가. 이 사건은 원고와 피고 사이에 체결된 아래 제2항 기초사실의 이 사건 계약의 정산과 관련하여, 원고는 물품의 구매 부분에 해당하는 재료비에 대하여 예정가격 작성기준 및 국가계약법령에 따라 일반관리비와 이윤이 별도로 인정되어야 한다고 주장하는 반면, 피고는 이 사건 계약은 노후화된 제1MCRC(Master Control and Reporting Center, 중앙방공통제소) 체계를 최신형 방공통제체계로 첨단화하고, 제1MCRC 체계에 구축된 최신의 소프트웨어를 제2MCRC 체계에 이식하며, 양개 MCRC와 외부기관 사이의 연동 시스템을 구축하는 것을 목적으로 하는 정보통신용역계약으로서 크게 소프트웨어개발 및 개발된 소프트웨어를 운용할 수 있는 시스템운용환경구축을 위해 체결된 용역계약이므로, 그 정산과 관련하여 소프트웨어사업 대가의 기준에 따라 직접인건비에 제경비 및 기술료를 인정하면 족하고, 물품의 구매 부분에 대하여 별도로 일반관리비와 이윤을 인정할 수 없다고 다투는 사안이다.

나. 한편, 원고는 이 사건 계약에 따라 2009. 8. 31. 이 사건 계약목적물 중 제1MCRC 체계 1식을 납품하였는데, 확인시험평가 과정에서 KNTDS 체계와 연동되지 아니하는 대결함 1건과 체계제어 장치인 콘솔이 중단되는 현상(이하 ‘콘솔중단현상’이라 한다)과 일부 항적이 레이더 자료와 미대조되면서 항적 추적 불능 및 삭제되는 현상(이하 ‘항적로스트현상’이라 한다)으로 인한 중결함 2건을 이유로 ‘전투용 부적합’ 판정을 받고, 이후 보완작업을 거쳐 2009. 12.경 재시험평가를 거쳐 최종적으로 2009. 12. 22. 납품 및 검수조서를 발행받았는데, 이에 대하여 피고가 지체일수 113일 중 원고에게 귀책사유가 없는 대결함 1건의 보완에 소요된 75일을...

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