가. 구 국토해양부(현 국토교통부, 이하 ‘국토부’라 한다)는 2009. 6. 30. 한강, 낙동강, 금강, 영산강 등 4대강 살리기 사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)에서 발생할 것으로 예상되는 하천 준설토에 대한 처리절차 및 방법 등을 구체적으로 정하기 위하여 ‘구 4대강 하천 준설토 처리지침(2012. 5. 3. 국토해양부 유지관리팀-349호로 일부 개정되기 전의 것, 국토해양부 4대강 살리기 추진본부, 국토해양부 기획재정팀 - 234, 이하 ’이 사건 지침‘이라 한다)’을 제정하고, 2009. 10. 이 사건 사업으로 발생이 예상되는 준설토 약 5.7억㎥(모래 약 2.6㎥, 사토 약 3.1㎥)의 처리와 관련하여 ‘4대강 준설토처리 추진현황 및 계획’을 수립하였다.

나. 원고(2013. 9. 23. 여주군에서 여주시로 승격됨)는 이 사건 지침에 의거 이 사건 사업 공구 중 한강 제2 내지 6공구에서 발생하는 준설토(골재)의 처리에 관하여 2010. 1. 29.에 한국수자원공사(한강 제3, 4, 6공구)와, 2010. 2. 1.에 경기도(제2, 5공구)와 각 골재처리에 관한 협약(이하 위 각 협약을 통틀어 ‘이 사건 협약’이라 한다)을 체결하였다.

다. 이 사건 협약 제5조(업무분담)에 따르면, 한국수자원공사(준설토가 적치장으로 운반완료된 2012. 8. 27. 이후 위 협약에 따른 의무는 국토부 산하 서울지방국토관리청이 이행하는 것으로 되었다)와 경기도는 각 공구에서 발생하는 준설토를 적치장까지 운반하는 업무를 담당하고(제1항), 원고는 위와 같이 준설토가 운반된 이후에 발생하는 제반 업무를 담당하며(제2항), 그 범위는 '1. 적치장 선정(인허가, 임차 또는 매입 업무 포함),

2. 적치장 관리ㆍ운영(경기도에 대하여는 원상복구 업무 포함),

3. 준설토(골재) 선별ㆍ잔토 처리ㆍ골재 적치ㆍ판매 등...