2. 항소비용은 원고들이 부담한다.

원고들의 항소이유는 제1심에서의 주장과 크게 다르지 아니하고, 제1심에서 제출된증거에 이 법원에 제출된 증거를 더하여 원고들의 주장을 살펴보더라도 제1심의 사실인정과 판단은 정당한 것으로 판단된다.

이에 이 법원의 판결이유는, 아래 제2항과 같이 원고의 주장에 관한 판단을 추가.보충하는 것 외에는 제1심 판결 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

2. 판단의 추가 및 보충

가. 원고들 주장의 요지

1) 이 사건 규정은 가산세 부과 사유를 '면세유 관리기관인 조합이 관련 증거서류를 확인하지 아니하는 등 관리 부실이 있고, 그로 인하여 면세유류 구입카드 등을 잘못 발급하거나 농어민 등 외의 자에게 발급하는 경우'로 제한하고 있다. 여기에서 '관련 증거서류를 확인하지 아니한 경우'란 면세유류 구입카드 등을 발급함에 있어 사무처리 절차상 단순한 실수나 오류가 있거나 관리상 하자가 있는 모든 경우를 의미하는 것이 아니라, 구 농ㆍ축산ㆍ임ㆍ어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정(2013. 2. 15. 대통령령 제24369호로 개정되기 전의것, 이하 '구 특례규정'이라 한다) 제20조 제2항 및 구 어업용 면세유류 공급 및 사후관리요령(2013. 2. 25. 농림수산식품부훈령 제355호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 공급관리요령'이라 한다) 제15조에서 조합이 확인하도록 규정하고 있는 판매서류 사본 또는 선박출(입)항신고서를 확인하지 아니한 경우를 의미한다. 따라서 원고들의 내부규정에 불과한 「유류공급사업요령」을 일부 위반하였다고 하여 곧바로 면세유의 관리를 부실하게 하였다고 볼 수 없다.

2) 면세유의 부정유통을 방지하기 위한 이 사건 규정의 입법 취지, 면세유가 부정 유통되었을 경우와의 형평, 사인에 대하여 관리책임을 부과하는 이 사건 규정의 특수성 등을 고려하면, '관리 부실' 여부를 판단함에는 관련 증거서류를 확인하였는지 여부뿐만 아니라 어민에게 공급된 면세유가 어업용으로 사용되었는지 여부도 고려되어야한다. 그런데 원고들은 판매서류 사본 또는 선박출(입)항신고서를 통하여 어업경영 사실을 확인하고 출고지시서를 발급하였으며, 원고들이 어민들에게 공급한 면세유는 어업용으로 사용되었다는 점이 확인되었으므로 원고들의 면세유 공급에 관리 부실이 있다고 볼 수 없다.

3) 나아가 면세유 공급 관련 규정이 매우 복잡하고, 조합으로서는 면세유 공급 관련 업무 외에 다양한 업무를 수행하고 있는 등의 사정에 비추어 조합이 면세유류 공급절차와 관련한 규정을 모두 준수할 것을 기대하는 것은 무리이므로 원고들의 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다.

나. 판단

1) 농어촌의 경제적 안정을 지원하기 위한 목적에서 농어업용으로 사용되는 유류에 대하여 교통세 등을 면제하는 특례규정은 조세특례제한법이 2000. 12. 29. 법률 제6297호로 개정되면서 위 법 제106조의2에 신설되었고, 이 사건 규정은 조세특례제한법이 2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정되면서 신설되었다. 그 위임에 따라 대통령령인구 특례규정이 제정되었고, 구 특례규정 제27조는 면세유의 공급절차 및 면세유류판매업자의 환급신청절차 등 세부 사항을 다시 국세청 고시에 위임하고 있으며, 이에 따라'농ㆍ임ㆍ어업용면세유 공급절차 및 면세유류판매업자의 환급(면제)신청에 따른 감면세액의 환급절차 등' 고시가 제정되었다. 또한 구 특례규정 제26조에 의하여 어업용 면세유 제도의 감독기관으로 지정된 구 농림수산식품부(현 해양수산부)는 훈령으로 구 공급관리요령을, 구 공급관리요령 제4조에 의하여 면세유류 관리기관으로 지정된 수산업협동조합은 내규로 「유류공급사업요령」을 제정하였다. 이처럼 「유류공급사업요령」은 구 조세특례제한법 제106조의2, 구 특례규정, 구 공급관리요령의 순차적인 위임에따라 제정되고, 면세유류 공급업무 수행에 필요한 세부요령을 규정하고 있어 일반ㆍ추상적인 규범으로서의 성질을 가지고 있다. 「유류공급사업요령」이 면세유류 공급과 사후관리에 필요한 세부적인 사항을 규정하기 위하여 원고들이 마련한 내부적인 업무처리 기준에 해당하기는 하지만, 상위 법령을 구체화하여 면세유류 공급 및 사후관리의 방법, 절차 등에 관하여 합리적인 기준을 가지고 규정하고 있으므로 원고들은 이를 준수하여 면세유를 공급ㆍ관리하여야 하고, 이를 위반하여 출고지시서 등을 발급한 경우 이는 이 사건 규정의 '관리 부실'이 있었는지 여부를 판단할 때 당연히 고려되어야한다(대법원 2012. 11. 29. 선고 2008두21669 판결 참조). 그리고 이는 원고들과 유사한 단체의 내부 규정이 「유류공급사업요령」과는 일부 다르게 규정하고 있다 하더라도 마찬가지이다(원고들은 「유류공급사업요령」이 「산림조합 면세유류 공급준칙」보다 규정이 복잡하고 그 절차를 상세하게 규정하고 있어 「유류공급사업요령」을 '관리부실'의 판단 기준으로 삼는 것은 형평의 원칙에 반한다고 주장한다. 그러나 「유류공급사업요령」이나 「산림조합 면세유류 공급준칙」이 각 규정한 면세유 공급 관련 본인 확인 절차가 본질적인 부분에서 크게 차이가 나지는 않는 것으로 보이므로, 단지절차 규정의 일부내용의 구체성 정도에 차이가 있다는 사정만으로 「유류공급사업요령」의 적용이 형평의 원칙에 반하는 것이라고는 볼 수 없다).

2) 또한 이 법원이 인용하는 제1심 판결 이유에서 판단한 것처럼 이 사건 규정은 면세유 제도 운용의 기초가 되는 면세유류 구입카드 등의 발급 자체에 관한 철저한 관리ㆍ감독을 위하여 조합에 대한 제재를 강화하고, 면세유 부정유통의 소지를 사전에 없애고자 한 것으로서, 실제로 해당 면세유가 어업에 사용되었는지 여부와 관계없이 관리 부실로 인하여 면세유류 구입카드 등을 잘못 발급하는 것 그 자체에 대하여 가산세를 부과하고자 한 것으로 봄이 타당하다.

3) 나아가 면세유류 관리기관인 원고들은 어민으로부터 면세유류 구입카드 등의 발급신청을 받은 뒤 그 발급상대방이 본인인지 여부, 실제 조업 사실이 있는지 여부에 관하여 관련 규정에 따른 증명서류를 제대로 제출받지 아니하였을 뿐만 아니라, 제출받은 증명서류와 본인 확인을 통하여 사망한 어민인지 여부 등과 실제로 조업할 수 없는 어선인지 여부를 충분히 의심할 만한 상당한 이유가 있었음에도, 그 사실을 제대로 확인하거나 조회하지 아니한 채 제출된 증명서류만을 형식적으로 확인하여 면세유류구입카드 등을 발급하였다고 봄이 상당하고, 달리 원고들에게 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기도 어렵다[원고들은 해외출국중인 어민에게 출고지시서를 발급하면서 위임관계를 확인하였다며 일부 위임장, 신분증, 가족관계증명서를 갑제13호증의 1, 2, 3으로 제출하였다. 원고 서천군수산업협동조합에 대한 갑 제13호증의1의 경우 상당수가 위임장이 없거나(11건), 가족관계증명서나 재직증명서 등 위임관계를 증명할 수 있는 서류가 빠져 있거나(14건), 첨부된 어민 또는 수임인의 신분증 발급일이 위임장 작성일 이후인 것(25건)이 확인되었다. 원고 서천서부수산업협동조합, 보령수산업협동조합에 대한 갑 제13호증의 2, 3에는 위임관계를 증명할 수 있는 가족관계증명서나 재직증명서 등이 누락되어 있다. 이와 같은 사정을 고려하면 갑 제13호증의 각 기재만으로는 원고들이 「유류공급사업요령」에 따라 면세유류 구입카드 등을 발급함에 있어 '관리 부실'의 책임이 없다고 할 수 없다].

따라서 원고들이 이 사건 규정상의 '관리 부실'로 인하여 면세유류 구입카드 등을'잘못 발급'하였다고 봄이 타당하므로, 원고들의 위 주장은 이유 없다.

3. 결 론

원고들의 청구는 이유 없으므로 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하다. 따라서 원고들의 항소는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.