 이 사건 1 처분 중 2007년 1기분 부가가치세 부과처분은 세무조사에 의한 부과

처분이고, 나머지 부과처분은 과세자료 처리에 의한 부과처분이며, 이 사건 2 처분은

전부 과세자료 처리에 의한 부과처분으로 보인다.

나. 이 사건 1 처분의 적법 여부에 관한 판단

1) 인정사실

가) 원고는 1999. 12. 3. 00 00구 00동 1316-4 405호를 본점으로 하여 '주

식회사 KWB정보통신'라는 상호로 설립되었고 그 후 주식회사 BTS, 주식회사 KWB정보통신으로 상호를 변경하였다가 2008. 5. 22. 현재 상호로 변경하고, 2011. 3.16. 00시 00구 0045번길 14, 제7층 제비-715호(00동, 00밸리 2차)로 본점을 이전하였다. 원고는 2012. 12. 31. 폐업하였다.

나) 역삼세무서장은 2011. 7. 27.부터 2011. 11. 14.까지 MJ에 대하여, 2012. 3.

20.부터 2012. 5. 15.까지 NJ에 대하여, 2012. 3. 20.부터 2012. 10. 7.까지 KTB에 대하여 세무조사를 실시하였다. MJ, NJ, KTB에 대한 세무조사 결과 요지는 다음과 같다.

다) 역삼세무서장은 MJ, NJ, KTB에 대하여 가공거래로 확인된 매출세액을

부인하고 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 경정‧고지하는 한편, MJ, NJ, 쿼터

뷰와 각 법인의 대표자(MJ의 경우 실질적인 대표자 JKY도 포함)에 대하여 조세범

처벌법위반 또는 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(허위세금계산서 교부 등)으로 고

발하였다.

라) 서울중앙지방검찰청 소속 검사는 MJ과 JKY에 대한 특정범죄가중처벌등

에관한법률위반(허위세금계산서 교부 등) 고발사건(2012형제17486호)에 관하여 2012.

6. 29. 증거불충분을 이유로 혐의없음의 불기소결정을 하였다. 이에 대하여 역삼세무서장이 항고하였으나, 2012. 10. 24. 항고가 기각되었다(서울고등검찰청 2012고불항 제7963호).

마) 서울남부지방검찰청 소속 검사는 NJ과 성문주에 대한 특정범죄가중처벌등

에관한법률위반(허위세금계산서 교부 등) 고발사건(2012형제42618호)에 관하여 2013.

3. 15. 증거불충분을 이유로 혐의없음의 불기소결정을 하였다.

바) 수원지방검찰청 안양지청 소속 검사는 KTB와 OHS에 대한 특정범죄가

중처벌등에관한법률위반(조세) 고발사건(2013형제8164호)에 관하여 2013. 4. 30. 증거

불충분을 이유로 혐의없음의 불기소결정을 하였다.

사) NJ은 역삼세무서장의 부가가치세 경정‧부과처분에 대하여 서울행정법원

2014구합6555호로 항고소송을 제기하였다. 위 소송절차에서 역삼세무서장은 법원의 조정권고를 받아들여 NJ에 대한 부가가치세 경정‧부과처분 중 2006년 1기분 8,565,160원 중 7,891,966원을 초과하는 부분, 2007년 1기분 3,541,260원 전부, 2007년 2기분 8,583,800원 중 7,697,632원을 초과하는 부분, 2008년 1기분 3,120,000원 전부, 2008년 2기분 13,617,450원 전부에 대한 경정‧부과처분을 취소하였다.

아) 분당세무서장은 주식회사 WKTM(이하 'WKTM'이라 한다)에 대하여 세무

조사를 실시한 결과, 원고의 대표자 KRS이 WKTM을 실질적으로 운영하였고, 사업장에 방문 조사한 결과 WKTM이 원고와 같은 사무실을 사용하고 있고, 원고와 독립적으로 영업을 수행할 만한 인력을 갖추고 있지 않았던 점 등에 비추어 WKTM과 거래처 사이의 거래를 가공거래로 보아 가공거래로 확인된 매출세액을 부인하고 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 경정‧고지하는 한편 KRS을 조세범처벌법위반으로 고발하였다.

자) KRS에 대한 조세범처벌법위반 고발사건(수원지방검찰청 성남지청 2014형

제12987호)에서 수원지방검찰청 성남지청 소속 검사는 2014. 5. 30. KRS에 대한 일부 피의사실에 대하여는 증거불충분을 이유로 혐의없음의 불기소결정을, 일부 피의사실에 대하여는 공소시효가 완성되었음을 이유로 공소권없음의 불기소결정을 하였다.

차) WKTM이 수원지방법원 2014구합5225호로 항고소송을 제기하였는데, 위

법원은 2015. 11. 4. WKTM의 청구를 인용하는 판결을 선고하였고, 항소심(서울고등법원 2015누68675) 계속 중 분당세무서장은 WKTM에 대한 부가가치세 부과처분을 취소하였다.

카) 성남세무서장은 KRS이 운영하는 또다른 소프트웨어 개발업체인 주식회사

ABZ(이하 'ABZ'라 한다)에 대하여 일부 거래처와의 거래를 가공거래로 보아 가공

거래로 확인된 매출세액을 부인하고 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 경정‧고지하

였는데, 이에 대하여 ABZ가 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2016.

6. 15. ABZ의 주장 중 일부를 받아들여 실제거래로 판단되는 부분에 대하여 세액을

경정하라는 취지의 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제4, 7 내지 11호증, 갑 제17 내지 48호증, 갑 제61호

증, 을 제5 내지 10호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체

의 취지

2) 판단

가) 구 부가가치세법(2010. 12. 27. 법률 제10409호로 개정되기 전의 것) 제17조

제2항 제2호는 세금계산서의 기재내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서

공제하지 아니한다고 규정하고 있다. 세금계산서의 기재내용이 사실과 다르다는 의미

는, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작

성된 거래계약서 등의 형식적인 기재내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공

급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리킨

다(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 등 참조). 또한 어느 일련의 거래과정 가

운데 특정 거래가 부가가치세법에 정한 재화의 공급에 해당하는지 여부는 각 거래별로

거래당사자의 거래의 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 대가의 지급관계 등 여러 사정을 종합하여 개별적‧구체적으로 판단하여야 하며, 그 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 구 부가가치세법 제17조 제2항 제2호가 규정하고 있는 '사실과 다른 세금계산서'에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원 2009. 6. 23. 선고 2008두13446 판결 등 참조).

나) 앞서 본 인정사실과 증거에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 아래와

같은 사정을 종합하여 보면, 원고의 MJ, NJ, KTB와의 거래가 가공거래이고, 그와 관련된 쟁점 세금계산서 1이 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 따라서 이와 다른 전제에서 한 이 사건 1 처분은 위법하다.

① 원고는 쟁점 세금계산서 1에 관한 실물거래자료로 각 거래내역별 개발(또

는 용역)계약서, 검수확인서, 거래명세표, 소스출력물을 제출하였고, 그 외에도 프로그

램 등록증(MJ과의 거래 관련, 갑 제26호증의 5, 6), 인수증(NJ과의 거래 관련, 갑

제36호증의 4 등), 소프트웨어 솔루션개발 계획서(NJ과의 거래 관련, 갑 제44호증의

3), 계약이행보증금지급각서(KTB와의 거래 관련, 갑 제47호증의 4 등), 하자보증금지급각서(KTB와의 거래 관련, 갑 제47호증의 5 등), 소프트웨어개발 원가계산서(KTB와의 거래 관련, 갑 제47호증의 6 등), 개발요구사항점검 회의자료(KTB와의 거래관련, 갑 제47호증의 7), 소스프로그램 설명서(KTB와의 거래 관련, 갑 제48호증의 8)를 제출하였다.

② 이에 대하여 피고는 원고가 제출한 자료를 통틀어 계약서는 개별적인 주문

사양이 기재되어 있지 않고, 형식적‧정형적으로 작성된 것에 불과하여 구체적인 용역

내용을 파악할 수 없고, 검수확인서는 통상 프로그램이 정상적으로 구동된 이후에야

발급되는데, 원고가 제출한 검수확인서는 모두 개발완료일에 작성된 것으로 보아 그

내용을 믿기 어렵다는 취지로 주장하였을 뿐 각 거래내역별로 제출된 자료에 대한 개

별적인 검토결과는 밝히지 않았고(피고는 2016. 4. 15자 및 2016. 4. 23.자 준비서면을 통하여 거래산출물에 대하여 전문감정기관에 감정을 의뢰하는 등의 절차를 거치겠다고 진술하였음에도 변론종결일까지 별다른 절차를 취하지 않았다), 기록상 원고가 제출한 자료가 모두 허위로 작성되었다고 볼 만한 사정을 찾기 어렵다.

③ JKY은 자신에 대한 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(허위세금계산서

교부등) 고발사건에서 실물거래자료로 실제 프로그램 출력물과 거래내용확인서 등을

제출하였다. 서울중앙지방검찰청 소속 검사는 위와 같이 제출된 출력물과 각 계약서에

기재된 용역업무가 일치하는지 여부를 확인한 후 수사과정에서 나타난 여러 사정을 고

려하여 JKY과 MJ에 대하여 불기소결정을 한 것으로 보인다.

④ 피고는 MJ, NJ, KTB가 여러 업체를 차례로 경유하여 공급대가 상당

액을 순환시키는 형태의 소위 회전거래 방식을 이용하였고, 원고와의 쟁점 세금계산서

1 거래 역시 회전거래라는 취지로 주장한다. 그러나 원고가 제출한 통장거래내역(갑

제25호증의 1, 2, 갑 제35호증의 1, 2, 갑 제46호증)에서는 원고가 MJ, NJ에 지급하거나 MJ, NJ으로부터 지급받은 공급대가 상당액이 같은 날 또는 근접한 시점에 다른 업체를 거쳐 다시 원고 또는 MJ, NJ에게 이체된 자금흐름을 찾아볼 수 없고, KTB에 대한 대금지급에 관하여는 원고가 이 사건 거래처로부터 일정 금액을 송금받은 다음 같은 날짜에 같은 금액을 KTB에게 송금한 내역이 일부 나타나기는 하나, 그 날짜와 액수가 세금계산서와 일치하지 않고, 최초 송금자와 최종 귀속자가 동일한 것으로 볼 만한 금융거래내역이 제출되지는 않은 점 등에 비추어 보면, 그와 같은 사정만으로 피고 주장의 회전거래 형태의 자금흐름이 있다고 단정할 수는 없다.

⑤ 피고는 MJ, NJ이 실물거래 없이 세금계산서를 수수하는 자료상 또는

페이퍼컴퍼니로 의심되는 점, KTB가 회전거래를 하거나 금융거래를 조작한 사실이

확인된 점 등을 들어 쟁점 세금계산서 1 거래가 가공거래라는 취지로 주장하나, 그러

한 사정만으로 쟁점 세금계산서 1 거래를 모두 가공거래로 단정할 수 없고, 결국 가공

거래인지 여부는 각 거래내역별로 개별적‧구체적으로 판단하여야 한다(위 대법원 2008

두13446 판결 등 참조). 그런데 앞서 본 바와 같이 원고가 쟁점 세금계산서 1 거래와

관련하여 계약서, 거래명세표, 소스출력물 등의 실물거래자료를 제출한데 반해 피고가

각 자료별로 그 진정성 또는 신빙성에 대하여 주장‧증명을 하지 않고 있는 점, 각 거

래내역별 자금흐름에 있어서도 피고의 주장과 같이 명백히 회전거래가 있었다고 인정

할 만한 객관적인 증거가 부족한 점, 그 밖에 앞서 본 바와 같은 NJ이 제기한 항고

소송, WKTM 관련 조세범처벌법위반 고발사건과 항고소송, ABZ 관련 조세심판원

심판청구의 각 진행경과 등에 비추어 보면, 쟁점 세금계산서 1이 실물거래 없이 허위

로 작성되었다는 점이 피고에 의하여 상당한 정도로 증명되었다고 보기 어렵다.

다. 이 사건 2 처분에 관한 판단

1) 인정사실

가) 삼성세무서장은 2012. 11. 27.부터 2013. 10. 3.까지 UHN에 대하여,

강남세무서장은 2012. 6. 29.부터 2013. 8. 27.까지 E3N에 대하여 세무조사를 실

시하였다. UHN, E3N에 대한 세무조사 결과 요지는 다음과 같다.

나) 삼성세무서장은 UHN에 대하여 가공거래로 확인된 매출세액을 부인하

고 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 경정‧고지하였다. UHN은 위와 같은 부

과처분에 대하여 어떠한 불복절차도 진행하지 않았다.

다) 강남세무서장은 E3N에 대하여 가공거래로 확인된 매출세액을 부인하고

매입세액을 불공제하여 부가가치세를 경정‧고지하는 한편, E3N과 대표이사 성영

숙에 대하여 조세범처벌법위반 또는 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(허위세금계산

서 교부 등)으로 고발하였다.

라) 서울중앙지방검찰청 소속 검사는 위 고발사건(2014형제47813호)에 관하여

2014. 5. 30. 증거불충분을 이유로 혐의없음의 불기소결정을 하였다.

마) E3N은 강남세무서장의 부가가치세 경정‧부과처분에 대하여 서울행정법

원 2015구합10865호로 항고소송을 제기하였다. 위 법원은 2017. 4. 13. E3N의 청구를 기각하는 판결을 선고하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제15, 16호증, 갑 제49 내지 60호증, 을 제11 내지 14호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2) 판단

가) 일반적으로 세금부과처분취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 증명책임

은 과세권자에게 있다 할 것이나, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사

실이 추정되는 사실이 밝혀지면, 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상

적격이 되지 못하는 사정을 증명하지 않는 한, 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키

지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다 할 것이다(대법원 1998. 7. 10. 선고 97

누13894 판결, 대법원 2002. 11. 13. 선고 2002두6392 판결 등 참조)

나) 위 인정사실에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 아래와 같은 사정을

위 법리에 비추어 보면, 쟁점 세금계산서 2는 실물거래 없이 허위로 작성된 세금계산

서로 봄이 타당하므로, 이 사건 2 처분은 적법하고, 이와 다른 전제에서 한 원고의 주

장은 이유 없다.

① 쟁점 세금계산서 1의 경우에는 MJ, NJ, KTB와 관련하여 원고가 회전

거래를 하였다고 볼 만한 객관적 증거가 부족한 것과 달리, UHN, E3N에 대한 세무조사 결과 나타난 회전거래 방식의 자금거래 흐름과 원고가 제출한 유에이치

엔, E3N과의 거래대금증빙(갑 제49, 52호증)이 대부분 일치하고, 원고는 유에이치

엔에 대한 2008년 1기분 매출 25,000,000원과 관련하여 금융거래내역을 제출하지 못하고 있으며, 2008. 6. 30. 현금으로 수령하였다고 기재한(갑 제49호증) 36,500,000원은 매출 공급가액(25,000,000원)과 일치하지도 않는다.

② E3N에 대한 세무조사 결과 E3N은 원고를 포함한 15개 업체와 사

이에 실물거래 없이 허위의 매출‧매입세금계산서를 발행‧수취한 것으로 조사되었고,

그 금액이 16억 6,000만 원(매출), 23억 7,000만 원(매입)에 달한다. E3N은 각 거래처와의 회전거래로 의심되는 자금흐름에 있어서 주도적인 역할을 한 것으로 보인다.

③ E3N의 거래업체 중 주식회사 STENG의 대표이사 JH은 세무조

사 과정에서 원고에게 발급한 매출세금계산서가 실물거래 없이 발급된 것이라는 취지

로 진술하였던 것으로 보인다. E3N의 거래업체 중 주식회사 ernc, 주식회사 STENG는세무조사 결과로 이루어진 관할 세무서장의 부가가치세 경정‧부과처분에 대하여 어떠한 불복절차도 취하지 않은 것으로 보인다.

④ E3N의 대표이사 SYS은 세무조사 과정에서 소명자료의 제출을 지연

하거나 거부하였고, 출장 및 질병 등의 사유로 조사를 미루기도 하였으며, 조사 당일

조사자의 연락을 받지 않는 등 세무조사 과정에서 비협조적이었던 것으로 보인다. 유

에이치엔은 다른 업체들과는 달리 부가가치세 경정‧부과처분에 대하여 행정심판 또는

행정소송을 제기하지 않았던 것으로 보아 세무조사 결과를 어느 정도 수긍한 것으로

보인다.

⑤ 원고는 쟁점 세금계산서 2에 관한 실물거래자료로 각 거래내역별 계약서,

기능확인증, 인수확인증을 제출하였다. 그러나 원고가 제출한 계약서, 기능확인증, 인수 확인증은 피고의 주장과 같이 그 내용이 지나치게 추상적이고 정형적이어서 그 기재만으로는 구체적인 용역의 내용 등을 파악하기에 부족하고, 각 거래내역별 특이사항을 확인할 수 없다. 원고는 쟁점 세금계산서 2에 관하여는 쟁점 세금계산서 1에 관한 자료로 제출한 거래명세표, 소스출력물 등을 제출하지 않았다.

라. 소결

따라서 이 사건 1 처분은 위법하여 취소되어야 하고, 이 사건 2 처분은 적법하다.

5. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구

는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 70%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

제1항 및 피고가 2015. 1. 9. 원고에게 한 부가가치세 2005년 2기분 16,550,880원, 2006년 1기분 13,612,800원, 2006년 2기분 8,908,740원, 2007년 2기분 24,331,690원, 2008년 1기분 5,153,860원, 2008년 2기분 8,109,000원의 부과처분, 2005사업연도 법인세 64,612,510원, 2006사업연도 법인세 36,531,090원, 2008사업연도 법인세 9,828,100원의 각 부과처분을 취소한다.

가. 원고는 1999. 12. 3. 정보통신 장비(소프트웨어, 하드웨어, 시스템)의 개발 및 제조 등을 목적으로 설립된 법인이다.

나. 피고는 원고에 대한 세무조사를 실시한 결과, 원고가 2005년 2기분, 2006년 2기분부터 2010년 1기분까지 부가가치세 과세기간 중 주식회사 MJ엔테크놀로지(이하 'MJ'이라 한다), 주식회사 NJ네트웍스(이하 'NJ'이라 한다), 주식회사 KTB(이하 'KTB'라 한다)와 사이에 실물거래 없이 아래 [표1] 기재와 같이 매출‧매입세금계산서(이하 '쟁점 세금계산서 1'이라 한다)를 발행‧수취하였다고 보아, 그에 따른 매출세액을 부인하고, 매입세액을 불공제하여 2013. 12. 3. 원고에게 2005년 2기분 10,300,500원, 2008년 2기분 280,000원, 2009년 1기분 4,736,300원, 2009년 2기분 6,456,750원, 2010 년 1기분 14,507,250원의 각 부가가치세(각 가산세 포함)를, 2013. 12. 2. 원고에 대하여 2005사업연도 13,265,840원의 법인세(가산세 포함)를 각 경정‧고지하였다(이하 '이 사건 1 처분'이라 한다).다. 원고는 이에 불복하여 2014. 3. 18. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2015. 4. 13. 기각되었다.

라. 피고는 2014. 12.경 원고에 대하여 발생한 과세자료의 검토결과, 원고가 2005년 2기부터 2006년 2기까지, 2007년 2기부터 2008년 2기까지 부가가치세 과세기간 중 UHN 주식회사(이하 'UHN'이라 한다), E3N 주식회사(이하 'E3N'이라 한다)와 사이에 실물거래 없이 아래 [표2] 기재와 같이 매출‧매입세금계산서(이하 '쟁점 세금계산서 2'라 한다)를 발행‧수취하였다고 보아, 그에 따른 매출세액을 부인하고, 매입세액을 불공제하여 2015. 1. 9. 원고에게 2005년 2기분 16,550,800원, 2006년 1기분 13,612,800원, 2006년 2기분 8,908,740원, 2007년 2기분 24,331,690원, 2008년 1기분 5,153,860원, 2008년 2기분 8,109,000원의 각 부가가치세(각 가산세 포함)를, 2005사업연도 64,612,510원, 2006사업연도 36,531,090원, 2008사업연도 9,828,100원의 각 법인세(각 가산세 포함)를 각 경정‧고지하였다(이하 '이 사건 2 처분'이라 한다). 마. 원고는 이에 불복하여 2015. 3. 16. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2015. 6. 18. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지 2. 원고의 주장

가. 절차적 위법 주장

피고는 원고에 대하여 2011. 9. 11.부터 2011. 10. 18.까지 조사대상 세목 부가가치세, 조사대상기간 '2003. 07. ~ 2008. 06.'로 정하여 세무조사를 실시하였고(이하 '1차세무조사'라고 한다), 1차 세무조사에서 원고와 MJ, NJ, KTB, UHN, E3N(이하 '이 사건 거래처'라 한다) 사이의 각 거래에 관하여 면밀히 조사하였다. 그런데 피고는 1차 세무조사 후 약 2년이 경과한 2016. 6. 10. 1차 세무조사 당시 조사대상기간에 포함되었던 2007년 1기분 부가가치세 부분에 대하여 다시 세무조사를 실시하였다(이하 '2차 세무조사'라 한다). 또한 피고는 2007년 1기분 부가가치세 부분에 국한하여 세무조사를 실시하겠다는 통지 내용과는 달리 조사대상기간을 2005년부터 2010년까지, 세목을 부가가치세 및 법인세로 확대하여 조사를 실시하였다. 2차 세무조사는 재조사 금지원칙에 위배되어 위법한 것이므로, 2차 세무조사 결과에 근거하여 원고에 대하여 한 이 사건 1, 2처분은 위법하다. 나. 실체적 위법 주장

피고가 가공거래로 본 원고와 이 사건 거래처 사이의 각 거래는 모두 실질거래이고, 그에 따라 매입‧매출세금계산서가 발급‧교부된 것임에도 피고는 객관적인 증거 없이 이 사건 거래처에 대한 관할세무서의 세무조사 결과만을 근거로 원고와 이 사건 거래처 사이의 각 거래를 모두 가공거래로 보아 이 사건 1, 2처분을 하였다. 따라서 이

심급 사건

참조조문

참조판례