Ⅰ. 사실관계

외국법인 “갑”은 1996년 1월초에 구 외자도입법 제7조에 의거하여 최초로 외국인투자신고를 하고 1996. 1. 25에 유한회사인 내국법인 “을”을 설립하였음. 상기 투자신고금액은 설립시와 1996년 2월 및 4월의 증자로 인하여 납입이 완료되었음. 또한 1996년 8월(증액투자신고금액 전액 납입), 동년 10월 및 1997년 2월에 “갑”의 투자에 의하여 증자(증액투자신고금액 완납 안됨)가 추가로 이루어졌음. 즉, 총 3회에 걸쳐 외국인투자신고가 이루어진 바 있음. 1997년 2월 이후에 “을”의 자본금 변동은 없었음.

“을”은 1996. 12. 30에 귀부(구 재정경제원)에 조세감면신청서를 제출하였으며 1997년 2월에 귀부로부터 조건부 조세감면결정을 통보받았는 바, 그 주요내용은 다음과 같음.

1. 감면근거 및 감면사유 : 외국인투자 및 외자도입에 관한 법률 제14조 제1항 제1호 및 외국인투자에 관한 규정 제25조의 고도기술을 수반하는 사업

2. 감면조건 : 외국인투자 및 외자도입에 관한 법률시행령 제13조 제1항 제1호 및 제2호의 조세감면기준에 해당하는 경우에 한하며, 공장설치지역이 확정되면 외국인투자에 관한 규정 제28조 제1항에 의거 조세감면기준 해당여부에 대해 확인을 받아야 함.

상기 감면조건과 관련하여 “을”은 조세감면신청 당시 공장설치지역을 미정이라 기재하였는 바, 조건부 감면결정 이후에 광주직할시 ○○구 소재 ○○외국인기업전용단지 내에 공장입지를 확정하고 귀부에 상기 조건부 조세감면결정에 따라 조세감면을 받을 수 있는지 여부를 질의하여 1998년 1월에 조건을 충족한다는 통지를 받았음. 그러나 “을”은 회사 사정에 따라 공장입지를 변경하여 2000년 2월에 충청남도 ○○시 소재 ××외국인투자전용산업단지 내에 공장입지를 확정하고 계약을 체결한 후, 2000년 9월에 귀부로부터 당초의 조건부 조세감면결정의 내용에 따라 조건을 충족한다는 회신을 받았음.

“을”은 2002년 중에 “갑”으로부터 새롭게 도입할 외자와 이미 도입한 외자를 바탕으로 ××외국인투자전용단지에 공장을 설립할 계획이며 그 증자형식으로 도입할 외자는 증액투자로 조세감면신청을 준비하고 있음. 투자가의 입장에서는 이러한 일련의 절차는 1997년에 계획한 사업을 지연하여 실행하는 것으로 보고 있음.

상기 사실관계를 정리하여 보면 다음과 같음.