서울특별시 중구 OOOO O가 OOO에 본점을 두고 금융업을 주업으로 하는 청구법인은 OO직할시 중구 OO동 OOOO(이하 “OO지점건물”이라 한다), 경상남도 OO군 OO읍 OO리 OOOOOO(이하 “OO지점건물”이라 한다), 전라북도 OO시 OO동 OOOOO(이하 “OO지점건물”이라 한다)에 부가가치세 과세사업(부동산임대업)과 면세사업(금융업)에 공할 건물을 신축하고 93년 1기중 그 신축과 관련하여 수취한 세금계산서의 매입세액 191,000,000원중 과세사업에 공할 면적이 건물 전체면적에서 차지하는 비율에 해당하는 68,361,400원을 과세사업과 관련한 매입세액으로 하여 93년 제1기분 부가가치세 신고를 하였다.

처분청은 과세사업에 관련된 예정공급가액이 총예정공급가액에서 차지하는 비율에 해당하는 4,376,000원을 과세사업과 관련한 매입세액으로 보아 93.9.1 청구법인에 93년 제1기분 부가가치세 70,383,940원을 경정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 93.10.15 심사청구를 거쳐 94.1.25 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

부가가치세가 과세되는 사업과 면세되는 사업에 공할 목적이 있는 건물신축에 따른 매입세액의 안분계산에 있어서는 그 면적에 의하는 것이 실제 귀속된 내용을 정하는 가장 합리적인 판단기준이라 볼 수 있고, 부가가치세법 기본통칙 5-3-12…17에서도 과세사업에 공할 면적 등에 의하여 실지귀속이 분명한 때에는 면적에 따라 계산하도록 규정하고 있으므로 공급가액비율에 따라 안분한 당초처분은 부당하다는 주장이다.

나. 국세청장 의견

쟁점이 된 각 지점건물이 부가가치세 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없으므로 부가가치세법시행령 제61조 제1항 및 제4항 제2호의 규정에 의하여 공급가액 비율에 따라 부가가치세 과세사업과 관련한 매입세액을 계산한 당초처분은 정당하다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 이 건의 쟁점은 부가가치세 과세사업(부동산임대업)과 면세사업(금융업)에 공할 건물을 신축하고 신축대금에 대한 매입세액을 과세사업과 면세사업부문으로 안분함에 있어서, 사용구분이 가능한 면적을 기준하여 안분하는 방법과 총공급가액을 기준하여 안분하는 방법중 어느 방법이 합당한 방법인지를 가리는데 있다.

나. 관련법령을 살펴보면,

부가가치세법 제17조 제2항에서 “다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다”라고 규정하고 제4호에 “제12조의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)”을 규정하고,

같은법 시행령 제61조 제1항에서 “사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 다음 산식에 의하여 계산한다. (단서 생략)

면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액×”이라고 규정하고 제4항에 “제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율”이라고 규정하고 있다.

다. 이 건 사실관계를 살펴보면,

쟁점이 된 OO·OO·OO지점건물의 신축과 관련한 공통매입세액 191,000,000원에 대하여 처분청은 면세관련 매입세액을 계산함에 있어 실지 귀속이 불분명하다 하여 총예정공급가액(임대업에서 발생될 예정 공급가액 + 93년 1기중 쟁점이 된 3개 지점에서 발생한 면세수입금액)에 대한 면세수입금액의 비율로 안분계산하여 이 건 부가가치세를 경정고지 하였다. 이에 대하여 청구법인은 과세사업에 공할 면적과 면세사업에 공할 면적이 사전에 예정되어 있으므로 동 면적의 비율에 따라 안분계산함이 더 합리적이라고 주장하고 있으나,

부가가치세법시행령 제61조 제4항에 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 공통매입세액을 안분하는 방법의 순위를

첫째, 매입가액비율·둘째, 예정공급가액비율·셋째, 예정사용 면적비율로 하도록 규정하고 있어 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 같은법시행령 제61조의 2[공통매입세액의 정산]의 규정에 의하여 정산하는 것은 별론으로 하고, 이 건 쟁점이 된 지점건물 3곳은 93년 1기중 과세사업의 공급가액이 없을 뿐만 아니라 사용면적이 확정되지 아니하였으므로 위 시행령에서 규정하고 있는 순위에 따라 안분하여야 할 것인 바, 청구법인이 주장하고 있는 예정사용면적비율보다 앞순위인 예정공급가액비율에 의하여 안분계산한 당초처분은 정당하다고 판단되어 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.