가. 청구법인은 1996.8.5.부터 현재까지 건강기능식품 제조, 도소매업(건강기능식품)을 영위하고 있는 법인으로,1998.8.1. 남OO과특허 번호 제181168호OOOOOO OOO OOOOO(OO OOOOOOOOOO) 및 그 제조방법](이하 ‘쟁점특허권’ 이라한다)에 대한 통상실시권사용설정계약[설정료 5억원(1998.8.31. 5,000만원, 2003.8.31.2억원, 2005.8.31. 2억5,000만원), 실시료(계약일～2003.9.30. 기간동안 월 판매제품 총매출금액에 5%, 2003.10.1.～2017.3.19. 월 판매제품 총 매출금액의 8%)]을 체결하고, 2003사업연도 중 쟁점특허권 사용료446,782,052원(이하 ‘쟁점특허료’라한다)을 대표이사 남OO에게 지급하고법인소득 금액 신고시 손금산입하였다.

나. OOOO국세청장은 2008.8.21.～2008.10.10. 기간동안 청구법인에 대하여 조사를 실시한결과, 쟁점특허권이 남OO의 개인발명이 아닌 청구법인과 공동발명이거나 직무발명에 해당한 것으로 판단하고쟁점특허료를 특허료 부당지급액으로 보아 손금불산입할 것을 처분청에 과세자료로통보하였다.

다. 처분청은OOOO국세청장의 통보자료에의해 쟁점특허료를 손금불산입하여2009.2.19.청구법인에게 2003사업연도 법인세 105,325,660원을 경정·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2009.5.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

투자자 유OO과 발명가 남OO은 1996.7.22. “특허권 실시허여및투자계약서”(이하 “투자 등 계약서”라 한다)를 체결하여 유OO은 남OO이그동안 개인사업자로 운영한OOOOO의 자산 및 경영권 일체를 인수 및 남OO이 기존에소유하고 있던 발명특허권을 유OO과 공유하는 조건으로 5억원을남OO에게 현금으로 지급하고,OOOOO을 법인으로 전환(유OO이OOO의 초기자본금 5억원을 전액출자하되, 유OO 55%, 청구인 45%)하는 조건이었는 바,1996.8.5.위의계약내용에 의해 청구법인[대표이사 유OO(지분 55%), 감사 청구인(지분 45%)]을 설립한 후, 투자등계약서 제6조 제5항(본 계약 이전에 출원중인 국내외 발명특허, 상표, 실용신안, 의장등록 등은 투자자 유OO과 발명가 남OO의 공유로 한다)에 의해 1996.7.22. 이전에 출원한“천연조미료 제조방법 및 그 천연조미료(육향)” 특허목록 5개를 유OO에게 이전하여 공유하는 등 유OO이 청구법인을 사실상 지배하였다.

투자 등 계약서 제6조 제2항[계약기간중 위 권리와 관련하여발명가가 개량 혹은 확장에 대한 신규발명 또는 고안을 했을 때에는당사자(유OO과 남OO)가 이를 공유한다]에 의거 쟁점제품에 대한 특허도공유하였어야 하나, 청구법인의경영권을 행사한 유OO은당해 연구에 대하여 전혀 금전적 지원을 하지 아니하였고, 청구법인의연구시설사용 등 물질적인 지원도 전혀없어 남OO은 개인자금으로 별도의 연구실(OOOOO OOO OOOOOOOO OOOO OO)을 임차하여 연구를 진행하였으며, 유OO은 남OO의 OOOOO의 인수대가로 남OO에게 계약 당일(1996.7.22.) 지급하기로 한 계약금 3억원을지연 지급(1996.7.27. 1억원,1996.8.8. 1억원, 1996.8.30. 5천만원 등)하는 등계약을 위반하여 남OO이이의를 제기하는 등 1996.10.28. 상호간 협의로작성한 ‘협의내용[2. 투자계약서 제6조제2항에 의한 관련 특허에 대하여투자자(유OO)는비용일체를 부담하지 아니하는 조건으로 발명자개인의 권리로 한다.이로 인한 제3자와의 계약에 대하여도 일체 이의를제기하지 않는다.]’을체결함에 따라남OO은청구법인의 형식적인 감사직책만 소유한 채로 발명품연구에 전념하여오다1997.3.19.자로 1993년부터 시작하여 OOOO의 실패를거쳐 OOOOO에성공한쟁점제품에 대하여 신OO(OOOOO)와공동으로 특허출원을 하였다.

OOOO국세청장이 이 건 처분의 과세근거로 한 투자자 유OO의진술내용(OO OOO OO OOO OOOOOO, OOOOO OOO OO O OOO OOOO OOO OO OOOOOO OOOO OO OO O OO OO OOOOOO OOOO OOO OOOOO OOO, O OOO OO OOOOOO O OOOO OO OO OOOOOO OO OOO)O OO과 쟁점제품의 원재료는 근본적으로 달라 사실과 다르고,청구법인의 출금전표상 연구개발비 등의 지출사실이 없는 것으로 보아 유OO은 남OO과 결별에 따른 나쁜 감정으로 인하여 남OO에게 불리한 내용으로 진술한 사실이 유OO이 작성한 사실확인서(2008.12.29.)로 알 수 있으며,청구법인의 1996～1997사업연도 결산서에무체재산권으로 2억5,000만원(OOOOOOO OOO, OOOOO O,OOOOO)이 계상된 것은1996.8.6.자 출금전표상특허권 2억5,000만원을잘못 기재한 것으로, 이는 당시 회계지식이부족하고 특허권등에 대하여잘 모르던 경리담당 직원이 OOOOO의인수에 소요된5억원 중 절반이 쟁점특허권에 해당하는 것으로 잘못 알고 기계적으로 출금전표를작성한 것에 불과하므로 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인는쟁점특허권이 남OO의 자금과 노력으로만 이루어진 개인발명(공동등록자인 신OO는 단순히 명의를 빌려준자에 불과함)이라고주장하면서 남OO과 유OO이 1996.7.22. 체결한 “특허권실시허여 및 투자계약서”와 1996.10.28. 체결한 추가 “협의내용” 및 특허권등록에 소요된 출원비용 및 등록비용증빙을 제시하고 있으나,“특허권실시허여 및 투자계약서”는 남OO의 개인사업체였던 OOOOO을 청구법인으로 전환하면서 청구법인의 초기자본금 전액 및 운영자금을유OO이 부담하고 남OO은 그 대가로 유OO과 남OO 명의의 특허권등을 공동 소유한다는 청구법인 설립당시 법인의 투자계약서일 뿐, 쟁점특허권이 OOO와 독립적으로 발명된 것이라는 청구주장을 입증할 서류가 될 수 없고, 1996.10.28. 체결한 추가 “협의내용”은 계약서전체가 아닌 일부내용만 존재한다는 점, 특허 등 계약서와 달리 공증을받지 아니한 점, 계약서상 입회자로명시된남기소의 날인이 누락된점, 다른 서류와 달리 간인의 위치가 불특정적인 점, “협의내용” 제5항중 총회 및 이사회의 일자 기재가 누락된 점, 계약 당사자인 유OO이 계약사실을 기억하지 못한다는 점 등으로 보아 진위여부가 의심 된다.

쟁점특허권 등록에 소요된 출원비용 및 등록비용증빙은쟁점특허권이 남OO 개인 명의로 출원되었기 때문에 불가피하게 남OO개인명의로 지출된 것일 뿐, 쟁점특허권이 남OO 개인의 발명이라는 증빙은 될 수 없는 반면, 청구주장을 입증할 수 있는 쟁점특허권과 관련된 발명, 개발, 연구활동 등에 소요된 비용이 남OO의 개인자금에서 지출됐다는 증빙을 제출하지 못하고 있으며, 쟁점특허권은청구 법인설립이후청구법인의 임원으로 재직하고 있던 남OO과 신OO가우선권주장(1996.11.7.)과 특허출원(1997.3.19.) 및 특허등록(1998.12.5.)한 사실로보아 「발명진흥법」제10조에 의한 직무발명에해당되어청구 법인이쟁점특허권에 대한 실시료를 지급할 의무가 없다.

청구법인 설립(1996.8.5.)부터 쟁점특허권의 우선권주장일(1996.11.7.)및 특허출원일(1997.3.19.) 이후인 1997.5.26.까지 청구법인의 대표이사로 재직하였던 유OO은 쟁점특허권과 관련된 발명, 개발, 연구 등 모든 연구개발 비용과 국외출장비용 등은 청구법인이 지원하였다고 진술 하였다가 객관적인 증빙없이 본인의 진술을 번복한 점으로 보아 이를 신뢰하기 어렵고, 청구법인의 1996사업연도 대차대조표에 무체재산권 2억5,000만원(OOOO특허권 2억원, 쟁점특허권 5천만원)으로 계상 되어 있고, 2007사업연도까지 계속해서 쟁점특허권의 취득 연도를 1996년으로 계상하고 있는 것으로 보아 청구법인의 주장처럼 회계담당자의 단순실수에 따른 착오기재라고 볼 수 없으며, 1999.9.16. 쟁점특허권을 남OO과 OOO가 공유하는 것으로 등록되었으므로 그이후에는 남OO에게 특허권 설정료 및 실시료를 지급할 이유가 없다고보이는 점, 쟁점특허권의 특허등록번호(OOOOOOOOOO)가 1998.12.5.자에 부여 되었음에도 그 이전인 1998.8.1.자로 특허의 양도 등이 이루어지고 그 계약서에 위 특허등록번호가 기재된 것으로 보아 청구법인의 주장이 신빙성이 없어 보이는 점, 쟁점특허권과청구법인설립 등일련의 과정으로 보아 직무발명에 해당하는 것으로 보여지는 점 등으로 보아 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점특허권이청구법인임원인 남OO의 직무상 발명이거나,청구법인과공동발명한 것으로 보고 쟁점특허료를특허료 부당지급액으로 보아손금불산입한 처분의 당부

나. 관련 법률

(1) 법인세법 제19조【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제24조【기부금의 손금불산입】① 내국법인이 각 사업연도에 지출한기부금 중 사회복지ㆍ문화ㆍ예술ㆍ교육ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술 등 공익성을감안하여 대통령령이 정하는 기부금(이하 “지정기부금”이라 한다) 중 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 차감한 금액에 100분의 5를 곱하여 산출한 금액(이하 이 조에서 “손금산입한도액”이라 한다)을 초과하는 금액과 지정기부금외의 기부금은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

(2) 발명진흥법 제2조【정의】2. “직무발명”이란 종업원, 법인의 임원또는 공무원(이하 “종업원등”이라 한다)이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자·법인 또는 국가나 지방자치단체(이하 “사용자등”이라 한다)의 업무 범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 종업원등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명을 말한다.

제10조【직무발명】① 직무발명에 대하여 종업원등이 특허, 실용신안등록, 디자인등록(이하 “특허등”이라 한다)을 받았거나 특허등을 받을 수 있는 권리를 승계한 자가 특허등을 받으면 사용자 등은 그 특허권, 실용신안권, 디자인권(이하 “특허권등”이라 한다)에 대하여 통상실시권을 가진다.

제15조【직무발명에 대한 보상】① 종업원 등은 직무발명에 대해 특허 등을 받을 수 있는 권리나 특허권 등을 계약이나 근무규정에 따라 사용자 등에게 승계하게 하거나 전용실시권을 설정한 경우에는 정당한 보상을 받을 권리를 가진다.

② 제1항에 따른 보상에 대해 계약이나 근무규정에서 정하고 있는 경우그에 따른 보상이 다음 각 호의 상황 등을 고려해 합리적인 것으로 인정되면 정당한 보상으로 본다.

1. 보상형태와 보상액을 결정하기 위한 기준을 정할 때 사용자 등과종업원 등 사이에 행해진 협의의 상황

2. 책정된 보상기준의 공표ㆍ게시 등 종업원 등에 대한 보상기준의제시 상황

3. 보상형태와 보상액을 결정할 때 종업원 등으로부터의 의견 청취 상황

③ 제1항에 따른 보상에 대해 계약이나 근무규정에서 정하고 있지 않거나 제2항에 따른 정당한 보상으로 볼 수 없는 경우 그 보상액을 결정할 때에는 그 발명에 의해 사용자 등이 얻을 이익과 그 발명의 완성에 사용자 등과 종업원 등이 공헌한 정도를 고려해야 한다.

(3) 특허법 제33조【특허를 받을 수 있는 자】① 발명을 한 자 또는그 승계인은 이 법에서 정하는 바에 의하여 특허를 받을 수 있는 권리를 가진다. 다만, 특허청직원 및 특허심판원직원은 상속 또는 유증의 경우를 제외하고는 재직 중 특허를 받을 수 없다.

제100조【전용실시권】① 특허권자는 그 특허권에 대하여 타인에게 전용실시권을 설정할 수 있다.

② 제1항의 규정에 의한 전용실시권의 설정을 받은 전용실시권자는 그 설정행위로 정한 범위 안에서 업으로서 그 특허발명을 실시할 권리를 독점한다.

제102조【통상실시권】① 특허권자는 그 특허권에 대하여 타인에게 통상실시권을 허락할 수 있다.

② 통상실시권자는 이 법의 규정에 의하여 또는 설정행위로 정한 범위안에서 업으로서 그 특허발명을 실시할 수 있는 권리를 가진다.

③ 제107조의 규정에 의한 통상실시권은 실시사업과 같이 이전하는 경우에 한하여 이전할 수 있다.

다. 사실관계 및 판단

처분청은쟁점특허권이 남OO개인발명이 아닌 OOO와 공동발명이거나 직무발명에 해당한 것으로 보아 이 건을 처분하였고, 청구법인은개인발명에 해당한다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 본다.

(1) 투자자유OO과 발명가 남OO이 1996.7.22. 체결한투자등계약서를 보면, 발명특허 OOOOOOO(OO O OOOOO OOOO O O OOOOO,OOOO O OOOOO OO OOOOO OOOO OOOOOO,OOOO O OOOO OOOO O OO OOO OO) 특허권에 관하여제조, 판매에 대한 자금투자를 원활히 하여 세계시장 개척과 국내 시장에 정착하는데 목적이 있고(제1조), 계약 발효일 이후 가장 빠른 시간내에 당사자는 본 계약 규정과 해당법에 따라 OOO(OO OO OOOO OOOO, OO OOOOOO OOO)를 유OO과 남OO 지분을 55%:45% 비율로 설립하며(제5조), 투자계약기간 중 위 권리와 관련 하여 발명가가 개량 혹은 확장에 대한신규발명 또는 고안을 했을 때에는 당사자가 이를 공유하고,본 계약 이전에 출원중인 국내외 발명특허, 상표, 실용신안, 의장등록은 투자자와 발명가의 공유로 하며(제6조), 청구법인은 현재 남OO이 경영 중인 OOOOO을 5억원(대금은계약과 동시에 3억원을 현금으로 지급하고,2억원은 사업개시 6개월 이내 현금으로 지급)에 인수하는것(제11조)으로 기재되어 있다.

(2) 위 투자 등 계약서 제6조 제5항에의해 남OO의 발명특허의 일부를유OO에게 이전한 내역은 아래 [표1]과 같은 것으로, 특허 출원일자가 유OO과 남OO이 투자등계약서 체결일(1996.7.22.) 이전 이고, 재료와 용도 등이 비슷하거나 거의 같은 것으로 나타날 뿐, 쟁점제품에 대한 기재내용은 나타나지 아니한다.

OOOO OOO OOOOOO OOOO

(3) 처분청이 과세근거로 제시한 청구법인의 투자자이자 대표 이사로 재직한유OO과 OOOO국세청 직원이 2008.11.3. 작성한 문답서에 의하면,유OO은 9개월여(1996.8.5.～1997.5.26.)의 기간동안 청구법인의 대표이사로 재직하였고, ‘남OO의 연구개발은 청구법인의 연구개발비 지원 및 외부업무지원 등을 통하여 업무진행이 이루어졌으며(문답서 9-2쪽),쟁점제품(여명808)에 대한 제품화 및 판매과정에서 관련 연구개발비용 및 국외출장 등의 비용 등은 법인에서일체 지원된 것이고(문답서 9-4쪽),공동개발한 것은 없으나남OO이 직접 개발에 참여하고 본인은 개발비용 및 법인 자본금을 투자하였기에 명의를 같이 출원토록 바꾼 것이고(문답서 9-5쪽),OO이나 쟁점제품이 전혀 다른 제품 성격이 아니고 들어가는 원재료는OO과 거의 비슷하지만, 일부 과정에 추가 재료 및 과정 등의 첨가 등을통하여 보완적인제품개발이 이루어지는 것으로 알고 있다’고 진술하였다.

(4) 투자등계약서상 유OO과 남OO이 공유하기로 한 발명특허권(OOOO OO OOOOOOO, OOO OOO OO OOO OOOO O OOO OOO)과 쟁점특허권에 대한 특허등기부상 내용은 아래 [표2]와같고, 특허번호·특허등록권리자·발명의 명칭·재료·용도 등에서 차이가 있는 것으로 나타난다.

OOOO OOO OOOOO OOOOO OO

(5) 투자 등 계약서와 청구법인 사업자등록 및 쟁점특허권 등기부 등록 등을 보면, 계약체결과 법인설립 및 쟁점제품 개발과정은 아래 [표3]와 같은 것으로,쟁점특허권의 우선권 주장일은 OOO설립 후 3 개월 이후인 것으로 나타난다.

OOOO OOOO OO O OOOO, OOOOO OOOO

(6) 남OO은 오래전부터 계속하여 쟁점제품 발명연구를 진행 하였고, 1996년 8월OOOOO대금지급과 관련하여 유OO과 분쟁으로청구법인의 출입을 제한받게 되어 청구법인으로부터 약 1㎞ 떨어진 OOOOO OOO OOO OOO OOOO OOO OOOOOOOOO(OOO)OOO OOOO OOO OOOO OOOOOOOOOOO OOO에 대한 상표를출원하였다는 증빙으로상표등록증(OO OOOOOOOO) O OOOO, OOOOOOOOO(OOOOOOOOOOO), 남OO OOOOOOOOO OOOOO OOO, OOOO OOOOO OOO OOO OOO OOOO OO, OOOOO (OO)OOOOOOOO, OOOOO (OO)OOOOOOOO)O등을 제출 하고 있다.

(7)남OO의 쟁점제품 개발과 관련된 다량의 기사(OOOOOOOOOO OOOO OOO, OOOOOOOOO OOOO OOO) 등에 의하면, 남OO은 1994년 부터 동생이 병원에서간경화로 석달 밖에 살수 없다는 판정을 받고 나서 수백번(OOOOO OOO OO OOOOO)에 이르는 실험을 토대로 간기능 회복과 보호에 탁월한 효과를 나타내는 쟁점제품을 개발하였다고 기재되어 있다.

(8)처분청은 청구법인의 1996사업연도 대차대조표에 무체재산권 2억5천만원(OOOOOOO O OOO, OOOOO O OOOO)이 계상되어 있고 2007사업연도까지 계속해서 쟁점특허권의 취득연도를 1996년 으로 계상하고 있는 것을 보더라도 쟁점특허권의 소유권이 청구법인에게 있는 것으로 보아야 한다는 의견인 반면, 남OO과 청구법인이 1998.8.1. 쟁점특허권에 대한 통상실시권 설정계약은 아래 [표4]와 같다.

OOOO OOOOO OOOOO

(OOO OOO)

설정료 5억원(1998.8.31.까지 5천만원, 2003.8.31. 2억원, 2005.8.31.2억5 천만원), 실시료는 월 판매제품 총매출금액의 5%～8%(계약일～2003.9.30.: 월 판매제품매출금액의 5%, 2003.10.1.～2017.3.19., 월판매제품 총 매출금액의 8%)이고,청구법인은1998.8.31.까지 남OO에게 지급하기로 되어 있는설정료 5천만원을 회사의 자금사정으로 지급하지 못하였으므로 1998사업연도에(자산)무형자산 5천만원, (부채)미지급채무 5천만원으로 기재하였어야 하나, 이를 누락한 후, 2003사업연도에 특허권 설정료 2억원을 남OO에게 지급하면서1998.8.31.까지 지급하였어야 할 설정료 5천만원의 미지급사실을 확인하여 이를 추가 지급하면서 청구법인 회계담당자가1996년도 중이미 계상되어 있는 무형자산가액 2억5천만원을 육향 2억원,쟁점특허권5천만원으로 단순하게 회계처리를 함으로써 과거 수년간의대차대조표 및 감가상각비 계상내용을수정하는 회계처리를 생략한 채 2007사업연도까지 유지되어 온 것에 기인한다고 주장하고 있는 바, 이는 청구법인 사업현황(1998년 당시 직원은 3명이 전부로서이들이 회계,총무, 생산 등을모두 담당하고 있었음) 등으로 보아청구법인의 주장을부인하기 어려워보인다.

(9) 유OO은 2008.12.29. 인감증명서를 첨부하여 작성한 사실확인서에서 OOOOO(OOOOO)OOO O OOO와 무관하게 남OO 개인이 개발 소유할 것이었으므로 본인 및 OOO로서 지원할 이유가 없는 부분이었다’고 확인하고 있고, 1996년부터 현재까지 OOO의 고문과 세무대리인으로 활동하고 있는 이OO 세무사는 2009.8.10 작성한 사실확인서에서 ‘청구법인의 출금전표에는 남OO의 연구개발을 위한 비용이나국내는 물론 외국에 특허출원을 위한 출장비, 법무비용 등 으로 출금한전표는 물론 직무수당이나 급여 등으로 출금된 전표가 없었다’고 확인하고 있다.

(10) 이상과 같이 살펴본 바를 종합하면, 유OO과 남OO이1996.7.22. 투자 등 계약서에 의해 공유하기로 한 것은 특허 제95562호OO(OO OOO OOOO O O OO OOOOOO) 등과 관련된 제품으로 국한되었다고 보여지고, OO과 쟁점제품은 재료, 용도 등 에서 사실상 다른제품임이 특허등기부 등으로 구체적으로 확인되는 점,처분청이과세근거로 한 유OO의 진술이 사실과 다른 것으로 보여져 신빙성을 인정하기 어려운 점,쟁점특허권의 우선권주장일이청구법인 설립 3개월로나타나는 점,청구법인의 출금전표상 남OO의 연구개발비를 지원한 사실이 확인되지 아니한 점, 남OO이 쟁점제품 개발과관련하여 당시개인사무실을별도 운영하였다는 증빙으로 전화번호기록부, 개인명함을 제출한 점 및 쟁점제품은 남OO이 개발한 것으로 기재된신문기사 등에 비추어 볼 때, 쟁점특허권은 청구법인과 관계없이 남OO이 독자적으로 개발한 것으로 보이는 바, 이 건 처분에는 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정 한다.