가. 피고가 2007. 9. 3. 원고에 대하여 한 2007년 제1기분 부가가치세 546,497,720원의 환급거부처분 중 248,408,052원을 초과하는 부분을 취소한다.

나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송총비용 중 40%는 원고가, 60%는 피고가 각 부담한다.

피고가 2007. 9. 3. 원고에 대하여 한 2007년 제1기분 부가가치세 546,497,720원의 환급거부처분을 취소한다.

2. 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

가. 원고는 도심재개발사업 회사로서 서울 동대문구 용두동 39-1 일대 주식회사 동부청과[이하 ‘동부청과’라 하고 모든 회사의 명칭에서 ‘주식회사’는 ‘(주)’로 표시하거나 그 기재를 생략한다] 소유 시장건물 부지 등 합계 16,991.30㎡(이하 ‘이 사건 정비사업 구역’이라 한다) 지상에 금호리첸시아 주상복합건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 신축·판매하는 내용의 시장정비사업 계획을 수립하였다(이하 ‘이 사건 정비사업’이라 한다).

나. 원고는 이 사건 정비사업 구역 내 최대 지주인 동부청과의 인수에 필요한 자문을 제공받기 위하여 2006. 8. 7. (주)씨썬이엔씨와 기업인수자문 컨설팅계약을 체결하고(이하 ‘이 사건 컨설팅 계약’이라 한다) 2007. 1. 5. 그 용역대금으로 25억 원을 지급하였다.

다. 또한 원고는 이 사건 정비사업 부지를 균형발전촉진지구로 편입하고, 이에 따른 기본계획수립 및 구역지정인가 업무추진을 위하여, ① 2007. 1. 8. (주)용지산업개발과 용역계약을 체결하고(이하 ‘이 사건 제1용역계약’이라 한다) 2007. 1. 9. 용역대금 15억 원을 지급하였으며, ② 2007. 1. 31. (주)송산엔지니어링과 용역계약을 체결하고(이하 ‘이 사건 제2용역계약’이라 한다) 2007. 2. 5. 용역대금 15억 원을 지급하였다.

라. 원고는 2007. 4. 25. 2007년 제1기 부가가치세를 신고함에 있어 이 사건 컨설팅 대금, 이 사건 제1·2 용역계약 대금에 대한 매입세액 합계 5억 5천만 원을 매입세액으로 공제하고 665,067,490원을 환급신청하였다.

마. 이에 피고는 2007. 9. 3. 원고에 대하여 아래와 같은 내용으로 부가가치세 경정·고지를 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

(1) 경정 내역 : 이 사건 컨설팅 대금 25억 원은 부가가치세법 제17조 제2항 제2호 가 정한 ‘사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액’이고, 이 사건 제1·2 용역대금 합계 30억 원은 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 및 같은 법 시행령 제60조 제6항 이 정한 ‘토지관련 매입세액’이므로 각 매입세액 불공제 및 이에 대한 가산세 부과

(2) 환급거부 세액

㈎ 경정 환급세액 : 168,251,386원

㈏ 가산세 : 49,681,610원

㈐ 가산세 차감 후 순환급세액 : 118,569,770원

㈑ 환급거부액 : 546,497,720원(=665,067,490원－118,569,770원)

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 5호증, 을 1호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 관계 법령

별지 기재와 같다.

나. 인정사실

(1) 동부청과(약 67명의 주주가 820주 정도를 거의 균등하게 보유하고 있다)는 유통산업발전법 제8조 규정에 의하여 등록된 대규모점포로 ‘재래시장 및 상점가 육성을 위한 특별법’(이하 ‘재래시장법’이라 한다) 제2조 에 정한 재래시장에 해당된다.

(2) 시장정비사업 승인 대상인 재래시장은 주거복합건물 중 주거용으로 사용되는 부분의 면적이 연면적의 90% 미만이어야 하는데(서울특별시 도시계획조례 제32조 단서 및 별표3 제1호), 이 사건 정비사업 구역은 그에 해당하는 재래시장으로서 시장정비사업심의위원회의 심의를 거치면 주거복합건물 용적률의 적용을 받지 않을 수 있다.

(3) 이 사건 정비사업 구역 부지의 75.6%를 소유하는 동부청과는 2003년경부터 자체적인 시장개발계획을 추진하다가 2005년경 개별 주주의 주식을 매각하는 방식으로 시장개발을 하기로 방침을 정하였는데, 2006. 4.경부터 여러 개발시행업체로부터 사업부지 또는 지분의 매도 제의를 받았다.

(4) 원고는 이 사건 컨설팅 계약에 의한 자문을 거쳐 동부청과의 주식을 양수받은 다음 2006. 12. 29. 동부청과와 사이에 사업승인 신청 전의 제반업무 및 소요 자금 조달, 사업과 관련된 인허가 업무 등 실질적인 업무 일체를 원고가 수행하되, 사업주체는 동부청과와 공동 명의로 하기로 하는 내용의 공동사업약정을 체결하였다(재래시장법에 따른 이 사건 정비사업의 시행대표자는 동부청과이다).

(5) 용지산업개발은 이 사건 제1용역계약의 이행을 위하여 2007. 3. 29. 소외 1과 사이에, 2007. 9. 4. (주)동남디벨로퍼와 사이에 용역하도급계약을 체결하였는데, 위 각 하도급계약의 업무범위와 실제 수행한 업무의 내용은 아래와 같다.

㈎ 소외 1과의 하도급계약

① 계약상 업무 범위 : 균형발전촉진지구로의 편입 업무 지원, 기본계획수립 및 구역지정인가 업무 지원, 사업시행인가에 따른 제반업무 지원, 관리처분인허가 업무에 따른 지원, 이전고시 작성 등 지원

② 실제 수행 업무(2007. 7.경) : 관리처분 계획안 작성(토지와 건물의 가격, 지분율, 분양면적의 산출 내용 등 포함), 가격평가를 위해 2개 감정평가기관에 평가의뢰 등

㈏ 동남디벨로퍼와의 하도급계약

① 계약상 업무 범위 : 시장정비사업추진계획 사업계획서 작성, 상가 컨셉 및 개발방향 설정, 개발시설 및 업종 구성, 개발 마케팅 전략 수립, 청량리역세권 관련 조사 분석, 소비자 지역인지도 조사 분석, 시장정비사업추진계획 승인결정 관련 업무, 도시계획용역 관련 교통성·환경성 검토 및 도시관리계획변경결정 등

② 실제 수행 업무(2007. 9.경 ~ 2009. 1.경) : 시장정비사업 추진 기본계획, 동부청과시장 입점상인보호대책 수립(입점상인들에게 3개월간의 영업보상비 및 150억 원의 이주대책비 배분, 우선적 분양권 부여 등), 상권활성화 계획(수입농산물 특화방안 연구, 외국시장 견학, 상가활성화에 대한 벤치마킹 등)

(6) 송산엔지니어링도 이 사건 제2용역계약의 이행을 위하여 2008. 4. 3. (주)서진엔지니어링과 사이에, 2008. 4.경 (주)엠와이이앤씨와 사이에 하도급계약을 각 체결하였는데, 위 각 하도급계약의 업무 범위와 실제 수행한 업무의 내용은 아래와 같다.

㈎ 서진엔지니어링과의 하도급계약

① 계약상 업무 범위 : 교통영향평가 보고서 작성 및 심의 통과

② 실제 수행 업무(2008. 4.경 ~ 2009. 1.경) : 교통성 검토서 작성

㈏ 엠와이이앤씨와의 하도급계약

① 계약상 업무 범위 : 시장정비사업추진계획 승인, 시장정비사업 추진계획 변경승인 등

② 실제 수행 업무(2008. 12.경 ~ 2009. 2경) : 이 사건 건물의 주용도, 용적률, 건폐율, 높이, 층수와 연면적 등 건축과 관련된 추진계획 심의 신청[사업추진계획 조서 및 사업추진계획(안), 시장정비사업 건축계획(안)의 작성 등]

(7) 2008. 3. 25. 청량리 균형발전촉진지구의 지정변경으로 이 사건 정비사업 구역 중 균형발전촉진지구로 지정되었던 서울 동대문구 용두동 9-3 외 4필지 4,856㎡가 균형발전지구에서 제척되어 이 사건 정비구역 전체가 시장정비구역으로 편입되었다.

(8) 당초 이 사건 제1, 2용역계약의 내용에는 이 사건 정비사업 구역에 대한 균형발전촉진지구 지정을 위한 내용이 포함되어 있었으나, 이 사건 정비사업 구역 내 토지 전체가 시장정비구역이 되면서 재래시장법에 의한 정비사업을 추진함에 따라 균형발전지구 편입 등 토지 용도변경과 관련된 용역수행은 제외되었다. 그리고 균형발전촉진지구로 지정되지 않아도 시장정비사업만으로 이 사건 건물을 신축하는데 필요한 용적률(880.50%) 및 주상비율(주거비율 87%)은 충족된다.

[인정근거] 갑 7 내지 26호증(각 가지번포 포함)의 각 기재, 제1심 증인 소외 2, 3의 각 증언, 변론 전체의 취지

다. 당사자의 주장 및 판단

(1) 이 사건 컨설팅 대금이 이 사건 정비사업과 직접 관련이 없는 지출인지 여부

원고는, 이 사건 정비사업의 추진을 위하여 재래시장법 제34조 제1항 에 의하여 토지면적의 3/5 이상에 해당하는 토지소유자의 동의 및 토지 등 소유자 총수의 3/5 이상의 동의가 필요하였는바, 이 사건 정비사업 구역 부지의 약 85%를 소유하고 있는 동부청과의 지분을 취득하는 것이 토지 등 소유자의 동의요건을 충족시키는 데 필수적이었고, 동부청과의 복잡한 지분구조와 임대 및 전대차 관계 등으로 인하여 동부청과 인수를 위한 이 사건 컨설팅 계약은 위 정비사업의 추진에 불가피한 것이었다고 주장한다.

그러나 이 사건 컨설팅 계약으로 인한 씨썬이엔씨의 주요 업무는 “① 기업인수 대상기업의 정보수집, 분석, 평가 및 선정을 위한 자문, ② 대상기업체 주주와의 교섭 및 투자의향서 작성을 위한 자문, ③ 원고와 인수기업 주주와의 90% 이상 주식양수도계약 체결 자문, ④ 기타 인수의 성공적 종료를 위하여 필요하다고 인정되는 각종 자문”을 내용으로 하는 것으로 인정된다(갑 3호증의 1). 따라서 이는 원고가 이 사건 정비사업을 수행하기 위한 여러 가지 방안들(예컨대 동부청과가 보유한 토지 등 부동산 자체를 양수하는 방안, 동부청과 주주들의 개별 동의를 이끌어 내는 방안, 동부청과의 주식을 인수하여 회사의 지배권을 확보하는 방안 등) 가운데, 장차의 사업수행 과정에서 원고가 주도권을 가지는 것이 가능하고 나아가 정비사업 시행 이후 발생하는 개발이익 등 수익이 원고에게 가장 많이 귀속될 수 있도록 하는 방법은 회사인수 방식으로 추진하는 것이라는 판단 아래 그 인수할 기업(동부청과)의 자산평가, 주주 교섭 등 인수를 위한 구체적 실무 추진방안에 대한 용역을 준 것에 지나지 아니한다 할 것이고, 또한 이 사건 컨설팅계약 체결 무렵에는 원고 이외에도 여러 개발시행업체가 동부청과 주주들에게 보유주식을 매도할 것을 경쟁하다시피 제안하고 있었던 사정을 감안하면 그 경쟁구도 속에서 원고가 주식 인수에 성공하기 위한 방안에 관한 자문의견을 구한 것이라고 할 수 있으므로, 이는 이 사건 시장 정비사업 자체의 추진을 위하여 직접 필요한 것이라기보다는 원고가 이 사건 정비사업 추진과정에서 지배적 지위를 확보하고 아울러 사업수익의 증대방안을 모색하기 위한 사업기반의 조성을 위하여 투입한 비용에 지나지 않는다고 할 것이다(이는 마치 동부청과 소유의 부동산을 양수하는 방식으로 사업을 추진하고자 할 경우 동부청과 주주총회에서 부동산양도의 결의가 이루어지도록 사전 조율을 하고 설득을 하는 등 양수를 성사시킬 수 있는 방법에 관한 용역에 든 비용이나 부동산중개수수료 등이 이 사건 정비사업과 직접 관련이 있는 지출이라고 보기 어려운 것과 다름이 없다고 할 것이다).

결국 피고가 이 사건 처분을 함에 있어, 이 사건 컨설팅 계약에 의한 용역비용은 이 사건 정비사업과 직접 관련이 없는 지출이라고 본 것은 정당하다고 할 것이니, 이를 잘못이라고 하는 원고의 주장은 이유 없다.

(2) 이 사건 제1·2 용역계약 대금이 토지관련 매입세액에 해당되는지 여부

원고는, 이 사건 정비사업 부지의 균형발전촉진지구 편입에 관한 용역은 결과적으로 불필요하게 되었을 뿐 아니라 이 사건 제1·2 용역계약 대금은 이 사건 정비사업의 시행을 위하여 정비사업 전문관리업체에게 지출한 업무대행 용역비이므로 토지관련 매입세액에 해당되지 않는다고 주장한다.

부가가치세법 제17조 제2항 제4호 , 부가가치세법 시행령 제60조 제6항 이 규정하고 있는 ‘토지의 조성 등을 위한 자본적 지출’이란 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 데에 소요된 비용을 말한다고 할 것인데( 대법원 2006. 7. 28. 선고 2004두13844 판결 ), 앞서 본 사실관계 및 변론에 나타난 다음의 각 사정, 즉 ① 이 사건 제1·2 용역계약에는 이 사건 정비사업 부지의 균형발전촉진지구 편입을 위한 용역제공이 포함되었으나, 청량리 균형발전촉진지구 지정 변경으로 오히려 이 사건 정비구역 중 일부 촉진지구가 제척되고 모두 시장정비구역으로 사업이 추진된 점, ② 이 사건 제1·2 용역계약에 따라 실제로 제공된 용역은 이 사건 정비사업 시행을 위한 정비사업 전문관리업체에 의한 업무대행용역이었고, 균형발전촉진지구 편입을 위한 용역은 포함되지 않은 점, ③ 이 사건 정비사업 구역은 용도구역 변경 없이도 이 사건 건물의 건축을 위한 용적률 및 주상비율을 충족할 수 있었던 점을 종합하면, 이 사건 제1·2용역계약대금은 위 규정에 정한 토지관련 매입세액에는 해당하지 않는다고 할 것이다.

한편 부가가치세법 관련 규정에서 토지관련 매입세액을 불공제하는 취지는 토지가 부가가치세법상 면세재화이어서 그 자체의 공급에 대해서는 매출세액이 발생하지 않으므로 그에 관련된 매입세액도 공제하지 않는 것이 타당하고, 일반적으로 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출은 당해 토지의 양도시 양도차익을 산정함에 있어 그 취득가액에 가산하는 방법으로 회수되기 때문이라는 데 있다. 따라서 위 부가가치세법 시행령 제60조 제6항 제3호 에서 매입세액 불공제 대상으로 정한 ‘토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액’은 토지 소유자인 사업자가 당해 토지의 조성 등을 위하여 한 자본적 지출을 의미한다고 봄이 타당하므로, 당해 토지의 소유자 아닌 사업자가 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출의 성격을 갖는 비용을 지출한 경우는 그에 해당하지 않는다고 할 것이다( 대법원 2010. 1. 14. 선고 2007두20744 판결 참조).

이 사건의 경우 원고는 이 사건 정비사업부지의 소유자가 아니므로 위에서 본 법리에 비추어 보더라도 위 용역대금을 매입세액 불공제 대상인 토지관련 매입세액이라고 볼 수는 없다.

따라서 피고가 이 사건 처분을 함에 있어 이 사건 제1·2용역계약대금을 매입세액 공제대상에서 제외한 것은 어느 모로 보나 위법이라고 할 것이다.

라. 정당한 세액의 산정

결국 이 사건 컨설팅 대금에 대한 매입세액 2억 5천만 원은 매출세액에서 공제되어서는 아니 되고, 반면 이 사건 제1·2용역계약대금에 대한 매입세액 합계 3억 원은 매출세액에서 공제되어야 할 것이다. 그에 따라 피고가 원고에게 환급하여야 할 세액은 별지 세액계산표 기재와 같이 416,659,439원이 되므로, 이 사건 처분에서 피고가 환급을 거부한 546,497,720원 중 248,408,052원을 초과하는 부분은 위법하므로 취소되어야 할 것이다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각할 것이다. 그러나 제1심 판결은 이와 결론이 일부 달라 부당하므로, 제1심 판결을 변경하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

[별지 생략]