법인세법 시행령 제15조 제2항, 제12조 제1항

상고비용은 각자가 부담한다.

1. 피고의 상고이유에 관하여

가. 구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)은 합병법인이 피합병법인으로부터 자산을 평가하여 승계한 경우 그 자산의 가액 중 피합병법인의 장부가액을 초과하는 부분을 합병평가차익으로 과세한다[제17조 제1항 제3호 단서, 구 법인세법 시행령(2010. 6. 8. 대통령령 제22184호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제15조 제2항, 제12조 제1항 제1호]. 그리고 합병의 경우 합병법인이 계상한 영업권은 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계한 경우로서 피합병법인의 상호ㆍ거래관계 기타 영업상의 비밀 등(이하 '상호 등'이라고 한다)으로 사업상의 가치가 있어 대가를 지급한 것에 한하여 감가상각자산으로 한다(구 법인세법 시행령 제24조 제4항).

나. 이러한 관계 법령 규정에 따르면, 법인 합병의 경우 영업권 가액을 합병평가차익으로 과세하기 위해서는 합병법인이 피합병법인의 상호 등을 장차 초과수익을 얻을 수 있는 무형의 재산적 가치로 인정하여 그 사업상 가치를 평가하여 대가를 지급한 것으로 볼 수 있어야 한다. 이때 사업상 가치의 평가 여부는 합병의 경위와 동기, 합병 무렵 합병법인과 피합병법인의 사업 현황, 합병 이후 세무 신고 내용 등 여러 사정을 종합하여 객관적으로 판단하여야 하고, 기업회계기준에 따라 영업권이 산출된다는 것만으로 이를 추단할 수 없다(대법원 2018. 5. 11. 선고 2015두41463 판결 참조).

다. 원심은 제1심 판결 이유를 인용하여 그 판시와 같이 원고에게 흡수합병된 비상장법인인 주식회사 AA여행사(이하 'AA'라고 한다)가 비상장법인인 주식회사 BB익스프레스(이하 'BB익스프레스'라고 한다)를 흡수합병(이하 '이 사건 합병'이라고 한다)한 사실 등을 인정한 다음, 아래와 같은 이유를 들어, 이 사건 처분 중 이 사건 합병과 관련하여 AA가 회계장부에 계상한 이 사건 영업권이 세법상 법인 합병 법령에서 정한 영업권임을 전제로 위 영업권 상당 금액을 합병평가차익으로 익금에 산입한 후 감가상각자산으로 손금 추인한 부분은 위법하다고 판단하였다.

(1) AA가 회계장부에 영업권으로 계상한 금액은 관련 기업회계기준에 따른 것으로 보일 뿐이고, 피합병법인인 BB익스프레스의 상호ㆍ거래관계 그 밖의 영업상 비밀 등을 초과수익력 있는 무형의 재산적 가치로 인정하고 사업상 가치를 평가하여 대가를 지급한 것으로 보기 어려우므로 세법상 영업권의 자산 인정 요건을 갖추었다고 할 수 없다. 이처럼 법인 합병의 경우 법령에서 정한 영업권의 자산 인정 요건을 갖추지 못하였으므로, 영업권에 관한 회계상의 금액을 합병평가차익으로 보아 과세하는 것은 허용되지 않는다.

(2) 일반적으로 세금부과처분 취소소송에서 과세요건 사실에 대한 증명책임은 과세관청에 있다. 합병법인 스스로 영업권을 감가상각 대상 자산으로 계상한 적이 없는 이 사건에서, 합병 신주의 가치가 피합병법인의 순자산가액을 초과한다는 점 등의 사정만을 들어 과세요건을 갖추었다고 추단할 수는 없다.

라. 앞서 본 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단에 상고이유 주장과 같이 세법상 영업권에 관한 법리를 오해하는 등의 잘못이 없다.

2. 원고의 상고이유에 관하여

구 법인세법 제45조 제1항은 '일정한 요건을 갖춘 합병으로서 합병법인이 피합병법인의 자산을 장부가액으로 승계하는 경우 합병등기일 현재 피합병법인의 이월결손금은 이를 합병법인의 결손금으로 보아 그 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위안에서 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제한다'고 규정하고 있다.

원심은 제1심 판결 이유를 인용하여 그 판시와 같은 사실을 인정한 다음, AA가 피합병법인인 BB익스프레스의 자산을 장부가액으로 승계하였다고 볼 수 없다는 이유로 BB익스프레스의 이월결손금을 AA의 2007, 2008 사업연도 과세표준을 계산할 때 공제할 수 없다고 판단하였다.

앞서 본 규정과 관련 법리에 비추어 기록을 살펴보면, 원심의 이러한 판단에 상고이유 주장과 같이 이월결손금 공제 요건에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.

3. 결론

그러므로 상고를 모두 기각하고, 상고비용은 각자가 부담하기로 하여, 관여 대법원의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.