가. 청구법인은 1999.3.4.부터 백신의 제조 및 판매업을 영위하는 법인으로서, 2010년 제2기 부가가치세 과세기간 중 경기도 OOO공장(이하 “본점”이라 한다)에서 제조한 제품을 OOO공장(이하 “지점”이라 한다)으로 운반하여 포장 및 라벨링 작업을 추가 수행한 뒤, 이를 OOO을 통하여 국외로 반출하는 형태의 수출거래를 수행하였고, OOO백만원 상당의 수출거래(이하 “쟁점매출”이라 한다)에 대하여 수출사업장을 지점으로 기재한 수출신고필증에 근거하여 지점의 영세율과세표준으로 하여 부가가치세를 신고하였다.

나. 처분청은 청구법인에 대한 부가가치세 환급 현지확인 결과, 쟁점매출이 본점의 영세율과세표준임에도 지점의 영세율과세표준으로 신고함에 따라, 본점의 영세율과세표준이 과소하게 신고된 사실을 확인하고, 영세율과세표준신고불성실가산세를 적용하여 2011.9.5. 청구법인에게 2010년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.11.30. 이의신청을 거쳐 2012.5.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 다음과 같은 사유로 본점의 영세율과세표준을 착오로 지점의 영세율과세표준으로 신고하였는바, 이는「국세기본법」에 규정된 의무이행을 해태함에 있어 정당한 사유가 있는 경우에 해당하므로, 쟁점매출에 대하여 영세율과세표준신고불성실가산세를 부과한 처분은 부당하다.

(1) 청구법인은 당초 경기도 OOO에 제조시설 및 관리부서를 두고 있었으나, 위 OOO 지역이 도시개발사업상 개발계획구역 내 위치하여 철거될 예정임에 따라, 2010년 3월에 OOO에 대규모 백신제조공장을 신축하고 2010년 7월 관리부서를 이전하여 송도공장을 지점으로 하여 신규사업자등록을 마쳤으나, 식품의약품안전청 및 세계보건기구로부터 백신제조인가가 늦어져 신축된 OOO공장에서 백신제조공정을 가동할 수 없어, 2010년 하반기에는OOO공장에서 제품을 제조 후 이를 OOO공장으로 운반하여 포장 및 라벨링 작업을 추가 수행한 뒤, OOO을 통하여 수출하였으며, 2011년 9월부터는 OOO의 제조공정을 정상 가동하여 기존 OOO사업장을 폐쇄하고 현재는 OOO에만 사업장을 두고 있다.

(2) 청구법인은 2010년 제2기 부가가치세 과세기간 중 위와 같은 수출거래 중 쟁점매출에 대하여 관세사사무소에서 수출신고필증 등 수출 관련 근거서류 작성시에 수출사업장을 제품의 최종 완성장소인 OOO사업장으로 기재하였고, 동 서류에 기재된 사업장정보를 신뢰하여 OOO세무서장에게 영세율과세표준으로 부가가치세를 신고하였는데, 그 원인이 관세사사무소에서 기재한 영세율첨부서류인 수출신고필증의 사업장 관련 정보가 착오 기재된 데에 있는바(청구법인은 관세사의 요청에 따라 OOO사업장의 사업자등록증을 제공한 적이 있을 뿐, 쟁점매출에 대한 수출신고와 관련하여 사업장 판단을 위한 여타 자료를 관세사에게 제공한 적이 없고, 관세사가 최종 수출 물류흐름에 따라 OOO사업장을 수출사업장으로 판단하여 기재한 것임), 이는「국세기본법」이 정하는 의무불이행에 대한 정당한 사유가 있는 경우에 해당된다.

(3) 또한, 「부가가치세법」제22조 제8항은 납세의무자에게 영세율과세표준 신고 및 관련 첨부서류의 제출의무를 부과하고 있고, 동 목적은 영세율 첨부서류에 기재된 관련 정보 등을 확인하여 부가가치세 과세표준 신고의 완전성을 담보하기 위한 것인바, 청구법인이 비록 착오로 인하여 OOO세무서에 영세율과세표준을 각각 나누어 신고하였으나, 총 신고하여야 할 과세표준액은 국가에 모두 성실히 신고하였으므로, 단지 관할을 잘못 인식하였다고 하여 일반적인 영세율 신고의무불이행의 경우와 동일한 가산세율을 적용하여 과세하는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

다음과 같은 사유로 청구법인에 대한 영세율과세표준신고불성실가산세 부과는 정당하다.

(1) 부가가치세는 사업장마다 신고·납부하여야 하는 것으로, 본점의 영세율과세표준을 지점의 영세율과세표준으로 신고하였다고 하더라도 본점의 영세율과세표준이 신고하여야 할 과세표준보다 적게 신고된 것은 변함이 없다.

(2) 의약품은 식품의약안전청의 허가없이 제조할 수 없는바, 지점(인천광역시 OOO지점)을 제조업의 제조장으로 볼 수 있는 여지가 없는 본건의 경우 지점을 매출처로 하여 신고할 수 없는 것이고, 청구법인도 이를 인지하여 본점이 영세율과세표준을 신고할 의무가 있음을 알고 2011년 제1기 부가가치세 신고시에는 영세율과세표준 신고를 본점에서 이행하였다.

(3) 청구법인은 착오로 수출신고필증에 기재된 사업장정보에 따라 영세율과세표준을 신고하였으므로, 의무이행 해태에 정당한 사유가 있어 가산세부과는 부당하다는 주장이나, 수출신고필증상의 수출자와 실제 수출한 사업장이 다른 경우 실제 수출한 사업장이 영세율과세표준을 신고하여야 하는 것으로 의무이행 해태에 정당한 사유가 있다고 할 수 없고, 관세사가 청구법인이 제출한 서류를 무시하고 임의로 수출신고를 이행하는 것은 사회통념상 불가능한바, 수출신고에 오류가 있었다면 그것의 귀책사유도 청구법인에 있다고 보이며, 오히려 처음부터 주의를 기울였다면 2010년 제2기 부가가치세 신고시에도 2011년 제1기 부가가치세 신고시와 같이 적법하게 신고할 수 있었다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

본점 영세율과세표준을 지점 영세율과세표준으로 신고한 것에 대하여 영세율과세표준신고불성실가산세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법(2010.1.1. 법률 제9911호로 개정된 것) 제48조【가산세 감면 등】① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

(2) 부가가치세법(2010.1.1. 법률 제9915호로 개정된 것) 제4조【신고ㆍ납세지】① 부가가치세는 사업장마다 신고ㆍ납부하여야 한다.

② 사업자에게 둘 이상의 사업장이 있는 경우로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 주된 사업장 관할 세무서장에게 신청한 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주된 사업장에서 총괄하여 납부할 수 있다.

③ 제1항에도 불구하고 제5조 제2항 및 제3항에 따라 사업자 단위로 등록한 사업자(이하 “사업자단위과세사업자”라 한다)는 그 사업자의 본점 또는 주사무소(主事務所)에서 총괄하여 신고ㆍ납부할 수 있다. 이 경우 그 사업자의 본점 또는 주사무소는 신고ㆍ납부와 관련하여 이 법을 적용할 때 각 사업장으로 본다.

제22조【가산세】⑦ 영세율이 적용되는 과세표준을 제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조 제1항에 따라 신고하지 아니하거나 신고한 과세표준이 신고하여야 할 과세표준에 미달하는 경우에는 그 신고하지 아니한 과세표준(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 과세표준)의 100분의 1에 해당하는 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 2010년 제2기～2011년 제1기(예정) 부가가치세를 신고한 내역은 아래 <표1>과 같다.

OOOOOOOOOO OOOOO OOOOO OOOO

(OO : OOO)

(2) 청구법인이 등록한 본점 및 지점내역은 아래 <표2>와 같다.

OOOOOOOOOO OOOOO OO O OO OOOOO OO

(3) 쟁점매출과 관련한 청구법인의 수출과정은 심판청구서에 아래와 같이 나타난다.

(가) 청구법인은 백신 제조 및 판매를 목적사업으로 하여 1998년 10월에 설립되었고, OOO법인인 모회사가 2000년 4월 유상증자에 참여하여 회사의 총 발행주식의 80%를 취득하였으며, 이후 내국인주주의 잔여지분 20%를 추가로 취득하여 현재는 100% 외국인투자기업으로서, 국내에서 제조한 백신을 국제연합아동기금(UNICEF), 세계보건기구(WHO) 등 해외 매출처에 수출하고 있다.

(나) 청구법인은 당초 OOO에 제조시설 및 관리부서를 두고 있었으나, OOO)의 도시개발사업과 관련하여 용인공장의 철거가 예정됨에 따라, OOO광역시 OOO에 2008년 4월부터 대규모 백신 제조공장의 신축을 시작하여 2010년 3월에 준공하고, 2010년 7월에 인사‧재무‧회계 등 관리부서를 OOO공장(지점)으로 이전하면서 지점 사업자등록을 완료하였다.

(다) 그러나, 지점에 대하여 한국식품의약품안전청(KFDA) 및 세계보건기구(WHO)의 백신제조인가를 받아야만 백신제조공정을 가동할 수 있기 때문에 2010년 하반기에는 본점에서 제품제조 후 지점으로 운반하여 포장 및 라벨링 작업을 추가로 수행한 뒤, 이를 OOO을 통하여 수출하였고, 이후 2011년 9월부터 지점 제조공정을 정상 가동하게 되면서 기존 본점 사업장을 지점 사업장으로 이전하였다.

(라) 위와 같은 수출과정에서 일부 수출거래에 대한 수출신고필증 작성시 청구법인을 대행한 관세사가 수출사업장을 통념상 제품의 최종완성 장소로 볼 수 있는 지점으로 기재하였고, 청구법인은 해당 수출신고필증에 기초하여 쟁점매출을 지점의 영세율과세표준으로 신고하게 되었다.

(4) 처분청의 현지확인(종결)복명서의 주요 내역은 아래와 같다.

(가) 청구법인은 OOO(5대 소아질병 예방백신) 등을 제조하는 백신 제조업체이고, 본점은 경기도 OOO에 소재하고 있으나, OOO전철연장선 등이 들어올 예정이어서 2011년 6월 폐쇄 예정이며, 2009년 말부터 OOO광역시 OOO에 생산공장을 짓고 2010년 7월 지점 사업자등록을 하였다.

(나) 청구법인이 약품제조를 위해서는 식약청 허가를 받아야 하는바, 주요 핵심 제조공정인 조제 및 충전은 본점인OOO공장에서 이루어지고(지점인 OOO공장은 허가 전임), 그 외 품질검사, 포장작업, 제품보관은 2010년 5월 허가를 득하여 지점 공장에서 하고 있다.

(다) 「부가가치세법 시행령」제4조 제1항 제2호에 의하면, 제조업의 사업장은 최종제품을 완성하는 장소이고, 제품의 포장만을 하거나 용기에 충전만을 하는 장소는 제외한다고 규정되어 있으며, 제조업이란 사업자가 새로운 재화를 제조‧가공하는 인적·물적 설비를 갖춘 장소에서 물질 또는 구성요소에 물리적·화학적 작용을 가하여 새로운 재화를 생산하여 이를 판매하는 산업 활동을 말하는 것이며, 다만, 단순히 상품을 선별‧분리‧분할‧포장‧재포장 등과 같이 그 상품의 본질적 성질을 변화시키지 않는 처리활동은 제조업에 해당되지 않는 것인바(국심 2002전2384, 2003.6.24. 참조), 지점은 품질검사, 포장 등의 공정만을 실시할 뿐, 물질에 물리적·화학적 작용을 가하여 새로운 재화를 생산하지는 아니하므로 단순한 제품 보관장소로 보이고, 조제 및 충전 공정으로 최종원액이 분병상태가 되는 본점이 제조장으로 보이므로, 매출은 본점에서 이루어져야 하는 것으로 판단되는바, 2010년 제2기 부가가치세 신고시 지점 매출로 신고한 것은 잘못이 있는 것으로 보인다.

(5) 위의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 보면, 첫째, 「부가가치세법」제4조 제1항에서 부가가치세는 사업장마다 신고·납부하도록 규정하고 있고, 둘째, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유없이 법에 규정된 신고·납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서 납세의무자의 고의·과실은 고려되지 않는 것인바(조심 2011서2, 2011.2.15., 대법원 2005두3714, 2006.10.26., 같은 뜻임), 위에서 본 바와 같이 청구법인이 위임한 관세사의 수출신고필증을 근거로 본점의 영세율과세표준을 지점의 영세율과세표준으로 사실과 다르게 신고한 것은 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한정당한 사유가 될 수 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.