2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 건설업을 영위하는 법인으로, 2003. 12. 12. B 등 3명(이하 ‘건축주들’이라 한다)과 대구 달서구 C빌딩(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 공사대금 18,150,000,000원(이하 ‘이 사건 공사대금’이라 한다)에 신축하기로 하는 공사계약(이하 ‘이 사건 공사계약’이라 한다)을 체결하였고, 2005. 1.경 이 사건 공사를 완공하였다.

나. 원고는 건축주들로부터 이 사건 공사대금 중 17,566,200,000원을 지급받았을 뿐, 나머지 583,800,000원(이하 ‘이 사건 미수금’이라 한다)을 지급받지 못하였는데, 이에 원고는 이 사건 미수금을 장부에 공사미수금으로 계상하여 법인세를 신고하여 왔다.

다. 그러던 중 건축주들이 원고를 상대로 제기한 대구지방법원 2013가합205550호로 채무부존재확인 사건(이하 ‘이 사건 소송’이라 한다)에서 2013. 12. 27. ‘원고들의 피고에 대한 2003. 12. 12.자 공사도급계약에 기한 채무는 존재하지 아니함을 확인한다’는 내용의 조정이 성립되었고, 그 무렵 위 조정이 확정되었다. 라.

그러자 원고는 2014. 3. 31. 2013 사업연도 법인세 신고를 하면서 이 사건 미수금을 대손금으로 손금산입하였는데, 대구지방국세청장은 피고에 대한 종합감사를 실시하여 원고가 이 사건 미수금의 수령을 포기한다는 합의서(이하 ‘이 사건 합의서’라 한다)를 2005. 4. 6. 작성한 사실을 확인한 다음, 원고가 이 사건 미수금을 2013 사업연도의 대손금으로 손금산입한 것은 부적법하다고 판단하였다.

마. 그러자 피고는 이 사건 미수금을 손금불산입하여 2015. 7. 1. 원고에게 2013 사업연도 법인세 125,356,830원(가산세 포함)을 경정ㆍ고지하였다

(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 바. 원고는 이에 불복하여 2015. 9. 24. 심판청구를 제기하였으나...