가. 원고는 2006. 12. 1.부터 남양주시 B에서 ‘C주유소’라는 상호로 주유소(이하 ‘이 사건 주유소’라고 한다)를 운영하고 있다.

나. 원고는, 2009년 제1기 부가가치세 과세기간 중 주식회사 유성에너지(이하 ‘유성에너지’라고 한다)로부터 공급가액 합계 230,872,727원의 세금계산서 5매를, 2009년 제2기 부가가치세 과세기간 중 주식회사 티오일(이하 ‘티오일’이라고 한다)로부터 공급가액 16,789,091원의 세금계산서 1매를 각 교부받아, 그 공급가액을 공제대상 매입세액에 포함하여 부가가치세를 신고하였는데, 위 각 세금계산서의 구체적인 내역은 아래 표 기재와 같다

(이하 위 각 세금계산서를 ‘이 사건 세금계산서’라고 한다). 공급자 일자 품목 공급가액(원) 세액(원) 합계(원) 유성에너지 2009. 2. 28. 저유황경유 외 (40,000리터) 46,690,909 4,669,091 51,360,000 2009. 3. 31. 저유황경유 (20,000리터) 21,127,273 2,112,727 23,240,000 2009. 4. 30. 저유황경유 (20,000리터) 22,181,818 2,218,182 24,400,000 2009. 5. 31. 저유황경유 외 (80,000리터) 91,181,818 9,118,182 100,300,000 2009. 6. 30. 저유황경유 외 (40,000리터) 49,690,909 4,969,091 54,660,000 합계 230,872,727 23,087,273 253,960,000 티오일 2009. 11. 9. 무연 (12,000리터) 16,789,091 1,678,909 18,468,000

다. 피고는 중부지방국세청장 및 대전지방국세청장으로부터 유성에너지와 티오일이 이른바 ‘자료상’으로서 이 사건 세금계산서가 공급자가 사실과 다르게 기재된 세금계산서라는 내용의 과세자료를 통보받고, 이에 대한 세무조사를 실시하여 이 사건 세금계산서가 공급자가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 보아, 이 사건 세금계산서에 따른 매입세액의 공제를 부인하고, 여기에 구 국세기본법 2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의...

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