2.소송비용은 원고가 부담한다.

부과처분을 취소한다.

가. 원고는 2005. 8. 24. '◇◇임'이라는 상호로 강원 ○○군 ○○면 ○○리 1062-10에 다세대주택 15세대(이하 '이 사건 건물'이라고 한다)를 신축 ・ 분양한 후, 피고에게 이 사건 건물의 공급은 구 조세특례제한법(2006. 12. 30. 법률 제8146호로 일부 개정되기 전의 것 이하 같다) 제106조 소정의 국민주택 공급에 해당한다는 이유로 분양수입금액에 대한 부가가치세 면제신고를 하였다.

나. 피고는 2008. 11. 24.부터 같은 해 12. 3.까지 위 ○○리 1062-8 내지 11, 14 내 지 18 일대에 '◇◇임'이라는 상호로 다세대주택을 신축 ・ 분양한 원고를 포함한 9 명의 개인사업자에 대한 조사를 거친 후, 2009. 3. 12. 원고에게 "이 사건 건물은 9개 동으로 이루어진 '◇◇임'이라는 팬션 단지 중 하나의 동으로 본래 숙박시설을 용도로 한 것임에도 호별 등기가 용이한 다세대주택으로 건축허가를 받아 이를 신축 ・ 분양한 후 숙박시설로 용도 변경한 것이므로, 국민주택에 해당하지 않는다"는 이유로 2005년도 제1기 부가가치세 100,999,890원을 부과하는 처분(이하 '이 사건 처분'이라고 한다)을 하였다.

다. 원고는 이에 불복하여 2009. 5. 18. 조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 심판을 제기하였으나, 2009. 11. 17. 기각되었다.

[인정근거] 갑 1호증, 을 1, 2호증(각 가지번호 포함)의 각 기재 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

다음과 같은 이유로 이 사건 처분은 위법하다.

(1) 제1주장 : 원고는 이 사건 건물을 세대별 주거전용면적 85㎡이하로 하여 장기간 독립된 주거생활을 영위할 수 있는 주택으로 신축 ・분양하였음에도 이를 숙박시설로 보아 과세한 것은 위법하다.

(2) 제2주장 : 수분양자들이 숙박시설로 용도변경 하였다는 사후 사정을 내세워 과세 하는 것은 소급과세금지원칙에 반할 뿐만 아니라, 피고 소속 담당공무원은 이 사건 건물의 신축과 관련하여 현지조사를 마친 후 원고에게 면세사업자로 사업자등록증을 발급하여 주었음에도 과세하는 것은 신의성실 또는 신뢰보호의 원칙에도 위배된다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 제1주장에 관하여

(가) 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호, 같은 법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19888호로 일부 개정되기 전의 것) 제106조 제4항 제1호, 제51조의2 제3항, 구 주택 법(2005. 1. 8. 법률 제7334호로 일부 개정되기 전의 것) 제2조 제1호, 제3호, 같은 법 시행령(2005. 3. 8. 대통령령 제18733호로 일부 개정되기 전의 것)에 의하면, 주택이란 세대의 세대원이 장기간 독립된 주거생활을 영위할 수 있는 구조로 된 건축물의 전부 또는 일부 및 그 부속 토지를 말하며, 주택으로서 주거의 용도로만 쓰이는 면적이 1호 또는 1세대 당 85제곱미터 이하인 주택을 국민주택이라 하여 그 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다고 규정하고 있고, 국세기본법 제14조 제2항이 "세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용 한다"고 하여 실질과세의 원칙을 규정하고 있음에 비추어 볼 때, 어떠한 건축물의 공급행위가 부가가치세 면제대상인 국민주택에 해당하는지 여부는 건축허가에서 정한 용도나 공부상의 용도를 기준으로 할 것이 아니라 당해 건축물의 공급 당시의 실제 용도를 기준으로 판단하여야 할 것이다.

(나) 이 사건의 경우, 을 4 내지 12호증(가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면,① 이 사건 건물은 강원 ○○군 ○○면 ○○라 1062-8 외 8개 필지에 9개 동(A동부터 I동까지)으로 이루어진 팬션 단지인 '◇◇임'의 B동으로서 원고는 "사계절 수익형 별장, 분양가의 7.5% 1년 선수익금 지급" 등의 문구를 사용하여 분양광고를 한 사실,② 이 사건 건물을 포함한 ◇◇임의 분양계약서는 모두 동일한 데, 제12조에는 관리 및 운영사항에 관하여 "◇◇임 리조텔 운영관리업무, 운영에 따른 임대수익금 관리 및 감독권, 세무기장 및 각종 신고에 대한 업무를 ◇◇임에 위임한다"고 규정하고 있고 제13조는 운영수익에 관하여 "갑(◇◇임)은 을(수분양자)의 등기이전과 동시에 분양 잔금 중에서 오픈 1년차분 임대수익(총 분양가격의 약 7.5%)을 을에게 선지급하고, 을은 갑에게 운영관리 대행계약 및 임대차계약을 체결하며(제1항), 임대수익금 선지급금과 함께 을은 갑의 임대수익 창출을 위해 숙박업 등록 에 필요한 제반 서류를 제출하여야 한다(제2항) 고 규정하고 있는 사실,③ 원고는 ◇◇임의 A동 건축명의인 윤BB ,e동 건축명의인 김CC와 함께 ◇◇임 대표자 자격으로 2004. 12. 10. 분양대행사인 주식회사 □□드와의 사이에 ◇◇임의 2 차 분양분인 D동부터 I동까지의 분양수수료를 인상하고 60% 이상 분양 시 지체 없이 건축허가절차를 이행하기로 하는 등의 업무협약서를 작성한 사실,④ 원고는 2005. 9. 15. 윤BB, 김CC 등과 함께 숙박업, 부동산 임대 ・ 분양업 등을 목적으로 한 주식회사 ◇◇임을 설립하고, 수분양자들 명의로 2006. 3. 9. ○○군수에게 이 사건 건물의 용도를 숙박시설로 변경하는 신고서를 제출한 사실을 인정할 수 있는바, 위 인정사실 에 의하면, 원고가 이 사건 건물의 용도를 다세대주택으로 하여 건축허가 및 사용승인 을 받았다고 하더라도 그 실질적인 용도는 처음부터 숙박시설인 팬션이라고 할 것이므로, 이 사건 건물이 부가가치세 면제대상인 국민주택이라는 원고의 이 부분 주장은 받아들이기 어렵다.

(2) 제2주장에 관하여

또한, 피고는 이 사건 건물의 당초 실질적인 용도가 숙박시설이라는 이유로 부가가치세를 부과한 것이지 수분양자의 용도변경행위를 문제 삼아 이 사건 처분을 한 것은 아니므로 이 사건 처분이 소급과세금지원칙에 위배된다고 볼 수 없고, 한편 갑 3 호증의 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 보면, 피고가 2004. 4. 27. 원고를 면세사업 자로 등록한 사실은 인정되나 이와 같은 등록행위를 두고 이 사건 건물의 공급행위에 대한 부가가치세를 면제한다는 공적인 견해를 표명한 것이라고 보기 어려우므로, 이 사건 처분이 신의성실 또는 신뢰보호원칙에 위배된 것이라고도 볼 수 없어 이 부분 원고의 주장도 받아들이기 어렵다.

3. 결 론

따라서 원고의 청구를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.