가. 청구인은 1994.9.27. 취득한 부산광역시 OOO(이하 “종전주택”이라 한다)의 재개발사업에 따라 2006.2.10. 부산광역시 OOO(이하 “쟁점신축주택”이라 한다)의 사용승인을 받아, 2006.4.10. 소유권보존등기를 한 후 보유하다가 2009.12.28. 양도하고, 「조세특례제한법」 제99조의3에 규정된 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 종전주택 취득일부터 양도일까지의 양도소득금액 OOO원에 대한 양도소득세 OOO원 전액을 감면세액으로 하여 양도소득세를 신고하고, 농어촌특별세 OOO원을 납부하였다.

나.처분청은 양도소득금액 중 종전주택의 취득일부터 쟁점신축주택의 취득일 전일까지의 기간에 대한 양도소득금액은 감면대상에 해당하지 않는다 하여 감면세액을 OOO원으로 감액하여 2013.5.13. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정‧고지하고, 농어촌특별세 OOO원을 환급결정하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2013.8.12. 이의신청을 거쳐 2013.12.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

「조세특례제한법」 제99조의3에 따르면 신축주택 취득 후 5년 이내 양도시와 5년 이후 양도시를 구분하여 감면대상 여부를 판정하고 있는바, 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득을 구분하여 감면대상 양도소득에서 제외하는 것은 아래와 같은 이유로 잘못이다.

(1) 「소득세법」상 신축주택은 건물만을 의미하는 반면(법 제94조 제1항 제1호에서 ‘토지 또는 건물의 양도’, 법 제89조 제1항 제3호에서 ‘1세대 1주택과 그 부수토지’ 등), 「조세특례제한법」상 신축주택은 건물과 부수토지를 포함한 개념으로 명백히 다르고, 신축주택의 취득시기에 관하여도 「소득세법」은 원조합원의 경우 환지전 주택의 취득일로 보는 반면, 「조세특례제한법」은 사용승인일 등에 취득한 것으로 보고 있으므로 「소득세법」과 달리 「조세특례제한법」에서는 종전주택이라는 개념 및 신축주택 취득 전의 양도소득은 존재할 수 없는 것이다. 즉, 「조세특례제한법」상 조합원의 신축주택 취득시 양도소득 발생기간은 사용승인일 등의 날로부터 신축주택 양도일까지의 기간으로 보아야 한다.

(2) 판례(대법원 2008.5.29. 선고 2007두146 판결)에서도 「조세특례제한법」 제99조의3 제1항 소정의 취득일은 양도소득금액계산의 기준이 되는 취득시기를 의미하는 것이라고 하여 자기가 건설하는 건축물의 취득시기는 그 사용승인 등을 받은 날로 보고 있는바, 「조세특례제한법」상 자기가 건설한 신축주택을 취득하여 5년 이내 양도함으로써 발생하는 소득은 「조세특례제한법」상 신축주택의 취득일인 사용승인 등의 날로부터 양도일까지 발생한 동 법상 신축주택의 양도소득 전체를 말한다.

(3) 「조세특례제한법 시행령」 제40조 제1항에서 규정하는 신축주택의 취득일부터 5년간 발생하는 감면대상 양도소득금액 계산식[양도소득금액 × (취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시 기준시가 - 취득당시 기준시가)]에서 분모와 분자의 ‘취득당시 기준시가’는 「조세특례제한법」상 신축주택의 취득당시 기준시가 되어야 하는 것으로 양자를 달리 볼 이유가 없고, 동 계산식은 「소득세법」상 양도소득금액 중 「조세특례제한법」상 신축주택의 취득일부터 5년 이내에 발생한 소득과 5년을 경과하여 발생한 소득으로 구분하기 위한 것이지 「소득세법」상 양도소득을 「소득세법」상 발생기간에 배분한 후 「조세특례제한법」상 신축주택의 취득일부터 5년이 되는 날까지 발생한 양도소득금액을 계산하기 위한 것이 아니다. 이는 「조세특례제한법 시행규칙」 별지 제37호 서식인 세액감면신청서 및 그 작성요령을 보더라도 그 기재 ‘⑦ 양도소득금액’에는 「소득세법」상 양도소득금액 전체를 기재하도록 되어 있고,동 금액을 ‘⑪ 5년 이내 발생한 양도소득금액’에 기재하도록 되어 있는 점 등을 보더라도 「소득세법」상 양도소득금액 전체가 「조세특례제한법」상 감면대상 양도소득금액이 됨을 알 수 있다.

나. 처분청 의견

청구인은 「조세특례제한법」 제99조의3에 따라 감면소득금액 계산시 취득당시 기준시가를 분자의 경우 신축주택 취득당시 기준시가를 적용하고 분모의 경우에는 종전주택 취득당시 기준시가를 적용하는 것은 법 취지에 맞지 않는 그릇된 해석이고, 토지만을 보유하던 조합원의 경우 양도당시 신축주택 기준시가에서 종전토지의 취득당시 기준시가만이 차감되는 등 합리적인 방법이 아니며, 추가부담금을 납부하고 신축주택을 취득한 조합원의 경우 일반분양자에 비하여 불리한대우를 받게 되므로 위와 같이 계산하는 것은 불합리하다고 주장하나,

「조세특례제한법」 제99조의3의 전체 문언을 고려할 때 종전주택을 취득하여 보유하다가 주택 재건축(재개발)사업에 따라 신축주택을 취득한 후 5년 이내에 양도한 경우, 같은 조 제1항에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 그 감면대상은 신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 한정되는 것으로 보아야 할 것이지 종전주택을 취득한 때로부터 신축주택을 양도한 때까지 전 기간에 발생한 소득으로 확대해석할 수는 없는 것이고, 처분청은 신축주택에 대한 양도소득세 감면을 적용함에 있어 감면대상 양도소득금액을 계산하기 위하여 「조세특례제한법 시행령」 제40조 제1항을 준용하였는바, 이는 청구인이 납부한 청산금이 공제된 전체 양도소득금액을 기준시가를 이용하여 안분하여 환산하는 방법으로서 적법한 계산방법이므로 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

신축주택의 양도시 「조세특례제한법」 제99조의3에 따른 과세특례대상 양도소득금액의 계산

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 제99조의3 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례] ① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. (단서 및 각 호 생략)

(2) 조세특례제한법 시행령 제99조의3 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례] ② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

제40조 [구조조정대상부동산의 취득자에 대한양도소득세의 감면 등]①법 제43조 제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간발생한 양도소득금액"이라 함은 「소득세법」제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 「법인세법」제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

{양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

다. 사실관계 및 판단

(1) 등기부등본 등에 의하면, 청구인은 1994.9.27. 종전주택을 취득하였고, 재개발사업에 따라 2006.2.10. 쟁점신축주택의 사용승인을 받아 2006.4.10. 소유권보존등기를 한 후 신축주택 취득일로부터 5년 이내인 2009.12.28. 동 신축주택을 양도한 것으로 나타난다.

(2) 양도소득세 신고서 등에 의하면, 청구인은 신축주택을 양도한 것에 대하여 「조세특례제한법」 제99조의3에 규정된 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 종전주택 취득일부터 쟁점신축주택의 양도일까지의 양도소득금액 OOO원에 대한 양도소득세 OOO원 전액을 감면세액으로 하여 양도소득세를 신고하고, 농어촌특별세 OOO원을 납부한 것으로 나타난다.

(3) 양도소득세 경정결의서에 의하면, 처분청은 양도소득금액 중 종전주택의 취득일부터 쟁점신축주택의 취득일 전일까지의 기간에 대한 양도소득금액은 감면대상에 해당하지 않는다 하여 감면세액을 OOO원으로 감액하여 종합소득세 OOO원을 경정‧고지하고, 농어촌특별세 과다납부세액 OOO원은 환급결정하였으며, 종합소득세 납부불성실가산세 계산시 농어촌특별세 과다납부세액 OOO원을 과소납부세액에서 차감하여 계산한 것으로 나타난다.

(4)위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 보면,「조세특례제한법」제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 그 감면대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일전일까지의 양도소득금액과 신축주택의 취득일부터 5년 이후에 발생한 양도소득금액은 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점,

청구인은 「조세특례제한법」 제99조의3 및 같은 법 시행령 제40조에 규정된 감면대상 양도소득금액의 계산식의 분자, 분모 모두에서 “취득당시 기준시가”로 동일하게 규정하고 있음에도 처분청에서 분자와 분모의 “취득당시 기준시가”를 다른 가액을 적용한 것은 조세법률주의의 원칙에 위배된다고 주장하나, 「조세특례제한법」 제99조의3의 내용상 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기는 어려운데 처분청과 같은 방식으로 산식을 적용할 경우 신축주택 취득일부터 기산하여 5년이 되는 날까지의 양도소득금액이 감면대상소득금액으로 산정되고, 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상에서 제외되는 결과가 되어 결국 동 조항의 입법취지에 따라 감면소득금액이 합리적으로 산정된 것으로 보이는 점(조심 2012서5062, 2013.3.8., 조심 2012서5122, 2013.3.19. 등 참조)으로 볼 때, 청구인의 주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.