가. 원고는 토목건축공사업을 영위하는 법인으로, 2007. 4. 11. 소외 주식회사 한화건설과 함께 서울특별시 에스에이치공사(‘서울특별시 에스에이치공사 설립 및 운영에 관한 조례’에 따라 서울특별시가 자본금 전액을 출자하여 설립한 지방공기업으로서 이하 ‘SH공사’라 한다)가 전자공고한 천왕지구(이하 ‘이 사건 사업지구’라 한다) 도시개발사업 단지조성공사(토공사, 우수공사, 오수공사, 상수도공사, 포장공사, 구조물공사, 문화재 시굴조사 등으로, 이하 ‘이 사건 공사’라 한다)의 시공자로 선정되어 2007. 4. 11. SH공사와 사이에 공사도급계약(이하 ‘이 사건 공사도급계약’이라 한다)을 체결하였다.

나. 이 사건 사업지구 중 SH공사가 유상으로 공급하는 주택건설용지에는 주택법 제2조 제3호에서 정한 ‘국민주택의 건설을 위하여 공급되는 부분이 포함되어 있는데, 당초 이 사건 계약에서는 우수공사비, 오수공사비, 상수도공사비, 포장공사비, 구조물공사비, 문화재 시굴조사비는 전부가 부가가치세 과세대상인 것으로 하고, 토공사와 그 부대공사비는 조세특례제한법 제106조에 따라 직접공사비에 전체 공사면적에서 국민주택 부지면적이 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액이 국민주택 건설용역의 공급가액으로서 부가가치세가 면제되고 나머지만 부가가치세의 과세대상인 것으로 하였다. 그러나, 서울특별시는 SH공사가 시행하는 국민주택건설용역사업에 대한 부가가치세 납부실태 및 개선방안에 대하여 검토한 결과, 한 사업지구 내에서 국민주택규모의 국민주택과 그 초과규모의 공동주택을 함께 건설하는 경우 ‘전체 건설용역에 대한 부가가치세 중 총 유상공급 면적에서 국민주택건설용지 면적이...

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