가. 종교단체인 청구인은 2008.3.19. 증여를 원인으로 OOO 1필지 토지 148.1㎡와 지하 및 지상2층의 주택 142.18㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 취득한 후 담임목사 사택용도로 사용한다는 이유로 취득세 등을 비과세받았다.

나. 그 후, 처분청은 현지확인결과 쟁점부동산 중 일부를 OOO에게 임대하고 있는 사실을 확인하고 임대한 건물면적 35.7㎡에 해당하는 주택공시가격 OOO을 과세표준으로 하여 2011.6.10. 청구인에게 취득세 OOO, 등록세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO(이하 “이 건 제1처분”이라 한다)을 하였으며, 이에 대하여 청구인이 이의신청을 제기하자 OOO은 취득세 납부불성실가산세에 대하여 산정기간을 과다하게 산정한 것으로 보아 취득세 가산세 OOO을 감액하는 것으로 경정결정하였다.

다. 처분청은 이 건 제1처분을 한 이후에 청구인이 추가적으로 쟁점부동산 중 일부를 OOO에게 임대한 사실을 확인하고, 임대한 건물면적 37.16㎡에 해당하는 주택공시가격 OOO을 과세표준으로 하여 2011.11.10. 청구인에게 취득세 OOO, 등록세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO(이하 “이 건 제2처분”이라 한다)을 결정·고지하였다.

라. 청구인은 이 건 제1,2처분에 불복하여 2011.12.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 우선, OOO에게 임대한 부분의 경우 당해 임대건물은 등기된 건물이 아니라 무허가로 건축된 창고로서 목사부인이었다가 이혼한 OOO이 거주할 곳이 마땅치 아니하여 무상으로 임대하였던 것으로서 이와 같이 무허가 건물을 무상으로 임대한 것에 대하여 취득세 등을 추징한 것은 부당하다.

(2) 다음으로, 쟁점부동산 중 건물의 1층에 임차인으로 거주한 OOO의 경우 쟁점부동산을 취득한 후 2년이 경과한 2010.12.7.부터 임차하여 거주하고 있는데, 처분청은 당해 임대부분에 대하여 청구인의 공동담임목사를 맡고 있는 OOO가 2009.4.6. 주소지를 이전하여 거주하였으므로 당해 시점으로부터 2년 이내에 임대하였기 때문에 비과세한 취득세 등의 추징대상에 해당된다는 의견이나, 공동담임목사를 맡고 있는 OOO가 전입한 것과 OOO이 전입한 것은 별개로서 OOO가 전입한 시점에는 여전히 교회용으로 사용하고 있는 것으로 보아야 하므로 취득일로부터 2년 이상 종교용으로 사용하다가 임대한 부분에 대하여 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

종교단체가 취득 또는 등기한 부동산에 대하여 그 취득 또는 등기목적에 따른 유예기간이 경과하기 전에 당해 부동산에 대한 당초의 취득 또는 등기목적을 포기하고 이를 다른 용도로 사용함으로써 그 취득 및 등기목적을 전환한 경우에는 더 이상 당초의 취득 또는 등기목적에 따른 유예기간을 적용할 수 없다고 보아야 할 것이며OOO, 종교단체가 취득하는 부동산이라 하더라도 취득세 등의 비과세대상이 되는 것은 종교의식ㆍ예배ㆍ축전ㆍ종교교육ㆍ선교 등 종교목적으로 직접 사용하는 부동산에 한한다 할 것으로서OOO,

청구인이 쟁점부동산을 취득한 후 종교 목적에 직접 사용하였다 하더라도 OOO이 2010.2.23.부터 처분청의 현장조사일인 2011.4.28.까지 쟁점부동산 중 일부를 임대하고 있음이 처분청의 현장조사복명서 및 OOO 확정일자 확인 등을 통하여 확인되고 있으며, 청구인이쟁점부동산을 증여받은 후 2년이 지난 2010.12.7. OOO이 전입하였으나청구인이 쟁점부동산을 2008.3.19. 증여로 취득한 후 담임목사 OOO의 전입일인 2009.4.6.부터 종교용으로 사용하다가 그 사용일부터 2년이 경과하지 않은 2010.12.7. OOO에게 임대한 사실이 주택 확정일자 등을 통하여 확인되고 있으므로 임대료의 유ㆍ무상 여부와 관계없이 청구인이 쟁점부동산의 일부를 유예기간내에 종교용에 사용하지 아니하거나 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 다른 용도로 사용하고 있는 것으로서 처분청이 청구인에게 이 건 제1,2처분을 한 것은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

종교단체가 증여로 부동산을 취득한 후 유예기간 이내에 종교용에 사용하지 아니하고 일부를 임대한 경우로서 비과세한 취득세 등의 추징대상에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

(1)지방세법 (2010.3.31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것)

제107조【용도구분에 의한 비과세】다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득

제127조【용도구분에 의한 비과세】① 다음 각 호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기

제131조【부동산등기의 세율】① 부동산에 관한 등기를 받을 때에는 다음 각호의 표준세율에 의하여 등록세를 납부하여야 한다.

1. 상속으로 인한 소유권의 취득

(1) 농지

부동산가액의 1,000분의 3

(2) 기타

부동산가액의 1,000분의 8

2. 제1호 이외의 무상으로 인한 소유권의 취득 : 부동산가액의 1,000분의 15. 다만, 제127조제1항제1호의 규정에 의한 비영리사업자가 소유권을 취득한 때에는 그 가액의 1,000분의 8로 한다.

(2) 지방세법시행령 (2010.9.20. 대통령령 제22395호로 개정되기 전의 것)

제79조【비영리사업자의 범위】① 법 제107조제1호에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 다음 각 호의 자를 말한다.

1. 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2008.3.19. OOO과 쟁점부동산에 대하여 증여계약을 체결하여 이를 취득한 것으로 증여계약서에 나타난다.

(2) 청구인은 2008.3.31. 처분청에 취득신고를 하면서종교용도(담임목사 사택)로사용할 목적으로지방세 감면신청서를 제출하여취득세 등을 비과세받았다.

(3) 처분청이 2011.4.28. 쟁점부동산에 대하여 현장조사를 실시하고 작성한 조사서상 쟁점부동산의 사용내역을 보면, 지하1층은 교육관으로, 지상1층 중 32.77㎡는 OOO이 2010.2.23. 전입하여 거주하고 있는 것으로, 지상2층은 담임목사인 OOO가 거주하고 있는 것으로 조사되어 있다.

(4) 쟁점부동산의 거주 및 임대현황은 아래〈표〉와 같은 것으로OOOOOOO 확정일자 확인공문OOO에서 나타난다.

OOOOOOOOO OO O OOOO

(5) 주민등록등본상OOO는 배우자 및 자녀 2인, OOO 자녀 2인 및 동거인 1인, OOO은 배우자 및 자녀 1인과 함께 거주하고 있는 것으로 등재되어 있다.

(6)쟁점부동산 중 건물의 경우 1980.9.17. 사용승인이 이루어졌고, 1983.4.9.부터 등기부상 소유권이전등기가 이루어진 내역이 나타나며, 쟁점부동산 중 건물의 경우 당초 벽돌조로 지하층 및 지상1,2층이 건축된 건물과 별도로 1층에 연접하여 구조를 달리하는 건물이 건축되어 있는 것으로 건축물대장, 부동산등기부등본 및 처분청이 제시한 사진 등에서 나타난다.

(7) 처분청이 제시한 이 건 제1,2처분에 대한 과세내역서를 보면, 등록세에 대하여 이를 과세하면서 각각 그 과세표준(제1처분 : OOO, 제2처분 : OOO)에 1,000분의 15의 세율을 적용하여 등록세액을 산정하고 이에 가산세를 가산하여 이 건 제1,2처분은 한 것으로 나타난다.

(8) 이에 대하여 청구인의 주장을 차례로 살펴본다.

(가) 우선, 청구인은 OOO이 임차한 부동산이 1층 무허가건물이고 일시적으로 무상대여한 것인데 이에 대하여 취득세 등을 추징한 처분이 부당하다고 주장하나, 쟁점부동산 중 OOO에게 임대한 건물의 경우 당초 지하 및 지상 2층 건축물과 별개로 건축된 건축물에 해당되지만, 이러한 건축물에 대하여도 건축물대장과 부동산등기부등본에 건축물로 등재되어 있는 것으로 나타나므로 이를 무허가건물이기 때문에 과세대상에 해당되지 아니한다는 청구주장은 인정하기 어려우며, OOO에게 무상대여하였다고 하지만 유예기간 이내에 이를 직접 사용하지 아니하고 임대한 이상 취득세 등 추징대상에 해당된다 할 것이으로 보여진다.

(나) 다음으로, OOO의 경우 쟁점부동산을 취득한 날로부터 2년이 경과하여 임대하였으므로 취득세 등 추징대상에 해당되지 아니한다는 청구주장에 대하여 보면, 종교단체가 고유업무에 직접 사용할 목적으로 취득한 부동산의 경우 유예기간 3년 이내에 직접 사용하지 아니하거나, 3년 이내에 사용하였다 하더라도 이를 2년 이상 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 비과세한 취득세 등의 추징대상에 해당된다 할 것으로서, 처분청은 담임목사인 OOO가2009.4.6.부터 거주하였으므로 그 후 2년 이내에 쟁점부동산 중 1층의 일부분을 OOO에게 임대하였기 때문에 추징대상에 해당된다는 의견이지만청구인이 쟁점부동산을 2008.3.19. 증여받고 공동담임목사인 OOO가2009.4.6. 쟁점부동산에 전입하여 2층에 거주하고 있는 것으로 조사되어 있고, OOO은 2010.12.7. 쟁점부동산의 1층으로 전입하여 가족과 함께 거주하고 있는 것으로 나타나므로 OOO가 거주한 부분과 OOO이 거주하는 부분이 각각 다르기 때문에 처분청의 의견이 일견 타당하지 아니한 측면이 있지만,쟁점부동산 취득일로부터 유예기간 3년이 경과되기 이전에 OOO이 쟁점부동산의 1층에 입주하였으므로 유예기간 이내에 임대한 경우에 해당된다 할 것이고, 처분청이 현지조사를 할 당시 지하층만 교회용으로 사용하는 것으로 나타나며, OOO에게 임대한 지상1층 주택부분에 대하여 임대하기 이전에 취득일로부터 2년 이상 종교용으로 사용하다가 이를 임대한 것이라는 사실이 입증되지 아니하므로 유예기간 3년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 임대한 경우에 해당된다고 볼 수 밖에 없어 비과세한 취득세 등의 추징대상에 해당된다고 할 것이다.

(다) 그러나, 이 건 제1,2처분과 관련하여 청구인은 쟁점부동산을 증여로 취득하였고, 비영리사업자에 해당되므로 등록세의 경우 구 「지방세법」제131조 제1항 제2호 단서에 의하여 1,000분의 8의 세율을 적용하여야 할 것인데, 처분청이 제시한 과세내역서를 보면, 1,000분의 15의 등록세율을 적용하여 이 건 제1,2처분을 한 것으로 나타나므로 이 부분에 대하여는 잘못이 있다고 하겠다.

(라) 따라서, 이 건 제1,2처분에 대한 청구주장은 인정하기 어렵다 하겠지만 처분청이 쟁점부동산 중 OOO과 OOO에게 임대한 부분에 대하여 등록세 및 지방교육세를 추징하면서 세율을 과다하게 적용한 부분은 잘못이 있다 하겠으므로 구 「지방세법」제131조 제1항 제2호 단서의 규정에 따라 1,000분의 8의 세율을 적용하여 등록세액을 경정하고, 그에 따라 지방교육세의 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 「지방세기본법」제123조 제4항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호·제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.