청구법인은경기도 OOOO OOO OOOOO(이하 “쟁점사업장”이라 한다)에서의류·제조업을 영위하는 사업자로서2004년 2기에 OOOOOO 조OO(OO OOOOOOOOOO OO)으로부터 매입세금계산서 3매(이하 "쟁점세금계산서"라 한다) 공급가액 359,310천원(이하 "쟁점금액"이라 한다)을 수취하여 매입세액으로 공제하고 손금산입하여 부가가치세 및 법인세과세표준 신고를 하였다.

OOO세무서장은 2005년 5월 OOOOOO에 대한 세무조사를 실시하면서 거래상대방인 청구법인에게 쟁점세금계산서의 실제거래사실 여부에 대한 질의서(안내문)를 발송하였고, 청구법인은2005.10.18. OOO세무서장에게 위 안내문에 대하여 회신한 후 2005사업연도법인세 과세표준 신고시 잡이익(영업외이익)으로 계상하였으며, OOO세무서장은OOOOOO이 2004년 2기에 청구법인에게 실물거래없이 가공세금계산서 3매를 발행한 사실을 확인하여 처분청에 과세자료를 통보하였다.

위 과세자료를 통보받은 처분청은 2007.6.3. 실물거래 없이 쟁점세금계산서를 수취한 청구법인에게 2004년 제2기분 부가가치세52,355,060원 및 2004사업연도 법인세 137,647,990원을 경정고지하면서, 청구법인이 가공매입한 쟁점세금계산서 대하여 2005사업연도 영업외수익(잡이익)으로 계상하였으나, 이는 처분청의 경정처분이 있을 것을 알고 계상한 것이고, 2004사업연도 법인세에 대하여 한 수정신고는 아니므로상여처분에서 제외할 수 없는 것이라 하여가공매입액(공급대가) 395,249,000원을 청구법인의 대표자 안OO에게 상여처분하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2007.7.27. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 쟁점금액을 잘못 기장하였음을 발견하고,대표자로부터 그 대금을 회수하여 법인에 귀속시킨 후2005사업연도 법인세 신고시에 잡이익(영업외수익)359,310천원을 계상하였으므로 법인세 137,647,990원과 대표자에 대한 인정상여처분금액 395,241,000원 중 35,931천원을 초과하는 부분은 이를 취소하여야 한다.

설사, 처분청의 과세방법이 정당한 것으로 보더라도 2005사업연도 법인세 중 잡이익 359,310천원은 동일 소득에 대한 중복과세이므로 이에 해당하는 법인세는 환급하여야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인은 쟁점금액을 대표자로부터 회수하고 법인의 이익으로 계상하였다고 주장하나, 청구법인은 OOO세무서장의 자료상조사 안내문에 대하여 회신한 2005.10.18.보다 늦은 2006년 3월에 2005사업연도 법인세를 신고하면서 영업외수익(잡이익)으로 계상하였으므로 이는 경정할 것을 미리 알고 회수한 것으로 보아야 하고, 청구법인이 가공매입 상당액을 회수하였다고 주장하지만, 2005사업연도 가지급금 회수액과 가공경비 회수액을 보면, 청구법인의 통장에서실제로 회수한 금액은 367,000천원(OOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOO,OOOOO OOOO OOOOOOOOOOOOOOOO OO,OOOOO OOOOOOOOOOOOOOOOOOOOO OO,OOOOO)에 불과하나, 가지급금 회수금액은 총 5,776백만원으로 기재되어 장부나 통장거래에 의하여는 가공경비 상당금액을 실제로 회수되었는지 여부를 확인할 수 없으며, 또한, 청구법인은 2004사업연도 법인세에 대하여는 수정신고한 사실이 없으므로 처분청이 2004사업연도 가공매입액에 대해 손금불산입하여 법인세를 경정고지하고 대표자에게 한 상여처분은 정당하다.

청구법인이 가공매입세금계산서를 수령하여 2004사업연도 손금에 산입한 금액을 2005사업연도 잡이익으로 계상한 것은 가공매입분에 대하여 2004사업연도 법인세로 과세하였으므로 환급하여야 한다는 청구법인의 주장에 대하여는, 청구법인의 2004사업연도 법인세 신고서에 계상된 부가가치세대급금 관련 손금산입액이 4,768,114천원이고 부가가치세 신고서에 계상된 매입액이 4,387,089천원으로 381,025천원을 과다하게 손금산입한 것으로는 보이나, 2005사업연도에 영업외수익을 과다하게 산입하여 환급하여야 할 것인지 여부는 본 청구사건인 2004사업연도 법인세와는 관련이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

2004사업연도 손금에 산입한 쟁점세금계산서에 대하여 거래상대방 관할세무서장으로부터 정당한 세금계산서인지 여부에 대한 소명자료 안내문을 수령한 후 2004사업연도 법인세 수정신고를 아니하고 2005사업연도에 영업외수익(잡이익)으로 계상하여 법인세 신고한 청구법인에 대하여 2004사업연도 법인세를 경정고지하고 대표자에 대한 상여로 처분한 것이 정당한지 여부

나. 관련법령

(1) 법인세법 제66조 【결정 및 경정】

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다. (1998. 12. 28. 개정)

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

2. 제120조 또는 제120조의 2의 규정에 의한 지급조서, 제121조의 규정에 의한 매출 매입처별계산서합계표 또는 매출 매입처별세금계산서합계표의 전부 또는 일부를 제출하지 아니한 때 (2000. 12. 29. 개정)

③ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 추계할 수 있다.

④ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류 또는 탈루가 있는 것을 발견한 때에는 즉시 이를 다시 경정한다. (1998. 12. 28 개정)

(2) 법인세법시행령 제106조 【소득처분】

① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다. (1998. 12. 31 개정)

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 본다.

가. 귀속자가 주주 등(임원 또는 사용인인 주주 등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여 (1998. 12. 31. 개정)

④ 내국법인이 「국세기본법」 제45조의 수정신고기한내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다. 다만，세무조사의 통지를 받거나 세무조사에 착수된 것을 알게 된 경우 등 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다.(2005.2.19. 신설, 2005.2.19. 이후 수정신고하는 분부터 적용)

나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여(1998.12.31. 개정)

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 실물거래 없이 쟁점세금계산서를 수취하고 손금산입하여 2004사업연도 법인세를 신고한 이후 거래상대방 관할세무서장으로부터 실질거래 여부에 대한 질의서를 수령 및 답변한 다음 쟁점금액을 영업외수익으로 익금산입하여 2005사업연도 법인세 신고한 것에 대하여 처분청은 청구법인이 경정할 것을 미리 알고 회수한 것이고 법규에 따라 2004사업연도 법인세에 대한 수정신고를 아니하였다 하여 청구법인에게 이 건 법인세를 고지하고 대표자 상여로 처분하였으며,

이에 대해 청구법인은 쟁점금액을 착오 기장하였음을 발견하고대표자로부터 그 대금을 회수하여 법인에 귀속시키고2005사업연도 잡이익(359,310천원)으로계상하여법인세를 신고·납부하였으므로 대표자의 상여로 처분함은 부당하다고 주장하며 예금계좌 사본 및 계정별원장 내역 등을 제출하고 있으므로 이에 대해 살펴본다.

(2) 청구법인이 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 수취하여 부가가치세 매입세액으로 공제하고 2004사업연도 손금에 산입하여 법인세 신고를 한 사실에 대하여는 다툼이 없다.

(3) 청구법인은 가공매입 상당액을 회수하여 2005사업연도 법인세 신고시 잡이익으로 계상하였음을 주장하면서 통장상 회수금액 367,000천원(OOOO OOOOOOOOOOOOOOO OOO,OOOOO OOOOOOOOOOOOOOOOOOOO OO,OOOOO OOOOOOOOOOOOOOOOOOOOO OO,OOOOO)에 대한 내역을 아래와 같이 제출하고 있다.

OOOO OOOO OO OOOO

(OO O OO)

(가) 청구법인은 거래상대방의 관할세무서장이 거래상대방에 대한 자료상조사 당시 쟁점세금계산서의 진위 여부에 대한 질의서(안내문)에 대해 2005.10.18.자로 회신한 사실과 청구법인은 쟁점금액에 대해 2004사업연도분 법인세 수정신고를 선택하지 아니하고, 2006년 3월 2005사업연도 법인세 신고시 잡이익(영업외수익)으로 회계처리하여 법인세과세표준을 산출한 사실이 확인된다.

(나) 처분청은 청구법인이 가공매입 상당액을 회수하여 2005사업연도 법인세 신고시 잡이익(영업외수익)으로 반영하였다고 주장하며 제출한 가지급금회수내역에 대하여, 2005사업연도 청구법인의 가지급금 회수금액은 5,776백만원이고 예금계좌의 회수금액은 367백만원에 불과하여 쟁점세금계산서에 의하여 유출된 쟁점금액이 실제 회수된 것으로 볼 수 없다하여 쟁점금액을 익금산입하여 법인세 등을 경정고지하고 대표자에 대한 상여로 처분한 사실이 확인된다.

(4) 법인세법시행령 제106조 제4항 규정에서 내국법인이 국세기본법 제45조 규정에 의한 수정신고기한내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다고 규정하면서 다만，세무조사의 통지를 받거나 세무조사에 착수된 것을 알게 된 경우 등 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니한다고 규정하고 있다.

(5) 위 사실관계 및 관련법령 등을 종합해 볼 때, 청구법인이 2006년 3월 쟁점금액을 잡이익으로 하여 2005사업연도 법인세 신고를 한 사실은 확인되나, 그 시기가 거래상대방의 사업장 관할 세무서장으로부터 거래사실 여부에 대한 질의서(안내문)를 받고 그에 대한 회신일인 2005.10.18.이 지나서 실시한 점, 청구법인이 2004사업연도 수정신고를 선택하지 아니하고 2005사업연도에 회수하여 잡이익(영업외수익)으로 반영하였다고 주장하며 제출한 가지급금 회수내역과 예금계좌의 현금회수 내역이 큰 차이가 발생하여 청구법인의 주장대로 인정하기는 어려운 점, 등으로 보아 청구법인이 쟁점금액에 대하여 조사에 착수할 것을 미리 알기 전에 유출된 자금을 스스로 회수하고 익금에 산입한 것으로 보기는 어려운 것으로 판단된다.

따라서 처분청이 쟁점금액을 2004사업연도 익금에 산입하여 2004사업연도 법인세를 과세하고 대표자의 상여로 처분한 당초처분은잘못이 없는 것으로 판단된다.

(6) 청구법인이 대표자로부터 쟁점금액을 회수하고 영업외수익(잡이익)으로 계상하여 신고한 2005사업연도 법인세는 중복과세로서 환급되어야 한다는 청구법인의 주장은 이 건 2004사업연도 법인세 과세처분과는 관련이 없으므로 청구법인이 2005사업연도 법인세에 대해 경정청구하는 것은 별론으로 하고 이 부분에 대한 심리는 생략한다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.