원고는 2012. 7. 23. 묘목생산사업, 조림 및 육림사업, 유기농작물 재배 및 위탁판매 등을 목적으로 설립등기를 마친 영농조합법인이다

(설립 당시 상호는 C영농조합법인이었으나 2017. 12. 26. A영농조합법인으로 상호를 변경하였다). 원고는 2012. 7. 20. 분할 전 파주시 D 잡종지 2,284㎡, E 전 3,585㎡, F 도로 36㎡(이하 ‘제1토지’라 한다)를 취득하고, 2013. 5. 9. 파주시 G 전 89㎡(이하 ‘제2토지’라 하고, 제1, 2토지를 합하여 ‘이 사건 각 토지’라 한다)를 취득한 후, 제1토지에 대하여 2012. 9. 6. 구 지방세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11618호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세특례제한법’이라 한다) 제11조 제1항의 영농조합법인이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산에 해당한다는 이유로 취득세 등을 면제받았다.

이후 이 사건 각 토지는 분할ㆍ합병, 지목변경 등을 거쳐 파주시 D 공장용지 2,271㎡, E 공장용지 1,577㎡, B 전 1,935㎡ 등으로 되었다

(이하 지번별 ‘H리 - 토지’라 한다). 한편 피고는 2017. 4. 12. 원고가 이 사건 각 토지를 의무기간 내에 해당목적으로 사용하지 아니하였다는 이유로, 원고에 대하여 제1토지에 관하여는 가산세를 포함한 취득세 43,500,960원, 지방교육세 4,078,090원, 농어촌특별세 1,903,040원 합계 49,482,090원을 부과하는 처분을 하였고, 제2토지에 관하여는 가산세를 포함하여 취득세 453,330원, 지방교육세 26,220원, 농어촌특별세 26,220원 합계 505,770원을 부과하는 처분을 하였다.

원고는 2017. 6. 1. 경기도지사에게 위 취득세 등 부과처분에 대한 이의신청을 하였는데, 경기도지사는 2017. 8. 23. B 전 1,935㎡는 취득 이후 지속적으로 영농에 사용되었다고 인정하여 이를 취득세 면제...

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