가. B은 2006. 1.경 당시 비상장법인인 C 주식회사(2010. 1. 20. D 주식회사로 상호가 변경되었다. 이하 ‘소외 회사’라 한다.)의 발행주식 5,000주(발행주식 총수의 100%)를 보유하고 있었다.

나. B은 2006. 2. 27. 아래 <표1> 기재와 같이 특수관계자인 원고 등 8인(이하 ‘원고 등’이라 한다)에게 소외 회사의 주식 합계 4,182주(발행주식 총수의 83.64%, 이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 액면가인 주당 10,000원에 양도하였다.

<표1> 주식보유변동 현황 성명 관계 양도주식수(주) 양도가액(원) 지분율(%) E 누나 817 8,170,000 16.34 F 외사촌 548 5,480,000 10.96 G 〃 548 5,480,000 10.96 H 〃 391 3,910,000 7.82 원고 〃 391 3,910,000 7.82 I 〃 391 3,910,000 7.82 J 〃 548 5,480,000 10.96 K 〃 548 5,480,000 10.96 합계 4,182 41,820,000 83.64

다. B의 조부(祖父)인 L은 2006. 2. 28. 소외 회사에 서울 관악구 M 대 2,112㎡ 및 그 지상 3층 건물(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 증여하고, 2006. 3. 3. 소외 회사 명의로 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기를 마쳤다. 라.

소외 회사는 이 사건 부동산에 관한 자산수증이익 6,379,127,750원을 익금에 산입하여 2006 사업연도 귀속 법인세 1,567,990,230원을 신고납부하였다.

마. 피고는 2011. 7. 1. B에 대하여 “이 사건 주식의 양도는 특수관계자 사이의 비상장주식 저가양도에 해당하므로, 부당행위계산부인 규정을 적용하여야 한다”는 이유로 양도소득세 101,141,290원을 부과하였다.

피고는 2011. 7. 4. 원고에 대하여, “소외 회사가 이 사건 부동산을 증여받음에 따른 원고의 주식 가치 상승분을 L으로부터 증여받은 것으로 보아야 한다”는 이유로 54,624,300원(가산세 포함)을 부과고지하고(이하 ‘제1증여세 부과처분’이라 한다), "이 사건 주식의 양도가액과 소외...