청구인은 서울특별시 구로구 OO동 OOOOO 소재 대지 447.8㎡를 84.5.28 취득하여 그 지상에 건물 1,100㎡(지하층, 지상 1～4층, 이하 “쟁점건물”이라 한다)를 85.7.30 신축하여 지상 1～4층(880㎡)을 타인에게 임대하여 오다가 90.5.23 쟁점건물의 2～4층에서 제조의류업을 경영하던 청구외 OO산업 대표자 OOO에게 양도하고 90.5.26 임대업을 폐업신고하였다.

처분청은 양수자인 OOO는 2～4층(660㎡)을 사업용자산으로 이용하고 나머지 지하층과 지상1층(440㎡)에 대해서만 임대에 공하고 있는 바, 이는 양수자인 OOO의 주업을 임대업이 아닌 제조의류업으로 볼 경우 쟁점건물의 양도·양수 전후 사업의 동일성이 유지되지 못하므로 쟁점건물의 양도는 사업의 포괄양도에 해당되지 아니한다고 보아 92.1.16 청구인에게 90년도 제1기 확정신고분 부가가치세 40,692,480원을 결정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 92.3.16 심사청구를 거쳐 92.6.18 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

청구인은 쟁점건물의 양도당시 총건물면적 1,100㎡중 1～4층 880㎡는 임대업에 이용하고, 지하층 220㎡는 청구인이 직접 자가사용한데 비해 매수인은 지하층 및 지상1층 440㎡만 임대에 이용하고 2～4층 660㎡는 직접 매수인이 자가사용하였는 바, 임대용 및 자가사용의 비율이 양도·양수 전후 달라진 것 만으로 사업의 동일성이 없다고 보는 것은 부당하고, 또한 설사 사업의 동일성이 결여되어 사업의 포괄양도로 볼 수 없다 하더라도 쟁점건물의 가액이 장부상 164,087,100㎡원으로 확인되므로 건물가액을 양도당시 토지 및 건물의 지방세법상의 과세시가표준액으로 안분하여 계산한 당초처분은 잘못이라는 주장이다.

국세청장은 쟁점건물의 양도자는 부동산임대업자이고 양수자는 제조의류업자로서 쟁점건물의 양도·양수 전후 사업의 동일성이 유지되지 아니하고, 또한 청구인의 장부상 건물가액을 실지거래가액으로 인정할 수 있는 입증서류가 없으므로 당초처분청의 처분은 잘못이 없다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점건물의 양도가 사업의 포괄양도에 해당되는지 여부

② 쟁점건물의 양도시 장부가액을 실지거래가액으로 볼 수 있는지 여부에 그 다툼이 있다.

나. 쟁점①(사업의 포괄양도에 해당되는지 여부)에 대하여

① 관련법령

부가가치세법 제6조 제6항을 보면, 사업을 양도하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다고 규정하면서, 같은법 시행령 제17조 제2항에서 “법 제6조 제6항에 규정하는 사업의 양도는 사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리(미수금에 관한 것을 제외한다)와 의무(미지급금에 관한 것을 제외한다)를 포괄적으로 승계시키는 것으로 한다”라고 규정하고 있다(같은법 기본통칙 2-1-14...6, 같은 뜻임).

② 쟁점건물의 양도가 사업의 포괄양도에 해당되는지 여부

첫째, 청구인이 당심에 제출한 쟁점건물의 양도시 매매계약서인 검인계약서와 일반계약서를 보면, 전자의 경우는 일반적인 부동산의 매매계약서로서 부동산임대사업에 따른 인적·물적시설과 채권 및 채무를 쟁점건물과 동시에 일괄양도한다는 사실이 확인되지 아니하고 있는 반면, 후자의 경우는 부동산임대사업에 따른 인적·물적시설을 일괄양도하는 것으로 기재되어 있는 바, 위 두계약서의 내용이 서로 상이할 뿐 아니라 공증인의 공증등 객관적인 입증사실이 없는 위 후자의 매매계약서는 유일한 것이 아니고 일반적으로 재작성도 가능하므로 쟁점건물을 임대사업과 일괄하여 양도하였다는 청구주장은 신빙성이 없어 보이고,

둘째, 청구인과 양수인의 사업자등록을 보면, 청구인은 86.12.31부터 90. 5.23까지 사업의 종류를 부동산임대업으로 하여 사업자등록을 신고하여 부동산임대업을 이행하여 온데 비해 양수인 청구외 OOO는 쟁점건물을 매수한 이후에도 종전에 경영하여오던 제조의류업의 사업자등록에 부동산임대업을 추가하거나 당초사업의 종류를 부동산임대업으로 변경하지 아니하고 당초사업의 종류인 제조의류업의 상태에서 쟁점건물의 일부를 임대하여왔음이 확인되고 있으므로 양도자의 경우 주사업은 부동산임대업인 반면 양수자의 주사업은 제조의류업으로서 양도·양수 전후 사업의 종류가 다름을 알 수 있고,

셋째, 청구인 및 양수인의 임대현황을 보면, 청구인은 양도당시 쟁점건물중 지하층 220㎡를 본인의 창고로 자가사용하고 지상 1～4층 880㎡는 타인에게 임대에 이용한데 반해 양수인은 쟁점건물중 2～4층 660㎡를 본인의 사업인 제조의류업에 자가사용하고, 지하층과 지상1층 440㎡는 임대사업에 이용하고 있었음이 임대차계약서등에 의해 확인되고 있으므로 양도·양수 전후 임대면적비율이 현저히 차이가 난다 하겠으며,

넷째, 청구인 및 양수인의 부가가치세 신고 내용을 보면, 청구인은 86.12.31부터 90.5.23까지 기간에 쟁점건물의 부동산임대수입금액에 대한 부가가치세 과세표준을 신고한데 비해, 양수인은 90.5.24부터 현재까지 제조의류업의 수입금액에 대해서만 부가가치세 과세표준을 신고하고, 쟁점건물의 부동산임대수입금액에 대해서는 부가가치세 과세표준을 신고한 사실이 없음이 양수인의 부가가치세 과세표준 및 세액 신고서에 의해 확인되고 있다.

위의 사실을 종합하여 볼 때, 청구인의 쟁점건물의 양도에 대하여는 양도·양수 전후 사업의 동일성이 유지되지 아니하고 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시킨 것도 아니므로 재화의 공급으로 보아 부가가치세를 부과한 당초처분은 정당하다고 판단된다.

다. 쟁점②(쟁점건물의 양도시 장부가액을 실지거래가액으로 볼 수 있는지 여부)에 대하여

① 관련법령

쟁점부동산(토지 및 건물, 이하 같다)양도당시의 부가가치세법 시행령 제48조의2 제3항에 의하면 “사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 기타 구축물을 함께 공급하는 경우에 그 건물 및 기타 구축물의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만 실지거래가액중 토지의 가액과 건물 및 기타 구축물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다”고 규정하고 있다.

그러나 쟁점부동산 양도일(90.5.23) 이후인 90.12.31 신설된 동법시행령 제48조의2 제4항에서는 제3항 본문의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 경우에는 그 가액을 건물 및 기타 구축물의 실지거래가액으로 보되, 이 경우 적용순서는 다음 각호의 순서에 의하도록 되어 있다.

1. 주택건설촉진법에 의하여 국가 또는 지방자치단체로부터 사업계획의 승인을 얻어 공급하는 주택의 경우에는 그 승인된 사업계획상의 분양가액.

2. 토지와 건물 및 기타 구축물의 장부가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액. 이 경우 장부가액이 없는 때에는 취득가액을 기준으로 한다.

3. 지가공시 및 토지등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정평가한 가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액.

위 제4항(신설)조항은 실지거래가액중 토지 및 건물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 지방세법상의 과세시가표준액에 의하여 안분계산을 하도록 규정한 동법시행령 제48조의2 제3항에만 의존할 경우에는 공신력이 있는 감정가액이나 실지취득가액에 비하여 건물가액이 과다하거나 상당히 불합리하게 계산되는 등 많은 문제점이 야기되고 있어 이를 보완한 규정으로 비록 이 건 양도일 이후인 90.12.31 신설되었으나, 동 규정을 창설적인 규정이 아니고 일종의 선언적·예시적인 규정에 해당된다 할 수 있으므로, 이 건의 경우 동규정을 적용할 수 있다 할 것이다(국심 90서2514, 91.4.10, 92서1407, 91.6.29 같은 뜻임).

② 쟁점건물의 양도시 장부가액을 실지양도가액으로 볼 수 있는지 여부

첫째, 청구인이 제출한 쟁점부동산의 양도시 검인계약서를 보면, 청구인은 쟁점부동산을 청구외 OOO에게 515,000,000원(90.5.19 계약금 210,000,000원, 90.5.22 중도금 및 잔금 305,000,000원)에 양도하면서 건물가액과 토지가액을 구분표시하지 아니한데 비해 청구인이 제시하는 일반매매계약서를 보면, 청구인은 총양도대금 515,000,000원중 건물가액을 매도인의 장부가액인 164,087,100원으로 한다라고 구분표시되어 있는 바, 동 일반매매계약서는 위의 쟁점①에서 살펴본 바와 같이 신빙성이 없어 보이고,

둘째, 처분청의 이 건 조사당시 처분청에 제출한 쟁점건물의 매수인 OOO의 확인서를 보면, OOO는 90.5.23 청구인으로부터 쟁점부동산을 토지가액과 건물가액의 구분없이 515,000,000원에 취득하였다고 확인하고 있어 청구인이 쟁점부동산을 양도함에 있어 매매계약서상에 건물가액과 토지가액을 구분하여 표시하지 아니하였음을 알 수 있으며,

셋째, 청구인이 제출한 89년도 결산서 내용을 보면, 대차대조표상에 건물가액 164,087,100원과 토지가액 93,098,970원으로 구분하여 기재되어 있으나 이에 대한 토지·건물의 계정원장, 결산서의 부속서류 및 장부등 그 건물가액을 입증할 수 있는 증빙이 없어 쟁점건물의 장부가액 164,087,100원이 진실인지 여부가 확인되지 아니한다 하겠다.

위의 사실을 종합하여 보면, 청구인은 쟁점부동산을 청구외 OOO에게 양도하면서 총양도가액을 515,000,000원으로하고 건물가액과 토지가액을 구분하지 아니한 사실이 확인되고 있을 뿐만 아니라 청구인의 장부상 건물가액 164,087,100원도 신빙성이 없어 건물의 실지양도가액도 확인되지 아니하므로 처분청이 쟁점건물의 양도가액을 부가가치세법 시행령 제48조의2 제3항의 규정에 의하여 총실지양도가액(515,000,000원)을 토지 및 건물의 지방세법상 과세시가표준액으로 안분계산한 가액 355,948,167원으로 한 당초처분은 정당하다고 판단된다.

라. 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.