원고는 2011. 7. 28. 피고로부터 부산 해운대구 B 지상의 C 다세대주택 신축공사(이하 ‘이 사건 공사’라고 한다)를 도급받으면서 피고와 다음과 같은 내용의 도급계약서를 작성하였다.

[표준도급계약서]

1. 공사명 : C 다세대 주택(이하 ‘이 사건 건물’이라고 한다) 신축공사

2. 공사 장소 : 부산 해운대구 B

3. 공사기간 착공 : 2011. 8. 1. 준공 : 2011. 12. 31. 4. 도급금액 : 649,000,000원 공급가액 : 590,000,000원 부가가치세 : 59,000,000원

5. 선급금 : 100,000,000원

6. 기성금 지급방법 : 골조공사 50% 완료 후 1억 원, 골조완료 후 1억 원 외 월 기성 지급

7. 하자담보책임 기간 : 2년

8. 하자보수 보증금율 : 3/100, 하자이행보증서

9. 지체상금율 : 1/1000

나. 원고는 2011. 9. 16. 이 사건 공사를 시작하여 2012. 4. 13. 이 사건 공사를 완료하였다.

다. 피고는 원고에게 이 사건 공사대금으로 538,500,000원을 지급하였고, 원고가 납부할 도시가스 계량기 설치비용 14,530,000원을 대위지급하였다.

2. 본소 청구에 대한 판단

가. 미지급 공사대금 청구에 대한 판단 원고는 이 사건 소로써 이 사건 공사계약에서 정한 공사대금 649,000,000원에서 기지급 받은 공사대금 및 피고가 대위지급한 도시가스 계량기 설치비용을 공제한 나머지를 구하고 있는바, 앞서 인정한 사실에 의하면 특별한 사정이 없는 한 피고는 원고에게 이 사건 잔여 공사대금으로 95,970,000원((= 649,000,000원 - 538,500,000원 - 14,530,000원) 및 그 지연손해금을 지급할 의무가 있다. 나. 피고의 주장에 대한 판단 (1) 부가가치세 면제 약정 주장에 대한 판단 (가 피고의 주장 원고는 이 사건 공사계약 당시 피고에게 '이 사건 공사계약서에 형식적으로 부가가치세를 기재하는...