가.청구인은 의료법인 OOO(이하 “쟁점법인”이라 한다)의 법인등기부등본상 OOO 이사장으로 재직한자로서,OOO세무서장은 의약품 매입과다 및 이중계상 등을 사유로 쟁점법인의 2008사업연도 법인세를 경정하면서 대표자인 청구인에게 상여로 소득처분한인정상여소득자료를 OOO세무서장에게 통보하였으나, 국세청의 OOO세무서 업무감사 시에 인정상여소득자료 2건 합계 OOO(이하 “쟁점금액”이라 한다)이 미처리된 것으로 확인되어 이를 처리하도록 시정 조치하였고, 청구인이 처분청 관할로 주소지를 변경함에 따라 OOO세무서장은 OOO 처분청에 인정상여소득자료를 통보하였다.

나.처분청은 과세자료 통보내역에 따라 OOO 청구인에게 2008년 귀속 종합소득세 OOO을 경정·고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 OOO 심판청구를 제기하였다.

2.청구인 주장 및 처분청 의견

가.청구인 주장

(1)청구인은 쟁점법인의 등기부등본상 OOO 쟁점법인 OOO의 재단이사장으로 근무한 것으로 되어 있으나, 2007년 8월 간호사들의 집단사퇴, 의료분쟁 등 병원 내부문제로 환자감소 등에 기인하여 자금의 경색에 직면하게 되었고, 자금 부족 타개를위하여 의약품 도매상들에게 매월 일정액의 의약품을 매입할 것을 약속하고 융통어음의 할인을 부탁하게 되었으며, 이로 인하여 의약품 과다매입으로 재고가 OOO에 달하고 할인어음들이 계속 만기도래하여 도매상들과 상의하여 2008년 3월부터 2008년 5월 사이에 OOO의 의약품을 반품하게 되었으나, 일부 도매상들의 불만으로 반품세금계산서를발급하고 쟁점법인에 교부해 주지 않고 본인들만 관할세무서에 신고하여 세금계산서합계표불부합이 발생한 것으로, 청구인은 쟁점법인의 자금부족을 해결하기 위하여 OOO의 자금을 금융기관으로부터 차입하여 쟁점법인에 투입하였지만 자금 경색은 도저히 풀릴 기미가 없어 보여 OOO 쟁점법인 고문인 OOO에게 사직서를 제출하고OOO 업무 인계인수를 하였으며 그 이후에는 쟁점법인의 의사결정에 참여한 적이 없다.

(2)쟁점법인의 매입과다액 OOO에 따른 상여 처분도 2008년 3월부터 2008년 5월까지 도매상들에게 구입한 의약품 OOO 상당액을 반품하면서 일부도매상이반품 수정세금계산서를 쟁점법인에 보내주지 않아 발생한 것으로 쟁점법인은 모든 회계업무는 세무사에 위임하고 매일 세금계산서 등을 세무사에게 보내주었고, 나중에 세무사에게 통장 등을 모두 보내 장부를 일괄 처리하는 형태로 기장을 하였기 때문에 쟁점법인이 매입과다한 OOO은 현금으로 유출할 수도 없고, OOO이후에는 직접 재고명세서 및 매입장을 작성할 수도 없었고, 청구인이 사직한 이후에는OOO이 재단을 운영하였는바 청구인에게 한 상여 처분은 부당하다.

(3)쟁점법인이 OOO으로부터 OOO 기계를 OOO에 구입하였으나, 세무사사무실 여직원의 실수로 의약품 계정으로 처리하였고, 2009년 8월 OOO이 동 장비를 반환받고 반품 수정세금계산서를 발행하였으나 쟁점법인이 수정세금계산서를 수령하지 못하여 장부상 반영하지 못함에 따라 세금계산서불부합이 발생한 것으로,청구인은 실질적으로 OOO 쟁점법인에서 사직하였고, 법인등기부 상으로도 OOO사임한 것으로 확인되는바 처분청이 의료기 구입 취소분을 손금불산입하여 법인세를 경정하면서 청구인에게 상여처분 한 것은 부당하다.

나.처분청 의견

(1)청구인이 쟁점법인의 대표이사직을 사실상 OOO사직하고 OOO 업무 인수인계서를 제출하였으며, OOO 법인등기부 상사직 처리하여 2008년 귀속 세무조정 결산 시에 관여하지 않았다는 사실만으로 2008년 귀속 매출누락 및 매입과다 계상에 대한 실질 귀속자가 아니라는 객관적인 증빙이 될 수 없으므로 매출누락 및 매입과다 계상에대하여 2008년 당시 대표자인 청구인에 대한 상여처분은 적법하다.

(2)쟁점법인의 2008년 귀속 매출누락 및 매입과다 계상에 따른 법인세 고지로 인하여 대표자인 청구인에게 상여 처분된 OOO 중 이의신청 직권시정 등으로 인하여 OOO은 경정감되어 소득금액변동통지가 되었으므로 그 외 부분에 대한 당초 처분은 정당하다.

(3)쟁점법인이 OOO 추가 매입원가 과다계상분에 대한 법인세 고지 건은 현재까지 동 매입에 대응하는 외상매입금이 장부 상 계상 되어있지 않아 사외유출 되었다고 할 것으로 당초 처분은 정당하다.

3.심리 및 판단

가.쟁점

①청구인이OOO쟁점법인의 이사장에서 사임했는지 여부

②의약품 반품 미계상 및 이중계상 등에 따라 쟁점법인의 매입액이 OOO 과다계상 되었는지 여부 및 청구인에 대한 상여 처분 대상인지 여부

③의료기구 매입액 OOO을 의약품 계정에 계상한 것이 청구인에 대한 상여 처분 대상인지 여부

나.관련 법령

(1)법인세법(2010.12.30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것)

제67조 (소득처분) 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여·배당·기타 사외유출·사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

(2)법인세법 시행령(2008.2.22. 대통령령 제20619호로 개정된 것)

제106조 (소득처분) ①법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1.익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주 등인 임원 및 그와 제43조 제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식 등을 합하여 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 「조세특례제한법」 제46조 제12항의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 주주 등인 임원 중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

가.귀속자가 주주등(임원 또는 사용인인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

나.귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

다.귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 법 제94조의 규정에 의한 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 「소득세법」제135조의 규정에 의한 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다.

라.귀속자가 가목 내지 다목 외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득

다.사실관계 및 판단

(1)쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가)청구인은 쟁점법인 법인등기부등본상 OOO 사임한 것으로 되어있으나 실제는 OOO자로 사임하였다고 주장하면서 OOO 작성한 업무인계인수서 사본을 제출하였는바, 동 업무인계인수서에는업무인계자를 이사장 청구인, 업무인수자를 고문 OOO으로 각각 기재하고 사인을 하였고, “의료재단 OOO 이사장 OOO이 OOO자로 OOO을 사직함으로써 신임 이사장 선출시까지업무전반을 재단 고문이신 OOO고문님께 위임하며 이에 중요물품들을 인계 인수합니다.”라고 기재되어 있다.

(나)청구인은 쟁점법인의 이사장직에서 실질적으로 OOO 사임하였다고 주장하면서 제시하는 증빙은 위 “업무인계인수서” 이외에는 없고, 그 이후 등기부등본상 이사장직을 사임할때까지 실제 쟁점법인의 업무에 관여하지 아니하였는지에 대한 객관적 입증자료를 제시하지 못하고 있으므로 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(2)다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가)먼저, 쟁점법인과 OOO 간의 2008년 매입세금계산서합계표불부합 내역을 살펴보면, 쟁점법인은 2008년 제1기에 OOO로부터의매입이 없으나 OOO는 OOO을쟁점법인에게 매출한 것으로 되어있고, 2008년 제2기에는 쟁점법인이 OOO로부터 OOO을 매입한 것으로 되어있으나, OOO는 쟁점법인에게 OOO을 매출한 것으로 나타난다.

반면, 쟁점법인의 의약품 거래처원장에 의하면 위 2008년 제2기에 쟁점법인이 매입한 것으로 되어있는 OOO은 2008년 제1기에 매입한 것으로 확인되어, OOO와의 2008년 제2기 매입과다 금액은 OOO으로 확인된다.

(나)쟁점법인과 OOO 간의 위 의약품 매입 불부합금액 OOO은 OOO에서 발급한 OOO의 반품 세금계산서로 인하여 발생한 것으로 확인된다.

(다)쟁점법인의 거래처원장에 OOO이후 OOO에 대한 외상매입금 잔액은 없는 것으로 확인된다.

(라)다음으로, 쟁점법인과 OOO 간에 2008년 매입세금계산서합계표 불부합 내역을 살펴보면, 2008년 제2기에 쟁점법인은 OOO로부터의매입이 OOO인 것으로 제출하였고, OOO는 OOO을쟁점법인에게 매출한 것으로 되어있으나, 쟁점법인의 의약품 거래처원장 및 OOO의 거래사실확인서에 의하면 쟁점법인이 OOO로부터 실제 OOO을 매입한 것으로 확인되어, 매입과다 불부합 금액은 공급가액 OOO인 것으로 확인된다.

(마)쟁점법인과 OOO 간의 위 의약품 매입 불부합금액OOO 중 OOO 공급대가 합계 OOO은 쟁점법인이 의약품을 이중 계상한 것으로 확인되고,OOO 공급대가 합계 OOO은 쟁점법인이 매입을 장부상 계상 누락한 것으로 확인된다.

(바)쟁점법인의 거래처원장상 OOO이후 OOO에 대한 외상매입금 잔액은 없는 것으로 나타난다.

(사)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 쟁점법인과 OOO간에 2008년 제2기 세금계산서합계표 불부합금액 공급대가 OOO 중OOO은 장부상에는 2008년 제1기로 올바르게 계상하였으나, 세금계산서합계표 제출을 과세기간을 달리하여 불부합이 발생하였고, 매입처도 2008년 제1기에 OOO을 신고한바OOO은 사외유출된 것으로 볼 수 없어 청구인에게 상여로 소득 처분한 것은 잘못이 있다 할 것이고,

나머지 불부합금액 OOO은 OOO가 반품 세금계산서를발급하고 OOO에서만 그에 대한 세금계산서합계표를 제출하여발생한 것으로, 쟁점법인이 OOO에 반품한 의약품 OOO은 쟁점법인이 현금 변제한 것으로 되어있고, 반품 내역을 장부상 계상하지아니한 점에서 사외유출된 것으로 볼 수 있으나, 그중 OOO은청구인이 이사장직에서 사임한 후인 OOO에 반품되어 반품일 현재 대표자에게 상여로 소득처분함은 별론으로 하더라도 청구인에게 상여로 소득 처분한 것은 잘못이 있다고 판단된다.

다만, 쟁점법인과 OOO 간의 세금계산서불부합금액 OOO중 쟁점법인이 의약품 매입을 이중 계상한 OOO은 현금 처리되어 사외유출된 것으로 보이는 점, 반품 누락분 차액 OOO도 장부상 외상매입금으로 계상되어 있지 않고, 기존 외상매입금과 상계처리 되어 있지 않은 점 등에 비추어 반품 이후에 현금 결제되어 사외유출된 것으로 보이므로 이에 대한 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(3)끝으로, 쟁점③에 대하여 살펴본다.

(가)쟁점법인은 OOO으로부터 초음파기계를 OOO에 매입하였으나 장부상으로는 의료기기 계정에 기장하지 않고, 의약품 계정에 기장한 것으로 확인된다.

(나)쟁점법인은OOO 쟁점법인에게 보낸 “OOO 계약해지 내역 공지” 문서를 제출하였으며, 그 내용에 “OOO 폐사에서 매출한 장비에 대한 수금을 6개월 이상 지연시켜 정상적인 계약관계의 유지가 어렵다고 판단되어 2009년 8월 폐사에 매출된 장비를 반환받고, 동시에 OOO에서 받은OOO 장비를 돌려주면서 폐사와의 계약관계는 종료하였음을 고지하여 드립니다.”라고 되어있다.

(다)쟁점법인이 의료기구를 OOO에 구입하여 장부상 의료기구 계정이 아닌 의약품 계정에 현금 변제한 것으로 계상하였고,그 후 의료기구 구입 계약이 취소되어 의료기구가 반품되었으나 이를 장부상 계상하지 않아 현금이 사외유출된 것으로 보이는바, 의료기구 반품은 청구인이 쟁점법인 이사장직 사임 이후인 2009년 9월에 되었으므로 반품일 현재 대표자에게 상여로 소득처분함은 별론으로 하더라도 청구인에 대한 상여 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 「국세 기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.