2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

"가. 원고들은 2005. 4. 20.경 서울 EE구 FF동 44-1에서 'GGGG'라는 삼겹살 등 한식전문 식당을 운영하던 중 2005. 10. 13. 'GGGG'를 상호로 하는 프랜차이즈 사업을 창업하기로 하여 가맹본사인 HHHHHHHH 주식회사(이하이 사건 가맹본사')를 설립하고,GGGG'를GGGG(종로본점)'(이하이 사건 사업장')으로 변경하여 손익분배율을 1:1로 하는 공동사업자로서 위 사업장을 운영하였다",나. 원고들은 LL세무서에 이 사건 사업장의 부가가치세를 신고하면서, 2006년 2기 과세표준을 777,763,848원, 납부세액을 37,234,195원으로, 2007년 1기 과세표준을 858,544,182원, 납부세액을 40,604,174원으로 각 신고하였다. 또한 원고 이CC은 JJ세무서에, 원고 하DD은 KK세무서에 각 종합소득세 신고를 하면서 위 사업장에서 발생한 사업소득금액을 2006년 각 53,152,078원, 2007년 각 86,609,089원으로 각 신고하였다.

다. 서울지방국세청장은 2008. 6. 11.부터 같은 달 27.까지 이 사건 사업장을 관리하는 이 사건 가맹본사에 대한 세무조사(이하 '이 사건 세무조사')를 실시한 후, 2008. 7. 9. 2006년, 2007년의 판매시점정보관리시스템{POS(Point Of Sales) 시스템이라고도 하며 음식점 등에서 바코드를 자동으로 판독할 수 있는 자동판독기 또는 터치스크린에 정보를 직접 입력하여 접속된 POS 터미널에서 매입, 재고 및 고객관리 등의 기능을 구현하는 경영관리시스템을 말한다. 이하 '이 사건 POS 시스템'이라 한다}상 매출내역을 과세근거로 하여, 원고들이 이 사건 사업장을 운영하면서 2006년 2기에 293,779,606원 ( =1,071,543,454원-777,763,848원), 2007년 1기에 243,973,590원(=1,102,517,772원 - 858,544,182원)의 매출을 누락하였다고 보고, 이를 위 사업장 및 원고들의 주소지를 관할하는 피고들에게 통보하였다

라. 피고 LL세무서장은 2008. 10. 10. 원고들에게 위 매출누락금액에 대한 부가가치세와 가산세를 더하여 2006년 271 부가가치세 37,818,940원, 2007년 1기 부가가치세 37,398,710원을 경정 ・ 고지(이하 '이 사건 부가가치세 부과처분')하였다.

마. 피고 BB세무서장과 피고 KK세무서장은 위 매출누락금액을 바탕으로 원고들의 사업소득금액을 2006년 200,041,881원, 2007년 208,595,884원으로 증액 경정한 후, 2008. 10. 10. 피고 BB세무서장은 원고 이CC에게 2006년 귀속 종합소득세 66,685,800원, 2007년 귀속 종합소득세 51,302,500원을, 피고 KK세무서장은 원고 하DD에게 2006년 귀속 종합소득세 67,179,850원, 2007년 귀속 종합소득세 51,351,420원을 각 부과 ・ 고지(이하 '이 사건 종합소득세 부과처분', 이 사건 부가가치세 부과처분과 이 사건 종합소득세 부과처분을 모두 지칭할 때에는 '이 사건 처분'이라 한다)하였다.

바. 원고들은 이 사건 처분에 불복하여 2009. 1. 6. 국세청에 심사청구를 하였으나, 위 청구는 2010. 3. 23. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2.이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고들의 주장

이 사건 처분은 다음과 같은 이유로 위법하다.

1) 피고들은 이 사건 POS 시스템상 매출액과 원고들의 신고 매출액을 대조한 후 그 차액 전부를 원고들이 신고 누락하였다고 보고 이 사건 처분을 하였으나, 이 사건 POS 시스템상 현금매출금액은 2006년 2기 154,036,000원, 2007년 1기 102,819,072 원만큼 중복 계상되어 있는바, 위 시스템상 매출액은 시스템이 자주 다운되거나 단말 기 업데이트 과정에서 전일 매출금액과 당일 매출금액이 합산되어 당일 매출금액으로 과다하게 기록되는 등 구조적으로 신빙성이 없어 그 시스템상의 매출액 전부를 실제 매출액으로 인정할 수 없다.

2) 이 사건 종합소득세 부과처분과 관련하여, 피고들은 원고들이 작성한 2005년 귀속 '일용직 인건비 지급대장'을 과세근거로 인정하여 인건비 154,630,150원을 필요경비로 인정한 반면, 2006년, 2007년 귀속 '월별인건비 지급내역'과 '일용직 급여대장'에 대해서 이를 과세근거로 인정하지 않았는바, 2006년, 2007년 귀속 인건비 지출내역을 2005년 귀속분과 다르게 볼 아무런 이유가 없으므로 2006년 인건비 168,965,914원, 2007년 인건비 80,296,100원 역시 필요경비로 인정해야 한다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 이 사건 세무조사 결과 매출 및 손익현황표와 이 사건 POS 시스템에 의해 확인된 원고들의 매출누락액 등은 다음과 같다.

2) 이 사건 POS 시스템상 이 사건 영업장의 매출현황 등은 다음과 같다

3) 이 사건 POS 시스템의 매출현황은 회전수 ・ 고객수 ・ 객단가 ・ 현금매출 ・ 카드매출 ・ 외상/상품권 ・ 매출할인액 ・ 봉사료 ・ 매출합계 ・ 평균 ・ 구성비로 구분되어 있고, 이 사업 영업장을 포함하여 이 사건 가맹본사 소속 일부 가맹점의 실적이 기재되어 있으며, 2005년부터 2007년까지 위 가맹점의 POS 매출과 매출 및 손익현황표, 가맹점별 내부 분석자료의 매출액이 서로 일치하고 있다.

4) 원고들은 이 사건 가맹본사를 운영하면서 이 사건 POS 시스템 자료를 활용하여 가맹점내 주문관리, 물류신청, 지역상권 분석 및 손익분석 등을 하고 일부 중요안건의 경우 원고들이 직접 결재하기도 하였다.

"5) 이 사건 가맹본사 김MM 이사는 2008. 6.경가맹점의 2006년도 및 2007년 귀속분 매출현황은 붙임과 같음을 확인함'이라는 내용의 확인서(을 제2호증)와, 이 사건 영업장의 2005. 5.부터 2005. 12.까지와 2007년 1기 매출액을 확인하는 취지의 각 확인서(을 제9, 10호증)를 작성하여 서명 ・ 날인한 후 피고 LL세무서장에게 제출하였다. 위 확인서에는 이 사건 POS 시스템에서 출력한 이 사건 가맹본사에 소속된 가맹점들의 2006년, 2007년 매출자료, 이 사건 영업장의 2005년, 2007년 1기 매출자료가 첨부되어 있었고, 김MM은 첨부자료에 모두 간인하였다.",6) 원고들이 제시한 월별 일용직 대장에 등재된 78명 중 9명은 주민등록번호 오류자로 나타났고, 나머지 69명에 대하여 우편조사를 실시한 결과 회신률은 15%에 불과하였으나 회신자들은 근무기간이나 급료수령액 등에 대하여 원고의 주장과 다르게 답변하였다.

7) 과세전적부심사 결과 인건비 및 알선수수료지급분에 대한 재조사 결정이 내려졌고, 재조사 결과 2005년 귀속분 인건비 105,000,000원을 필요경비로 추가로 인정하였으나 2006년, 2007년 귀속 인건비는 원고가 제시한 지급증빙이 불분명한 것으로 보아 필요경비로 인정하지 않았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제5호증, 을 제1 내지 10호증의 각 기재, 증인 김MM

의 일부증언, 변론 전체의 취지

라. 판단

1)이 사건 POS 시스템을 과세자료로 삼을 수 있는지 여부

이 사건 POS 시스템 매출내역을 이 사건 처분의 과세자료로 삼을 수 있는 지 여부에 관하여 보건대, 앞서 본 인정사실에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고들은 이 사건 가맹본사를 운영하면서 늘어나는 가맹점을 체계적으로 관리하기 위하여 이 사건 POS 시스템을 도입하여 운영한 것으로 보이고, 가맹점의 POS 자료는 본사서버에 보관하고 있으면서 이를 바탕으로 지역상권 분석 및 손익분석 등을 실시한 점, ② 2005년부터 2007년까지 이 사건 가맹본사에 소속된 일부 가맹점의 POS 매출과 매출 및 손익현황표, 가맹점별 내부 분석자료의 매출액이 서로 일치하는 점, ③ 이 사건 POS 시스템상 2006년 1기와 2007년 2기에 대한 자료는 매출액에 대한 오류가 아니라 영업일수에 대한 오류여서, 이를 다른 기간의 매출액 자료를 배척할 근거로 삼기는 어려운 점, ④ 김MM이 이 사건 가맹본사 소속 가맹점에서의 실제 매출액 산정에 전혀 관여한 사실이 없다 하더라도, 각 확인서가 김MM의 의사에 반하여 강제로 작성되었거나 내용이 미비하여 구체적인 사실에 대한 증명 자료로 삼기 어렵다고 보이지 않는 점, ⑤ 김MM의 증언에 의하면 확인서에 기재된 POS 매출내역이 이 사건 POS 시스템 자료와 일치한다는 점을 확인하는 취지로 각 확인서를 작성한 것이어서, 실제 이 사건 영업장의 매출내역이 확인서 기재와 같다는 취지가 아니라 하더라도 이 사건 POS 시스템의 매출내역을 배척할 수는 없는 점, ⑥ 원고들은 피고들이 이 사건 처분의 근거로 삼은 기간 동안의 이 사건 POS 시스템 자료도 다른 기간과 같이 매출액이 중복되는 등의 오류가 있다고 주장하면서도 이를 증명할 자료를 제출하지 못하고 있는 점 등을 종합하면, 이 사건 POS 시스템 매출내역은 이 사건 세무조사 당시 다른 자료들과 비교하여 볼 때 신빙성이 높다고 할 것(대법원 2010. 10. 14. 선고 2008두7687 판결 참조)이어서 이 사건 처분의 과세자료로 삼을 수 있다고 보이므로, 원고의 위 주장은 받아들이지 않는다.

2)원고들이 추가로 제출한 인건비를 필요경비로 인정해야 하는지 여부

종합소득세부과처분취소소송 등에 있어서 과세근거가 되는 과세표준에 관한 증명책임은 과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로, 수입 및 필요경비의 증명책임도 과세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것이고, 그 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이기 때문에 납세의무자가 필요경비에 관한 증명을 하는 것은 손쉽다는 것을 감안하여 보면, 납세의무자가 그에 관한 증명활동을 하지 않고 있는 필요경비에 대해서는 부존재의 추정을 하는 것이 마땅하고 이와 같은 부존재의 추정을 용인하여 납세의무자에게 증명의 필요성을 인정하는 것은 공평의 관념에도 부합 된다고 할 것이다(대법원 1988. 5. 24. 선고 86누121 판결 등 참조).

위와 같은 법리에 비추어 원고들이 추가로 제출한 인건비를 필요경비로 인정해야 하는지 여부에 관하여 보건대, 앞서 본 인정사실에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고들은 매출액에 대한 조사가 시작한 후 비로소 신고를 누락한 인건비가 있다고 주장하면서 관련 자료를 제출한 점, ② 피고들이 원고가 제시한 '2005년 매출 및 손익현황표' 기재에 따라 2005년 귀속 인건비를 인정한 이유는 원고들이 2005년에는 POS 시스템을 제대로 운영하지 않아서 위 서류를 근거로 원고들의 실매출액을 확인하였기 때문에 이에 대응하여 인건비도 동일한 근거에 의한 것으로 보이는 점, ③ 원고들이 과세적부심 재조사 과정 중 제출한 결제 내역보고서(을 제6, 7호증)는 급여수령자 서명이 없거나, 동일인임에도 서명이 다른 경우, 타인간 서명이 같은 경우, 동일필적으로 서명된 경우 등이 나타나는 등 그 내용을 그대로 받아들이기 어려운 점, ④ 원고들이 이 법원에 제출한 결제내역보고서(갑 제8 호증)를 위 결제내역보고서(을 제6, 7호증)와 비교해 보더라도 상이한 점이 존재하여 마찬가지로 그 내용을 그대로 받아들이기 어려운 점, ⑤ 위 자료에 기재된 사람들에 대한 우편조사 결과도 원고의 주장과 일치하지 않는 점 등을 종합하면, 피고들이 주장하는 총매출액 대비 인건비 비율이 2008년 이후 이 사건 사업장의 인건비 비율에 현저히 미달한다거나 일용직 근로자들 중 상당수에 대한 신분확인이 현실적으로 어려웠다는 사유만으로는 갑 제6, 7, 8호증의 각 기재 내용을 그대로 믿기 어렵고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없으므로 원고들의 위 주장도 받아들이지 않는다.

3.결론

그렇다면, 원고들의 이 사건 청구는 모두 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.