2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고 등 지위

1) 주식회사 A(이하 'A'라 한다)는 1964. 4. 3. 설립되어 식품사업과 의약사업 등을 영위하다가 2012. 4. 1. 의약사업부문 및 관련 연구소를 물적분할하여 주식회사 B(이하 'B'라 한다)를 설립하였다.

2) 원고는 2016. 1. 4. A를 흡수합병하였다.

나. 연구개발비 세액공제 신청

1) 분할 전 A는 식품 및 의약사업에 관한 일반연구ㆍ인력개발비(이하 '연구개발비'라 한다)에 대하여 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제10조에 따른 세액공제를 받아왔는데, 분할 이후에는 식품사업에서만 연구개발비가 발생하게 되었다.

2) A는 2012년 및 2013년 연구개발비에 따른 세액공제 시 2012 사업연도분 206,498,375원, 2013 사업연도분 348,617,536원을 각 세액공제 신청하고, 2012ㆍ2013 사업연도 법인세를 납부하였다.

다. 원고의 경정신청 및 피고의 거부처분

1) 원고는 2016. 8. 2. 기납부한 2012 사업연도 법인세 83,477,435원 및 2013 사업연도 법인세 50,774,112원을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였다.

2) 피고는 2017. 5. 23. 위 경정청구 중 2013 사업연도에 관하여는 원고의 경정청구를 모두 인용하고, 2012 사업연도에 관하여는 237,132,380원만 환급하고 나머지는 거부하는 처분을 하였다(위 거부한 부분의 처분을 이하 '이 사건 처분'이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1,2호증의 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

3. 당사자의 주장 및 이 사건의 쟁점

가. 구 조세특례제한법 제10조 제1항은 내국법인이 과세연도에 연구개발비가 있는 경우 이를 해당 과세연도의 법인세에서 공제하도록 하고 있는데, 제3호 가목은 그 계산 방법으로 해당 과세연도에 발생한 연구개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구개발비의 연평균 발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40에 상당하는 금액을 공제하도록 규정하고 있다.

나. 한편 구 조세특례제한법 제10조 제2항은 위 4년간의 연구개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 하고 있고, 그 위임에 따라 조세특례제한법 시행령(2012. 12. 28. 대통령령 제24271호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제9조 제4항은 다음과 같이 4년간의 연구개발비를 정하도록 규정하고 있다.

다. 이 사건의 경우 해당 과세연도인 2012년에 발생한 A의 연구개발비가 2,866,750,370원인 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다 다만 해당 과세연도인 2012 사업연도 계속 도중 A가 분할법인 A와 분할신설법인 B로 분할됨으로 인하여 원고와 피고는 위 연구개발비에서 공제하여야 하는 해당 과세연도 '직전 4년간 발생한 연구개발비'의 계산방식을 다음과 같이 달리하고 있다.

1) 원고 계산

A의 직전 4년간 연구개발비 합계액 : A의 직전 4년간 연구개발비 합계액 8,625,259,159원 - B의 직전 4년간 연구개발비 합계액 1,462,735,473원 = 7,162,505,686원

A의 직전 4년간 연평균 연구개발비 : 7,162,505,686원x 12/12 =

1,790,626,422원

공제세액 : (당기 발생액 2,866,750,370원 - 직전 4년간 연평균 발생액 1,790,626,422원) x 40% = 430,449,579원

2) 피고 계산

A의 직전 4년간 연평균 연구개발비

: 분할 전 분할법인 A의 직전 4년간 연구개발비 연평균 발생액 중 3개월분을 월할 계산한 539,078,697원(A의 직전 4년간 연구개발비 합계액 8,625,259,159/4 x 3/12) + 분할 후 분할법인 A의 직전 4년간 연구개발비 연평균 발생액 중 9개월분을 월할 계산한 1,342,969,816원(분할 후 분할법인 A의 직전 4년간 연구개발비 합계액 7,162,505,686/4 x 9/12) = 1,882,048,513원

공제세액 : (당기 발생액 2,866,750,370원 - 직전 4년간 연평균 발생액 1,882,048,513원) x 40% = 393,880,742원

라. 결국 이 사건의 쟁점은 A의 2012년 과세연도 직전 4년간 발생한 연구개발비 산정에 있어 위와 같은 원고와 피고의 계산 방식 중 어떠한 방식을 취하는 것이 합당한지 여부이다.

4. 판단

가. 다음과 같은 이유들을 종합하여 보면, A의 2012년 과세연도 직전 4년간 발생한 연구개발비의 산정에 있어 피고 주장의 계산 방식에 의하는 것이 타당하므로, 이 사건 처분은 적법하다.

1) 조세특례제한법상 연구개발비 세액공제 제도는 기업의 연구개발전담부서에서 소요되는 일정 범위의 인건비 등이 있는 경우 기업의 기술인력개발을 장려하려는 목적에서 일정 범위의 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 하는데 그 취지가 있으므로, 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하는 비용만을 세액공제 대상으로 삼아야 한다.

2) 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제4항은 증가분을 산정하기 위한 기준인 연평균 발생액의 원칙적인 계산 방법을 규정하면서 과세연도가 12개월에 미달하는 경우 연평균 발생액을 다시 월할 산정하도록 하고 있는데, 이와 같은 규정의 취지는 연평균 발생액을 당기 발생액의 개월 수로 환산하여 개월 수 차이에서 오는 왜곡을 없애고 당해연도 발생 연구개발비 발생액과 직전 4년간 발생한 연구개발비의 연평균 발생액을 동일한 선상에서 비교하기 위한 것으로 보인다.

3) 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제4항의 계산식 중 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구개발비의 합계액을 계산할 때 분할신설법인의 경우 분할을 하기 전 분할법인으로부터 발생한 연구개발비는 분할신설법인에서 발생한 것으로 본다고 규정하고 있다. 이는 분할신설법인의 경우 분할 전까지 실체가 존재하지 아니하기 때문에 소급하여 4년간 발생한 연구개발비가 존재할 수 없으므로 분할 전 분할법인으로부터 발생한 연구개발비를 분할신설법인으로부터 발생한 것으로 의제하는 것이다. 즉 위 조항은 분할신설법인의 직전 4년간 연구개발비의 계산 방법만을 정하고 있고, 분할법인의 직전 4년간 연구개발비의 계산 방식을 명시적으로 규정하고 있지는 아니하다. 따라서 분할법인인 A의 직전 4년간 연구개발비 산정은 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하는 비용만을 세액공제의 대상으로 삼고자 하는 조세특례제한법상 연구개발비 세액공제 제도의 취지에 부합하는 방식으로 이루어져야 한다.

4) 그런데 2012 사업연도 계속 중인 2012. 4. 1. A가 분할되었음은 앞서 본 바와 같고, 이에 따라 A의 2012년 사업연도에 발생한 당해연도 연구개발비는 2012. 1. 1.부터 2012. 3. 31.까지 A의 연구개발비(식품+의약 부문)와 2012. 4. 1.부터 2012. 12. 31.까지 A의 연구개발비(식품 부문)의 합산액이 된다. 위 합산액에는 2012. 1. 1.부터 2012. 3. 31.까지의 의약 부문 연구개발비(분할 후에는 분할신설법인에게만 귀속)가 포함되어 있다. 이를 그림으로 표현하면 다음과 같다.

5) 그런데 원고의 주장과 같이 분할 전 A의 직전 4년간 연평균 연구개발비에서 분할신설법인의 직전 4년간 연평균 연구개발비를 공제하는 방식으로 A의 직전 4년간 연평균 연구개발비를 계산할 경우, 분할 후 A의 직전 4년간 연평균 연구개발비만이 산정되는 결과가 된다. 이를 그림으로 표현하면 다음과 같다.

즉 원고의 주장과 같이 계산하게 되면, 당해연도 연구개발비 산정에는 2012. 1. 1.부터 2012. 3. 31.까지 분할 전이기에 분할법인(식품 부문) 및 분할신설법인(의료 부문)에서 발생한 연구개발비가 포함됨에도 직전 4년간 연평균 연구개발비 산정에서는 분할신설법인에 해당하는 연구개발비 모두가 공제되는 결과가 된다. 이와 같은 계산방식은 해당 과세연도의 연구개발비에 직접적으로 대응하는 비용을 산정하는 적절한 방식이라고 볼 수 없다.

6) 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제4항은 직전 4년간의 연구개발비 산정에 있어 과세연도가 12개월에 미달하는 경우 연평균 발생액을 월할 산정하도록 하는 산식을 정하고 있다. 당해연도 연구개발비 발생액과 직전 4년간 발생한 연구개발비의 연평균 발생액을 동일한 선상에서 비교하고자 하는 위 규정의 취지에 비추어 보면, A의 직전 4년간 2012 사업연도 연구개발비는 당해연도 연구개발비와 대응되도록 다음 그림과 같이 분할일을 기준으로 월할 계산하여 산정함이 타당하다.

5. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.