1. 소득금액변동통지는 이를 취소하고,

2.청구법인이 2004사업연도에 서울특별시 OOO OOO OOOOOOO 소재 근린생활시설 신축공사와 관련하여 김OO에게 지급한 석공사비(공급대가 : 140,000,000원)를 손금으로 인정하며, (주)OOOOOO로부터 수취한 세금계산서(공급가액 : 105,000,000원)를 정상적 세금계산서로 보아 동 공급가액을 손금으로 인정하고 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세 및 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

3. 나머지 청구는 이를 기각한다.

가. 청구법인은 2004년 제1기부터 2004년 제2기까지의 부가가치세 과세기간에 자료상으로 고발된 주식회사 OOOO(OO OOOOOO) 및 2003.12.31.자로 폐업처리된 주식회사 OOOOOO(OO OOOOOOOO)로부터 아래 <표>에 기재된 공급가액 369,903천원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”)를 수취하여 관련 매입세액을 공제받고, 그 공급가액을 손금에 산입하여 각 과세기간 부가가치세 및 법인세 신고를 하였다.

OOOOOOOOO OOOOOOO OO

(OO O OO)

나. 처분청은 2009.6.26. OOOO를 관할하는 양천세무서장으로부터 동 법인이 발행한 세금계산서(공급가액 : 264,903천원)에 대한 자료상거래 확정자료를 통보받은 후, 2010.5.24.부터 2010.7.18.까지 청구법인에 대한 거래질서관련조사를 실시하여 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보고, 관련 매입세액을 불공제하고 공급가액 상당액을 손금불산입하는 한편, 세금계산서를 미수취한 공급가액 95,000천원을 손금에 산입하여 2010.10.1 청구법인에게 부가가치세 2004년 제1기 48,366,060원, 2004년 제2기 18,623,030원과 법인세 2004사업연도분 152,559,200원을 경정·고지하였고, 법인소득금액 계산상 익금산입한 금액 406,893,300원을 당시 대표이사인 용OO에 대한 상여로 소득처분하여 청구법인에게 소득금액변동통지서를 발송하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.10.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은서울특별시 OOO OOO OOOOOOO 외 1필지 소재 빌딩(연면적 1,916.37㎡의 지하 2층, 지상 6층의 근린생활시설용 건물로서 이하 “OOOO”이라 한다)을 15억원에 도급받아 2003.8.10. 착공하여 2004년 7월에 완공한 사실이 있는데, 그 과정에서 현장소장이 쟁점세금계산서를 수취하여 신고하게 되었는 바, 이는 당시 세법지식이 전무했던 청구법인의 현장관리인이 공사를 위해 도급업체들과 계약을 하고, 이에 대하여 자금을 지급하였으며, 그 과정에서 이미 처분청에서 확인한 바로는 거래 사실이 없었던 업체가 발행한 쟁점세금계산서가 세무신고시 포함되었고, 청구법인은 그 사실은 2010년 5월～2010년 7월 중 실시된 이 건 세무조사시에 알게 된 것이므로 이러한 행위를 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호가 규정하는 납세자의 고의에 의한 포탈행위로 볼 수 없으므로 10년의 부과제척기간을 적용할 수 없고, 특히 소득의 귀속자가 밝혀지지 아니함에 따라 대표자에 대한 인정상여로 처분하는 경우 그 대표자가 상여처분을 받을 것까지 예상하여 그로 인해 부과된 소득세 포탈행위를 하였다고 볼 수도 없으므로 10년의 부과제척기간을 적용하는 것은 명백히 위법하다.

(2) OOOO로부터 수령한 세금계산서는 실제로는 (주)OOOOOOO, OOO, OOO, OOO, OOOO 등에게 실제 공사를 하도급하였으나 세금계산서를 수취하지 못한 현장소장이 공사를 위해 지급한 금액과 매입세금계산서 금액만을 확인하고, 실제 공급업체 명의인지를 확인하지 아니하고 수취한 것으로서 처분청에서도 (주)OOOOOOO 등 3개 업체와의 거래는 인정하였으며(다만, 거래를 인정하였음에도 이를 상여처분하였으므로 이 부분도 부당하다), OO인테리어로부터 수취한 것은 실제 내장공사를 하도급하고 이를 동 법인의 통장압류를 이유로 현금으로 지급한 것인 바, 처분청에서는 이미 2005년 5월 동 법인이 2003.12.31. 폐업한 법인임을 이유로 하여 부인하려다가 2004.7.12. 도봉세무서장이 직권폐업한 사실을 통보받고 청구법인의 소명을 받아들였고, 이 건 과세전적부심사 청구시에는 동 법인이 이에 대한 부가가치세 신고까지 한 사실이 밝혀졌으므로 다시금 이를 부인한 것은 「국세기본법」제15조의 신의성실원칙에 명백히 반하는 위법한 처분인 바, 공사결과물이 현존하는 이상 실제 지출된 비용은 이를 인정하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점세금계산서는 청구법인이 주장하는 서울특별시 OOO OOO 소재 OOOO 신축공사와는 별개로 실거래 없이 수취한 가공세금계산서이며, 청구법인의 전·현직 대표이사가 단지 공사현장의 소장을 믿고 맡겼기에 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인 것을 알지 못하였다고 하나 대표자가 현장소장에게 하도급계약의 체결 등을 위임함에 따라 수취한 이상 행위의 결과는 청구법인에게 귀속되는 것이며, 실물거래없이 가공의 세금계산서를 수취하고 매입세액공제 및 손금산입한 행위는 「국세기본법」제26조의2 제1항 제1호가 규정한 사기 기타 부정한 행위로서 10년의 부과제척기간이 적용되며, 법인이 가공비용을 장부에 계상한 이상 특별한 사정이 없는 한 그 가공비용 상당의 법인의 수익이 사외에 유출된 것으로 보아야 하고, 그 귀속이 불분명한 이상 대표자에게 상여로 소득처분하여야 하며, 가공의 세금계산서와 관련한 동 상여처분에 대한 부과제척기간 또한 10년을 적용하여야 한다.

(2) 청구법인은 공사결과물이 현존하기 때문에 실제 지출된 비용을 인정해 달라고 주장하나, 청구법인이 제시한 증거서류는 조사 이후에 작성된 공사사실확인서와 녹취록에 불과할 뿐, 실제 대금 지급을 입증할 수 있는 금융증빙 서류는 전혀 제시하지 못하고 있으므로 증거 서류가 없는 비용에 대해 이를 인정하지 않은 당초 처분은 정당하며, 처분청이 원가를 인정한 것은 청구법인의 하도급업체로 알려진 (주)OOOOOOO, OOO, OOOO의 공사 실거래사실확인서 등 청구법인이 제시한 제반서류를 근거로 원가를 추인한 것이며, 위 거래처에 대한 원가인정과 쟁점세금계산서는 양자가 각각 별개의 독립된 거래행위이기 때문에 증빙에 의하여 입증된 부분에 대해서는 실거래를 추인한 것이고, 쟁점세금계산서는 OOOO 신축공사와는 무관한 별개의 가공거래이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 사실과 다른 세금계산서에 대하여 부가가치세와 법인세를 과세하고, 귀속이 불분명한 소득을 대표자 상여처분을 함에 10년의 부과제척기간을 적용한 처분의 당부

② 쟁점세금계산서 중 OOOO 발행분은 공급가액에 상당하는 매입이 실제 있는 것으로 보아 공급가액을 손금으로 인정하고, OO인테리어 발행 세금계산서는 정당한 세금계산서로 인정하여 손금으로 인정하고 매입세액을 공제할 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법(2006.12.30 법률 제8139호로 개정되기 전의 것) 제26조의2【국세부과의 제척기간】① 국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약”이라 한다)의 규정에 의하여 상호합의절차가 진행중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률 제25조에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

4. 상속세ㆍ증여세는 제1호 내지 제3호의 규정에 불구하고 이를 부과할 수 있는 날부터 10년간. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 경우에는 이를 부과할 수 있는 날부터 15년간으로 한다.

가. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 상속세ㆍ증여세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받는 경우

나. 상속세 및 증여세법 제67조 및 제68조의 규정에 의하여 신고서를 제출하지 아니한 경우

다. 상속세 및 증여세법 제67조 및 제68조의 규정에 의하여 신고서를 제출한 자가 대통령령이 정하는 허위신고 또는 누락신고를 한 경우(그 허위신고 또는 누락신고를 한 부분에 한한다)

(2) 부가가치세법(2006.12.30 법률 제8142호로 개정되기 전의 것)제17조【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(3) 법인세법(2007.12.31 법률 제8831호로 개정되기 전의 것) 제19조【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

제67조【소득처분】제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

(4) 법인세법 시행령(2005.2.19 대통령령 제18706호로 개정되기 전의 것) 106조【소득처분】① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄호 생략)에게 귀속된 것으로 본다. (이하 생략)

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 청구법인에 대한 조사복명서, 당시 대표이사 및 이사에 대한 전말서 등의 심리자료에 의하면,

(가) 처분청은 청구법인에 대한 조사를 실시하여, 쟁점세금계산서 를 가공세금계산서로 조사한 이외에 (주)OOOOOOO, OOOO, OOO 등 3곳으로부터 공급가액 95,000,000원의 무자료매입을 한 것으로 보아 이를 손금에 산입하여 이 건 과세처분을 하였는데,

1) OOOO는 당면류를 수입하여 내수판매하고 건축자재, 잡화, 철물 등을 도매하는 것처럼 가공세금계산서를 발행한 혐의로 양천세무서장으로부터 2009.5.25. 자료상으로 고발된 업체이고, OO인테리어는 쟁점세금계산서상의 거래일 이전인 2003.12.31.자로 이미 폐업한 업체이기 때문에 위 법인들이 발행한 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보았고,

2) OOOO은 2004년 제1기 중 45,000,000원의 창호, 잡철 등을 판매하였으나 30,000,000원 상당의 세금계산서만 발행하였으므로 차액인 15,000,000원의 원가를 추인하였으며, (주)OOOOOOO은 2004년 1기 과세기간 중 청구법인으로부터 OOOO 신축공사 중 전기공사를 하도급받아 공사대금으로 55,000,000원을 수령하였으므로 공급가액 상당액인 50,000,000원의 원가를 인정하였으며, 양OO도 2004년 1기 중 청구법인으로부터 OOOO 신축공사 중 미장공사를 하도급받아 미장공사 관련 노임으로 30,000,000원을 수령하였으므로 이를 공사원가로 추인하였다.

(나) 쟁점세금계산서를 수취할 당시 청구법인 대표이사 및 이사로 재직하였던 용OOO OOO은 당시 OOOO 신축공사와 관련하여 수 개의 업체에 하도급한 후 공사완공시 공사대금을 하도급업자에게 지급하였으나 일부 하도급업자가 세금계산서를 발행하여 주지 않자 공사현장의 소장이 거래사실이 전혀 없는 OOOO, OO인테리어 등 3개 업체로부터 쟁점세금계산서를 포함한 가공세금계산서를 수취 후회사의 재무·회계담당이사에게 전달하여 신고된 것이며, 관련한 실제매입액은 OOOO, (O)OOOOOO, OOO에 대한 하도급계약서,확인서 및 녹취록 등에 의하여 나타나는 95,000,000원임을 진술하였다.

(2) 이에 대하여 청구법인이 제출하고 있는 증빙은 다음과 같다.

(가) 건축물대장, 민간건설공사 표준도급계약서 등에 의하면, 청구법인은 2004.3.15. 공급가액 1,500,000,000원에 OOOO 신축계약을 체결하고 2003.6.27. 착공하여 2004.6.21. 사용승인을 받았다.

(나) 청구법인은 쟁점세금계산서를 수취하여 신고한 행위가 사기 기타 부정한 행위가 아니라고 주장하면서, ① 이 건 과세 이전에는 세법지식이 없는 현장소장이 제출한 세금계산서를 별다른 생각없이 신고하였을 뿐, 적극적으로 조세를 포탈하려한 바 없었으며, 조사과정에서야 현장소장이 수취한 세금계산서가 잘못되었음을 알았다는 취지로 당시 청구법인 대표이사와 담당이사가 처분청에 진술한 전말서 ② 2004년 1월～2004년 6월 중 OOOO 신축과 관련하여 (주)OOOOOOO 등 6개 업체에게 합계 273,000천원어치의 전기공사 등을 하도급하고 공사대금을 현장관리인 박OO가 지급하였으나 세금계산서를 미수취하였으며, 공사업체 및 박OO 등이 이러한 사실에 대한 확인을 거부하고 있다는 취지로 처분청에 제출하였던 공사실거래 사실확인서 등을 제출하였다.

(다) 쟁점세금계산서상의 공급가액에 상당하는 매입이 실제로 있었거나 정상적인 세금계산서임을 주장하면서 제출한 자료는 아래와 같다.

1) OOOO로부터 수취한 쟁점세금계산서와 관련하여 동 세금계산서 기재 공급가액 상당액의 실제 매입처라고 주장하는 거래처 및이를 입증할 증빙으로 제출한 내역은 아래 <표2>와 같은데, 녹취록은청구법인의 이사 최OOO OOOO의 하도급 사업체의 대표자라는 사람들과 한 전화통화를 속기사무소에서 문서화한 것으로서 위 최OO이 당사자들에게 관련 공사의 수행여부 및 공사금액과 세금계산서를 미교부한 경위 등에 대하여 대화를 나눈 내용인 바,

처분청에서는 그 중 (주)OOOOOOO, OOO, OOOO(OOO)의 경우에는 손금을 인정하였으며, 인정하지 아니한 실사업자 중 유리공사(이OO) 및 도장공사와 관련하여서는 이를 입증할 만한 증빙이 달리 없거나 공사금액의 귀속자도 확인되지 아니한 반면, O공사의 경우는 그 공사금액의 귀속자로 김OO을 특정하고 있고, 김OO과의 대화내용이 기재된 녹취록의 내용을 보면 김OO이 OOOO과 관련하여 1억 4천만원의 공사비를 다 받은 사실, 그럼에도 불구하고 김OO은 사업자등록이 되어있지 아니하여 세금계산서를 발행할 수 없었던 사실, 그에 따라서 김OO이 부가가치세를 못 받은 사실 등이 구체적으로 적시되어 있다.

OOOOOOOOOO OOOO OO OOOOOO OOOOO OO

(OO O O)

O」OOOO OOOOO OOOOO OOO OO OOOOO OOOOOO O OO

2) OO인테리어로부터 수취한 세금계산서와 관련하여서는 실제 거래임을 주장하고 있는데, 이와 관련하여 제출한 세무조사통지서, 청구법인이 처분청에 제출한 해명자료(2005.8.31., 제05-36호) 및 청구법인이 제기한 과세전적부심사청구에 대한 결정서의 내용을 종합하면,

1) 처분청이 2005.5.25.～2005.6.10.까지OO인테리어(조사사유 : 2003.12.31. 폐업)가 발행한 쟁점세금계산서(공급가액 : 105,000,000원) 등과 관련하여 조사를 실시한다는 통지를 청구법인에게 하자, 청구법인은 OO인테리어와의 거래가 실거래임을 주장하면서 동 법인의 사업자등록증(2003.7.14. 발행), 청구법인에 발행한 세금계산서 3매(2004.4.25., 2004.5.24., 2004.6.30. 발행), 도봉세무서장이 2004.4.6. 발행한 사업자등록증명원, 법인등기부등본(2005.8.30. 발행), 청구법인과 동 법인 사이에 2004.2.20. 체결된 OOOOOO OOOO(OOOO O OOO,OOO,OOOO)O OO OOO OO OOOOO, O OO OOOOOO OOOOOOO OOO OOO OO OOOOO O, OOOOOOO OOOOOOOOOO OOOOOOO OOOOOOOOOOOO OOOO OO OOOOOOOOOO OOOOOOO OO, OOOOO OOO OOOO OOO,OOOOOO OOOOOO OOOOO OOO OOOOO OOOOOOO(OOOOOOOOOO), OO OOOOOO OOOOO OO OOOOOOO OOOOOOOOOO OOO OOO OOOOOOOOOO OO OO O OOOOOO

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O) OOOOO OOOO OOOO OOOO OOOOO OOOO OO OOOO OOO OOOOOOOO OOO OOO OOOOO OOO OOOOO O OOOOOO OO OOO OOOOO OOO O OO OOO OOOOO OO (O)OOOOOOO O OO OOOOOOO OOOO OOOO OOO, OOOO O O (O)OOOOOOO O OO OOOOO OO OOO OOOO OOOO OOOO OOO OOOOO, OOO OO O OOOOO OOOO OOOOO 및 도장공사를 하였다는 성명불상의 사업자는 모두 공사사실을 입증할 만한 증빙이 없거나 수입금액의 귀속자도 확인되지 아니하여 관련한 공사원가를 인정할 수 없으므로 이를 부인하는 처분청의 견해는 타당하다고 판단된다.

2) 그러나, O공사의 경우는 청구법인이 김OO을 수입금액의 귀속자로 밝히고 있으며, 청구법인 이사와 김OO 간의 이루어진 대화의 녹취록은 김OO이 OOOO과 관련하여 1억 4천만원의 공사비를 다 받은 사실, 그럼에도 불구하고 김OO은 사업자등록이 되어 있지 아니하여 세금계산서를 발행할 수 없었던 사실, 그에 따라서 김OO이 부가가치세를 못 받은 사실 등이 구체적으로 적시되어 있어서 신빙성이 있은 것으로 보이며, 실제 OOOO이 2004.6.21. 사용승인된 상황에서 처분청이 그 당시 수행되었던 전기, 미장, 창호·잡철공사의 관련 공사원가를 인정한 상황에서 청구법인 및 김OO이 OOOO과 관련하여 실제로 시공한 사실 및 공사금액을 인정한 O공사와 관련한 공사원가를 부인할 수 없다고 판단된다.

3) 한편, 김OO이 한 O공사를 인정한다고 하더라도 김OO의 진술내용상 부가가치세를 청구법인이 별도로 지급하지 아니한 것으로 나타나므로 청구법인이 주장하는 공사금액 140백만원은 공급대가로 보아야 할 것이다(동 공급대가 상당액은 당연히 대표자상여처분에서 차감되는 것이어서 상여처분 자체를 취소한 쟁점①의판단에 영향을 미치지 아니하므로 별도로 논하지 아니하며 이하 같다).

(다) 다음으로, 쟁점세금계산서 중 OO인테리어로부터 수취한 부분에 대하여 보면,

1) 처분청은 쟁점세금계산서상의 거래일 이전인 2003.12.31.자로 이미 폐업한 업체이기 이를 가공세금계산서로 보았고, 그 외 처분청이 제출한 심리자료상 OO인테리어는 2003.6.19.부터 2003.12.31.까지 짧은 기간 사업을 영위하거나, 2004년 제1기의 경우는 쟁점세금계산서 상당의 매출만을 신고한 사실이 나타나지만,

2) 처분청에서는 이미 2005.5.25.～2005.6.10. 청구법인이 수령한 동 세금계산서에 대하여 OO인테리어가 2003.12.31. 폐업을 하였다는 이유로 조사를 실시하였고, 청구법인은 OO인테리어와의 거래가 실지 거래임을 주장하면서 동 법인의 사업자등록증(2003.7.14. 발행), 청구법인에 발행한 세금계산서 3매(2004.4.25., 2004.5.24., 2004.6.30. 발행), 도봉세무서장이 2004.4.6. 발행한 사업자등록증명원, 법인등기부등본(2005.8.30. 발행), 청구법인과 동 법인 사이에 2004.2.20. 체결된 OOOO 내장공사(공급가액 : 105,000,000원)에 대한 계약서 등을 제출하면서 소명을 하였고 이 당시 처분청에서는 OO인테리어와 관련한 경정을 하지 아니하였으며, 이 건 과세에 대한 심리 중에도 OO인테리어는 인테리어건설업체로서 도봉세무서장이 2003.12.31.을 폐업일로 하여 2004.7.12. 직권폐업처리한 사실, 청구법인에 발행한 공급가액 105,000천원의 세금계산서를 2004년 제1기 부가가치세 확정신고하였고(2004.7.25.), 관련 부가가치세를 무납부함에 따라 도봉세무서장이 2005.10.4. 고지한 사실이 확인되었고, 동 법인이 자료상 등으로 고발된 사실도 확인되지 아니하는 이상, 동 세금계산서는 정상적인 거래에 따라서 발행된 세금계산서로 봄이 타당하다고 판단된다.

(라) 따라서, OOOO과 관련된 공사로 판단되는 김OO의 O공사(공급대가 : 140백만원)는 관련 공급가액을 공사원가로 인정하여야 할 것이며, OO인테리어로부터 수취한 세금계산서(공급가액 : 105백만원)는 실물거래에 따라 수취한 정당한 세금계산서로 하여 관련 매입세액을 공제하고 그 공급가액을 공사원가로 인정하여야 할 것이다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.