가. 처분청은 2008.2.1. 청구법인에 대한 세무조사를 실시하여 시승,대차 등의 목적으로 사용한 소형승용자동차(이하 “시승용 차량”이라 한다)및 임직원용 차량에 대하여자가공급으로 보아 2003년 제1기～ 2007년 제2기 과세기간에 대한 부가가치세 OOO원을 경정·고지하였다.

나. 그 후 처분청은청구법인이 제기한 부가가치세 부과처분에 대한 소송결과 부가가치세과세처분을 일부 취소하라는 확정판결(OOO법원 2011누46172, 2012.6.15.)에 따라 2012.9.27. 청구법인에게 2003년제1기～ 2007년 제2기 부가가치세 OOO원을 환급·결정하고,법인소득금액계산시 손금에산입한 자가공급분 부가가치세액을 해당각 사업연도의 손금에 불산입(유보, 판매시점에서 손금산입)하여2013.1.7. 청구법인에게 2003 ～ 2006사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2013.3.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하고 그중에서도 예외규정 내지 특례규정은 더욱 엄격한 해석이 요구되는 점,확정된 결정이나 판결의 기판력이 미치는 범위는 그 쟁송대상이 되었던과세단위에 제한될 뿐이고 이를 넘어서 별개의 과세단위에 관련된 판단이 이루어졌다고 하더라도 이러한 판단에 기판력이 있다고 할 수 없으며, 따라서 그러한 판단을 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을할 수 있는 근거가 되는 「국세기본법」 제26조의2 제2항의 ‘해당 결정·판결’에 해당한다고 할 수 없어 과세처분과 과세기간을 달리하는기간에 대해 새로운 과세처분을 하는 경우, 새로운 처분에 대하여 특례제척기간이 적용되지 않는 것으로(대법원 2012두6636, 2012.10.11. 참조),

청구법인의 부가가치세 부과처분 취소판결은 처분청이 청구법인에게한 부가가치세 부과처분만을 취소하라고 주문하고 있을 뿐이므로, 부가가치세 환급에 따라 조정되는 법인세액은 해당 세목인 「부가가치세법」이 아닌 「법인세법」에 의거하여 조정되는 것으로 ‘해당 결정, 판결’에따라 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분이 아닌 전혀 새로운 처분인것으로 부과제척기간이 경과된 이 건 법인세부과처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

시승용 차량에 대한 부가가치세 과세와 법인세 세무조정은 「법인세법」에 의하여 연관되어 조정되는 것으로 당초 세무조사시 부가가치세를부과하고 이를 손금으로 인정하여 법인세를 감액경정하였으므로과세되었던 부가가치세가 법원의 판단에 의하여 취소되었을 경우법인세 세무조정을 하는 것은 새로운 처분이 아닌 부수적인 처분일 뿐이므로판결문의 언급여부에 불문하고 경정되어야 한다. 또한, 당초 불복당시증액결정처분에 대해서만 다툴 수 있고 최초 신고시보다 감액된 법인세에 대해서는 불복대상이 아니어서 다투지 않았을 뿐으로, 동금액에 대해 법인세를 경정하지 않는다면 근거없이 최초 신고·납부했던세액보다 과소하게 결정되어 오히려 환급세액이 발생는 모순이 발생하게 된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

법원의 판결에 따른 부가가치세 환급결정을 하면서 법인세 경정(자가공급분 부가가치세 손금불산입)이 부과제척기간이 도과된 새로운 처분으로 볼 수 있는지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은2007년 7월 청구법인에 대한 법인세 통합조사를 실시하여 2003년 제1기 ～ 2007년 제1기 부가가치세 과세기간에 청구법인이 수입하여매입세액공제를 받은 시승용 차량과 임직원의 업무용으로 사용한 차량을「부가가치세법」상 자가공급으로 보아 기 공제받은 매입세액을 불공제하여 부가가치세 OOO원을 경정·고지하고, 비영업용 소형승용차간주공급에 대한 부가가치세액을 법인세 과세표준 계산시 손금에산입한 후, 2008.6.20. 시승, 마케팅, 교육, 테스트 등의 목적으로 사용된차량 중 시승목적으로 사용된 차량을 제외한 나머지 차량(마케팅, 교육, 테스트)은 비영업용으로 보아 그와 관련된 부가가치세 및 법인세를 경정·결정하였다.

(2)청구법인은 이에 불복하여 심판청구를 거쳐 행정소송을 제기하여OOOO법원으로부터 2012.7.5. 청구법인의 2003년 제1기 ～ 2007년 제2기 과세기간의시승이나 전시용도로 사용하는 차량은 「부가가치세법」상 비영업용차량에 해당하지 않으므로 부가가치세 부과처분은취소되어야 하고,임직원이 업무에 사용함으로써 비영업용 소형승용차로특정되므로 「부가가치세법」상 간주공급에 해당하여 당초 처분이정당하다 하여 부가가치세를 일부 취소하라는 취지의 판결(2012.6.15 선고,OOO법원 2011누46172호)을 받았다.

(3) 처분청은 위 고등법원법원의 판결확정에 따라2012.10.4. 부가가치세를 감액경정하고, 2013.1.2. 당초 조사시 부가가치세 매입세액불공제로 과세처분을 하면서 법인소득금액 계산시 손금에 산입한부가가치세액을 다시 손금불산입 유보로 세무조정(차량판매시점에 손금산입)하고, 이 건법인세를경정·고지하였다.

(4) 「국세기본법」 제26조의2 제2항에 이의신청, 심사청구, 심판청구, 「감사원법」에 따른 심사청구 또는 「행정소송법」에 따른 소송에 대한 결정 또는 판결이 있는 경우 결정 또는 판결이 확정된 날로부터 1년이 지나기 전까지 해당 결정·판결에 따라 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다고 규정하고 있다.

(5)관계법령과 사실관계를 종합하여 살피건대, 이 건 법인세 부과처분의 근거가된 청구법인의 시승용 차량에 대한 부가가치세 과세와 법인세 세무조정은 동일사안에 대한 연결된 처분으로서 당초 잘못된 부과처분의 내용을 바로 잡은 것에 불과하다 할 것인 바(조심 2010서778, 2010.1.31. 참조), 당초 세무조사시 부가가치세를 부과하면서 그 세액상당액을 해당사업연도의 손금으로 인정하여 법인세를 감액경정하였으므로 이 건과 같이 부가가치세 과세처분을 법원의 판결에 의하여 취소결정하면서 그와 관련된 법인세 세무조정을 하여 법인세를 결정하는 것은 새로운 처분이 아닌 부수적인 처분에 해당할 뿐이어서, 국세부과제척기간이 경과된 새로운 처분이라는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.