2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 원고에 2012. 5. 1. 대하여 한 2011년도 제2기분 부가가치세 ○○○○원의 부과처분을 취소한다.

가. 원고는 디지털 콘텐츠 개발업체로서 지역특화상품 디자인 및 애니메이션 캐릭터 등을 개발하는 회사이다.

나. 원고가 피고에게 2011년도 제2기분 확정 부가가치세 신고시 매입세액 ○○○○

원을 환급신고하자 피고는 부가가치세 환급 현지확인조사를 실시하였고, 그 결과 피고

는, 원고가 2011. 8. 4. 재단법인 BBBBBBB(이하 '이 사건 법인'이라 한다)와 사이에「지역문화산업연구센터(CRC) 지원사업 과제협약」을 체결하고 이 사건 법인으로부터 지원금 ○억 원(이하 '이 사건 지원금'이라 한다)을 지급받았는바, 이 사건 지원금은 원고의 연구 용역에 대한 대가로 지급되는 것으로서 부가가치세 과세대상임에도 원고가 이를 신고 누락하였다는 이유로 2012. 5. 1. 원고에게 위 과세매출 누락분에 대하여2011년도 제2기분 부가가치세 32,524,130원을 경정・고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

인정근거다툼 없는 사실, 갑 제1, 3호증, 을 제1호증(가지번호 있는 경우 이를 포

함한다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

지역문화산업연구센터 지원사업은 (CRC) 이 사건 법인이 문화체육관광부와 제주특별자치도로부터 예산을 지원받아 위 사업의 관리기관으로서 지역 기업을 지원하여 지역 관련 산업을 육성하고자 하는 것으로서 이 사건 지원금은 원고의 사업에 대한 그 비용 지원이며, 위 협약상 사업의 무형적 결과물을 이 사건 법인의 소유로 한다는 규정은 잘못 기재된 형식적인 조항일 뿐이므로 이 사건 지원금은 부가가치세 과세대상이 되는 용역의 공급으로 볼 수 없고, 부가가치세 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금에 해당한다. 따라서 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 인정사실

가) 이 사건 법인은 2011. 6. 10. 지역문화산업 발전을 위한 산・학・연 협력체계 구축과 지역 특화 문화상품 개발지원 등을 추진하는「지역문화산업연구센터(CRC)지원사업」(이하 '이 사건 사업'이라 한다)의 일환으로 아래와 같이 "제주 청정자원 네이처 콘텐츠 제작" 과제 수행기관 선정공고를 하였다.

나) 이 사건 법인은 원고를 위 1)항 기재 과제의 수행기관으로 선정하였고, 이에따라 원고는 2011. 8. 4. 이 사건 법인과 사이에 아래와 같이 이 사건 사업 과제협약을 체결하였다(이하 '이 사건 협약'이라 한다).

인정근거다툼 없는 사실, 갑 제4, 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2) 판단

위 인정사실에 더하여 갑 제6 내지 8호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 부가가치세는 재화 또는 용역의 공급, 재화의 수입에 대하여 부과하는 세금으로 구 부가가치세법(2011. 12. 31. 법률 제11129호로 개정되기 전의 것, 이하 '법'이라 한다) 제13조 제2항 제4호는 부과가치세의 과세표준에 포함하지 아니하는 것의 하나로 국고보조금과 공공보조금을 들고 있는데, 법 시행령(2012. 1. 25. 법률 제23527호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제48조 제1항에 의하면 법 제13조 제1항에 규정하는 과세표준에는 거래대상자로부터 받은 대금・요금・수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치있는 것을 포함하고, 법 시행령 제48조 제10항에 의하면 법 제13조 제2항 제4호에 규정하는 국고보조금과 공공보조금은 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금으로 한다고 규정하고 있는 점, ② 위 각 규정은 재화 또는 용역을 공급함으로써 부가가치세 납세의무를 지는 사업자가 국고보조금 또는 공공보조금의 교부대상이 되는 보조사업의 수행자로서 재화 또는 용역을 공급하고 국고보조금 또는 공공보조금을 지급받은 경우에는 당해 사업자가 재화 또는 용역의 공급에 따른 부가가치세 과세표준에 위 국고보조금 또는 공공보조금 상당액을 포함시키지 않는다는 것으로 해석되고(대법원 ( 2001. 10. 9. 선고 2000두369 판결 참조), 이 같은 보조금을 부가가치세 과세표준에서 제외하는 취지는 보조금의 교부대상이 되는 보조사업에 대하여 부가가치세를 비과세함으로써 재정지원의 목적을 효과적으로 달성하고 또한 정부 또는 공공단체가 재화나 용역을 직접 공급받지 않으면서 특정한 사업을 진흥 또는 촉진시키기 위하여 정책적으로 보조금을 지급하는 경우 당해 보조금은 재화 또는 용역의 공급과는 직접적인 대가관계가 없기 때문이라 할 것인 점, ③ 이 사건 사업의 일환으로 이루어진 제주 청정자원 네이처 콘텐츠 제작 과제의 수행기관 선정공고 및 이 사건 협약서에 의하면 원고는 2011년도 제2기분 과세기간에 이 사건 법인으로부터 이 사건 지원금을 사업비로 지급받고 이 사건 사업의 무형적 결과물 중 지원금 지분에 상당하는 부분은 이 사건 법인의 소유로 하기로 명시적으로 약정한 점, ④ 이 사건 협약서에 의하면 원고는 이 사건 사업 종료 후 이 사건 법인에게 이 사건 지원금 총액의 20%를 기술료로 납부하여야 하는 점, ⑤ 이 사건 협약서에 의하면 원고는 이 사건 법인에게 연구결과, 이 사건 지원금의 사용실적 등을 보고하여야 하고, 평가결과 최종 점수 70점 미만에 해당하는 연구과제에 대해서는 이 사건 법인이 연구를 중단시킬 수 있는 점, ⑥ 이 사건 법인이 이 사건 사업의 일환으로 수행기관 선정공고시 부여한 사업과제는 제주 청정자원 네이처 콘텐츠 제작이었고 원고는 그 세부 사업계획으로 "제주의 해녀"를 기초로 한 캐릭터 개발과 이를 활용한 상품개발을 제시하였던 점, ⑦ 이 사건 법인의 이 사건 사업 수행지침에서도 산업재산권・연구보고서의 판권 등 무형적 결과물은 정부출연금 및 지방비 지분에 상당하는 부분을 이 사건 법인의 소유로 한다고 규정하고 있는 점, ⑧ 원고는 2012. 4.경 이 사건 법인과 사이에 이 사건 사업에 관하여 2차 사업연도 과제협약을 체결하였는데 위 협약서에서 , 이 사건 협약서와 달리 지식재산권・보고서의 저작권 등 무형적 결과물은 원고의 소유로 한다고 규정하면서도 사업수행결과를 공공의 목적으로 활용하기 위하여 필요한 경우, 원고가 정당한 사유 없이 성과물을 실시하지 않는 경우, 기타 수행기관이 소유하기에 부적합하다고 인정되는 경우 이 사건 법인이 활용하거나 소유로 할 수 있다고 규정하고 있고, 이 사건 법인이 사업수행성과에 따른 결과로서 지식재산권을 출원하거나 등록하는 경우 지원하는 기관(문화체육관광부, 제주특별자치도, BBBBBBB)과 과제명의 기재가 누락되지 않도록 하여야 하며, 여전히 원고는 이 사건 사업의 종료 후 이 사건 법인에게 지원금의 20%를 기술료로 납부하여야 한다고 규정하고 있는 점, ⑨ 이 사건 협약상 연구기간 종료 후 2차 사업연도에 협약을 체결하면서 소유권귀속 규정을 위와 같이 일부 변경하였다는 사정과 이 법원의 재단법인 BBBBBBB원장에 대한 사실조회결과만으로 이 사건 협약 체결 당시 원고와 이 사건 법인의 진정한 의사는 이 사건 사업의 결과물을 원고에게 귀속시키는 것이었고 다만 그 표시에 착오를 일으켜 이 사건 협약서에 그 결과물의 소유권 귀속 주체를 이 사건 법인으로 잘못 표시한 것이라고 보기는 어려운 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 지원금은 원고의 용역의 공급과 직접 관련하여 지급되는 것으로 봄이 상당하다. 따라서 이 사건 지원금은 부가가치세 과세대상에서 제외되는 국가보조금과 공공보조금에 해당하지 아니하고, 원고의 위 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

심급 사건

참조조문

참조판례