가. 청구인은 2011.6.1. 현재 공시가격 OOO원인OOO 주택과 OOO원인 OOO 외 1필지 토지를 소유한 종합부동산세 납세의무자이다.

나. 처분청은 위 주택 및 토지와 관련하여 2011년 귀속 종합부동산세액 OOO원 및 OOO원에서 「종합부동산세법 시행규칙」 별지 제3호 서식 부표(2)에 의하여 계산한 재산세액 OOO원 및 OOO원을 공제하여 2011.11.23. 청구인에게 2011년 귀속 종합부동산세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원을 결정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.2.10. 이의신청을 거쳐 2012.6.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

동일한 과세대상에 재산세와 종합부동산세를 중복하여 과세하면 이중과세로 위법하므로, 종합부동산세법령은 종합부동산세액을 산정함에 있어서 종합부동산세 과세대상이 되는 부분에 대하여 재산세로 부과된 세액을 공제하도록 하고 있으나, 처분청은 공제되는 재산세액을 산정함에 있어서 「종합부동산세법 시행규칙」 별지 제3호 서식 부표(2) 상의 계산방식을 적용한 결과 종합부동산세 과세대상이 되는 부분에 대하여 부과된 재산세액 중 공정시장가액비율이 적용된 만큼만 공제하고 나머지 부분{재산세액×(1-공정시장가액비율)}은 공제하지 않게 되었던바, 이 부분은 동일한 과세대상에 재산세와 종합부동산세의 이중과세에 해당하여 위법·부당하므로 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

공제되는 재산세액은 2009년 개정된 「종합부동산세법 시행령」 제4조의2 등에 명확히 규정된 내용에 의하여 산정된 것이며, 재산세 및 종합부동산세가 이중과세되는 부분은 공시가격 합계액 중 종합소득세 과세기준금액을 초과하는 공시가격에서 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱한 금액인데 개정 규정에 따라 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 금액에 대한 재산세 상당액을 공제함으로써 이중과세를 조정하였다. 개정 규정에 의하여 종합부동산세 과세대상에 대한 재산세액이 일부 공제되지 아니한다고 하더라도 종합부동산세를 부과함에 있어서 기납부한 재산세액을 전액 공제하여야 한다는 어떠한 헌법적 명령이 입법자에게 부여되었다고 할 수 없을 뿐만 아니라 그러한 불공제가 입법재량의 한계를 현저히 벗어난 자의적인 입법 조치라고 보기도 어려우므로(서울고등법원 2011누21593, 2011.12.15.) 동 법령에 의하여 공제되는 재산세액을 산정하여 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

종합부동산세 계산시 공제되는 재산세액을 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 적용하여 산정한 처분의 당부

나. 사실관계 및 판단

(1) 「종합부동산세법」 제8조 제1항, 제13조 제1항 및 제2항에 의하면 과세기준금액을 초과하는 공시가격에 종합부동산세의 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세 과세표준으로 하고, 「지방세법」 제110조 제1항에 의하면 시가표준액에 재산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 한다고 규정되어 있으며, 「종합부동산세법 시행령」 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항에 의하면 주택분 또는 종합·별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 중 주택 또는 종합·별도합산과세대상 토지를 합산하여 주택분 또는 종합·별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액에서 주택분 또는 종합·별도합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 주택분 또는 종합·별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액이 차지하는 비율에 상당하는 금액을 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액으로 한다고 규정되어 있고, 「종합부동산세법 시행규칙」 별지 제3호 서식 부표(2) 작성요령 7번에 의하면 과세표준 표준세율 재산세액은 “[감면 후 공시가격 - {주택은 6억원(1세대1주택은 9억원), 종합·별도합산토지는 5억원·80억원, 이하 “과세기준금액”이라 한다} × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 0.4%(또는 0.5%)”로 계산한다고 규정되어 있다.

(2) 처분청은 종합부동산세 과세대상 주택 및 토지의 각 공시가격에서 각 과세기준금액을 공제한 금액에 공정시장가액비율(80%)을 적용하여 과세표준을 산정한 후, 동 과세표준에 따라 계산된 종합부동산세액에서 「종합부동산세법 시행규칙」 별지 제3호 서식 부표(2) 및 그 작성방법 6.～8.에 의하여 아래 산식과 같이 계산한 금액에 의하여 산출된 재산세액을 공제하여 종합부동산세를 과세하였다.

공제할 재산세액 = 해당연도 재산세액 × [(감면후 공시가격 - 과세기준금액)× 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율× 0.4%(또는 0.5%)] / [재산세 과세표준( = 감면후 공시가격 × 재산세 공정시장가액비율) × 세율- 누진공제액]

(3) 청구인은 종합부동산세 과세대상이 되는 부분에 부과된 재산세액 중 종합부동산세 공정시장가액비율이 적용된 부분만 공제되고 나머지 부분은 공제되지 않아 동일한 과세대상에 대하여 재산세와 종합부동산세가 이중으로 과세되므로 위법·부당하다고 주장한다.

(4) 이를 종합하면, 「종합부동산세법」상 재산세액의 공제규정은 종합부동산세 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 주택 또는 종합·별도합산과세대상인 토지에 부과된 재산세액을 납부할 종합부동산 세액에서 공제하여 줌으로써 이중과세 문제를 조정하고자 함에 그 제도적 취지가 있다 할 것인바, 「종합부동산세법」에서 과세기준금액을 초과하는 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세표준으로, 「지방세법」에서 시가표준액에 재산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각각 규정하고 있으므로 「종합부동산세법 시행령」 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항의 산식 중 분자에 해당하는 “주택분 또는 종합·별도합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 주택분 또는 종합·별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”이라 함은 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 종합부동산세 과세표준 상당액에 다시 재산세 공정시장가액 비율을 곱하여 산정한 재산세 과세표준에 재산세 표준세율을 적용한 금액을 말한다고 할 것이므로(조심 2010서2242, 2010.9.3. 외 같은 뜻임) 처분청이 계산한 공제할 재산세액에 잘못이 있다고 할 수 없다. 따라서 처분청이 「종합부동산세법 시행규칙」 별지 제3호 서식 부표(2) 등에 의하여 산정한 공제할 재산세액을 종합부동산세액에서 공제하여 과세한 처분은 정당한 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.