가. 청구법인은 2003.6.9. 설립되어 2007.4.30. 폐업할 때까지 OOOOO OO OOO OOO에서 부동산컨설팅업을 영위한 법인으로 2007년 제1기 부가가치세 과세기간 중 주식회사 OOR&D(이하 “OOR&D”라 한다)로부터 공급가액 90억 1,160만원 상당의 매입세금계산서 3매(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고하고, 이를 손금에 산입하여 2007사업연도 법인세를 신고하였다.

나. OO세무서장(이하 “조사관서”라 한다)은 OOR&D에 대한 세무조사를 실시한 결과 OOR&D가 실물거래 없이 쟁점세금계산서를 청구법인에게 교부한 자료상으로 보아 처분청에 관련 자료를 통보하자, 처분청은 청구법인에 대한 자료상자료 수취혐의자 조사를 실시하여 2009.2.4. 청구법인에게 2007년 제1기 부가가치세1,519,085,410원 및 2007사업연도 법인세 3,042,142,650원을 경정·고지한 후, 청구법인의 전 대표이사 김OO에게 66억 1,276만원, 현 대표이사 김OO에게 33억원의 소득금액변동통지를 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.4.13. 이의신청을 거쳐2009.7.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인으로부터 OOOOO OOO OOOO OOOO 외 4필지 대지 5,000㎡ 및 상가 연면적 5,520.26㎡ OOOOO시장 내 119개 OO상가(이하 “OO상가”라 한다)의 분양대행용역을 의뢰받은 OOR&D가 동 OO상가를 분양 완료함에 따라 이에 대한 용역수수료를 OOR&D의 예금통장으로 지급하고 쟁점세금계산서를 수취한 실물거래로 청구법인의 수수료 지급액 중 청구법인이나 관련된 사람이 돌려받은 금액이 없고, 당시 김OO은 통원치료 중에 분양계약 대부분을 2007년 1월에 이행하였으며, 조사관서와 처분청의 고발에 따라 청구법인, 김OO 및 김OO에 대하여 검찰이 수사한 결과 ‘혐의없음’으로 불기소되거나 각하된 것으로 이 건 과세처분은 거래내용에 대한 조사나 사실관계 확인 없이 조사관서의 자료상조사 통보자료만을 근거로 하여 자의적 판단에 의한 것이므로 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

OOR&D는 사실상 대표이사 김OO의 1인 회사로 김OO은2006.12.26.대표이사 취임 후 위암으로 장기간 입원치료를 받다가 2007.3.15. 사망한것으로 청구법인이 OOR&D와2006년 10월경 구두로 분양대행계약을 체결하였다는 것은 경험칙상 신빙성이 없고,OO상가분양대행계약을 체결한2006.12.27. 이전에 청구법인이 직접 일부 OO상가취득자들과 양해각서를 작성한 사실이 확인되고, 청구법인의 대표이사 및 특수관계자들이 직접 취득한 상가에 대해서도 분양 대행한 것처럼 수수료를 지급한 것으로 처리하였으나, 이에 대한 사업소득세를 원천징수하거나 지급명세서를 제출한 사실이 없으며, OOR&D의 사업장 임대차계약도 청구법인의 이사인 김OO이 체결하였고, 청구법인의 전 대표이사 김OO가 김OO이 사망한 후인 2007.3.30. 청구법인이 OOR&D에 준 분양대행수수료 중 5억원을 출금하여 개인적 용도로 사용한 것은 OOR&D의 실질대표자가 김OO이 아닌 김OO임을 반증하는 것이며, 검찰의 조세범 혐의사건에 대한 기소여부는 범죄의 구성요건 충족여부 등에 관한 판단으로 검찰의 무혐의 처리가되었다 하여 그것이 바로 과세처분의 부당함을 의미한다고 볼 수 없다. 따라서 OOR&D가 실제 분양대행용역을 수행한 것으로 하여 수취한 쟁점세금계산서는 가공세금계산서가 분명하므로 이를 전제로 한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 실물거래 없이 쟁점세금계산서를 OOR&D로부터 수취하였다고 보아 부가가치세 매입세액불공제, 법인세 손금불산입 및 대표자 상여 처분하여 한 과세처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법 제16조【세금계산서】① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. (각 호 생략)

제17조【납부세액】② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(2) 법인세법 제19조【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의환급·잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적이고 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

제67조【소득처분】제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

(3) 법인세법 시행령 제106조【소득처분】① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주 등이 아닌 주주 등인 임원 및 그와 제43조 제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식 등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고，대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

다. 사실관계 및 판단

(1)청구법인 및OOOOOOOOOOOO OOOOOOO O OOOOOOO(OOO)O OO OOO O OO OOOOO OO OOOOOOOOOOO OOO

OO

OOOOOOOOOO OOOO, OOOOOOOOO OOO O OOOO OO

(2)OOOOOOOOOOOO OOOOOO OOO OOOOOOO OOO OOOO OOOOO OOOO OO OOOOOOOOOOO OOO

OO

OOOOOOOOOOOOOOOOO OO O OOOO OOOOO OOO

(3) 조사관서의 OOR&D에 대한 자료상조사 종결보고서를 보면, 다음과 같이 기재되어 있다.

(가) OOR&D는 분양대행업체로 청구법인에게 쟁점세금계산서를 발행하고, 부가가치세 2007년 제1기 예정신고 후 고액의 세금을 무납부한 후 2007.4.30. 폐업하였으며, 거래내용 분석한바, 청구법인과의 분양대행수수료 수입 90억 1,160만원은 시행사인 청구법인의 분양대금 276억원의 30%에 해당하며, 대표자 김OO 사망 후 분양대행수수료가 입금되는 등 가공거래혐의가 있어 조사에 착수하였다고 기재되어 있다.

(나) 청구법인과 OOR&D가 2006.12.27. 체결한 ‘분양약정서’를 보면, OO상가분양에 관한 제반 사항을 OOR&D에 위임하되, 분양수수료는 총 매출액의 30%를 지급하고, 90% 분양시 계약을 종결하는 것으로 기재되어 있다.

(다) OOR&D의 사업장인 OOO OOO OOO OOOOO OOOOOOOOOOOO OO OOO호의 소유자에게 임대차상황을 문의한바, 소유자는 청구법인의 이사인 김OO과 임대차기간을 2007.1.4.부터 2007.4.5.까지로 하여 **공인중개사에서 임대차계약을 체결하였으며, 보증금 수령 및 반환도 김OO에게 하였고, 임차인 명의만 OOR&D로 하였다고 기재되어 있다.

(라) OOR&D의 주주는 아래 <표3>와 같이 김OO, 서OO 및 김OO으로 이중 서OO는 자신이 다니는 **교회 목사 사모의 동생인 김OO(청구법인 이사)이 자신이 운영하는 회사에 형식상 종업원으로 등재한다며 부탁하여 인감을 빌려주었을 뿐 OOR&D와 김OO에 대하여 전혀 알지 못한다고 확인하고 있고, 김OO은 사업이력과 소득이 전혀 없는 사람으로 OOR&D의 주식을 취득할 만한 자력이 없는 사람이며, 김OO 또한 2006.12.26.대표이사 취임 후 위암으로 장기간 OO대병원에 입원치료를 받다가 2007.3.15. 사망한것으로,OOOOOOOOOOOO OOO OOO O OO OOO OOO OOO OOO OOOO OOO

OO

OOOOOOOOOO OOOOOOOOO OO O OOO OO

(OO O O, O)

(마) OO상가 수분양자들의 분양관련 서류를 확인한바, 분양대금은 청구법인의 계좌에 입금한다는 계약내용과는 달리 분양대금 중 28억 8,000만원이 청구법인의 직원인 이OO의 계좌에 입금되었고, 이OO 계좌에서 청구법인의 계좌로, 청구법인의 계좌에서 김OO의 계좌로, 김OO의 계좌에서 김OO가 대표이사로 있는 주식회사 OOOOO(2007.1.1. 설립, 부동산 임대관리업)계좌로, 주식회사 OOOOO의 계좌에서 청구법인 계좌로, 청구법인계좌에서OOOOOOOOOOOO OOOO O OOOOO OOOOO OO OO OOOOO, OOO OOOOO OOOO OOOOOO OOOO OOO

(O) OOOO OOOOO OOOOOOOOOO OOO OOOOOOOO OOOO OOOOOOOOOO OOOOOOOO이 사망한 후인 2007.3.20.에 인출하여 개인적으로 투자하고 있는 회사인 OOOO 주식회사의 유상증자대금으로 사용하였음이 수표이서내역에 의해 확인되었다고 기재되어 있다.

(사) 청구법인은 OOR&D에게 광고비용 등으로 7억 3,546만원을 지급하였다고 하나, OO상가 주변의 부동산중개업소에 확인한바, OOR&D가 인근 부동산중개업소 등에게 상가분양을 홍보하거나 안내를 부탁한 사실이 없고, 분양전단지 배포나 신문광고도 하지 않는 등 지출된 경비가 없었다고 기재되어 있다.

(아) OO상가 중 일부상가에 대하여 분양대행계약일(2006.12.27.) 이전에 청구법인이 계약금을 지급받고 부동산매매관련 양해각서를작성하는 등 분양이 이루어진 것에 대하여 김OO는 김OO과2006년 10월경 구두로 분양대행계약을 체결하였다고 하나, 분양대행계약수수료가90억원에이르는 계약을 구두로 체결하였다는 것은 경험칙상 믿을수없다는 것으로 OOR&D는 서류상의 법인일 뿐, 청구법인과 김OO이관련 제세를 탈루할 목적으로 공모하여 실지 분양대행을 하지 않았음에도 실지거래가 있었던 것처럼 가장하여 쟁점세금계산서를 발행하는 등 범칙행위를 하였으므로 이들을 고발조치한다고 기재되어 있다.

(4) 청구법인은 2003.12.27. OOOO공사가 일괄매각방식으로 매각한 OO상가를 경쟁입찰을 통하여 124억 6,010만원에 낙찰 받았으며, 동 상가를 재건축하여 분양하고자 하였으나, OOOO시 시장정비사업시행구역선정심의위원회가 2006.7.13. 시장정비사업을 보류하는 결정을 통보해오고, 동 보류결정으로 OOOO공사에 지급할 중도금 등의 자금조달의 어려움을 겪게 되자 OO상가를 119개로 나누어 분양하기로 결정한 것으로 OOOO공사로부터 낙찰대금의 납부독촉(2004.9.14. 2004.10.25. 2005.2.16. 2005.3.4. 2005.6.14. 2006.9.5. 2006.9.22. 206.10.17. 2006.10.25. 2006.12.11. 토지대금납부독촉 및 계약해제 최고)을 받고 있던 중 김OO와 지인관계인 OOR&D 대표자 김OO이 일부 자금을 먼저 지급하는 조건으로 분양금액의 30%의 수수료에 OO상가의 분양대행권을 요구하였고, 청구법인은 해약위기의 상황이 긴박하여 분양대행용역을 OOR&D에 주어 상가분양을 성공적으로 수행함에 따라 이에 대한 대행수수료를지급하고 쟁점세금계산서를 수취하였다고 주장하였다.

(5) 청구법인은 OOR&D가 여러 분양알선업자들과 OO상가의 1/119분양 당 500만원을 지급하기로 하는 분양알선 계약을 하였으며, 개인알선업자인 이OO 등이 분양을 알선하여 이들에게 알선수수료를 지급하였다는 증빙으로 아래 <표4>의 분양알선수수료계약서, 영수증, 정산서 및 이를 수취하였다는 확인서, 일부 알선업자들이 알선수입금액에 대하여 신고한 종합소득세 신고서, 차용금증서 및 OO지방검찰청 사건처분결과 증명서(OOR&D, 청구법인, 김OO, 김OO)를 제출하였다.

OOOOOOOOOOOOOOOOOOOO O(O O OOOOOOOOO, O O OOOOO)OO

O OOOOO OOOOOOOOOO OOOOOOOOOOOO OOOOOO OOOO

(6) 청구법인이 제시한 사건처분결과증명서(2009.1.5. OOOO지방검찰청 검사장 발행)를 보면, 피의자 김OO에 대한 「조세범처벌법」위반에 대하여 증거불충분을 원인으로 하여 ‘혐의없음’으로 기재되어 있다.

(7) 한편 처분청이 제시한 체납유무 조회(TIS)를 보면, OOR&D는 완전자료상으로 2008.6.27. 부가가치세를 경정하여 체납세액이 없고, 청구법인은 이 건 부가가치세 및 법인세 등 33억7,827만원이 체납되어 결손처리된 것으로 나타난다.

(8) 위 사실관계를 종합하여 보면, 청구법인의 거래처인 OOR&D의 사업장 임대차 계약과정에서 임대차기간이 2007.1.4.부터 2007.4.5.까지로 3개월에 불과한 것으로 동 사업장의 소유자는 OOR&D가 아닌 청구법인의 이사인 김OO과 **공인중개사 사무실에서 임대차계약을 체결한 것으로 보증금 수령 및 반환도 김OO에게 하였고, 임차인 명의만 OOR&D로 하였다고 진술하는 점, OOR&D의 주주 중 서OO와 김OO은 돈을 받고 명의만 빌려 주었다고 진술하거나 주식대금을 납입할 능력이 없는 자로 조사된 점, 대표자 김OO은2006.12.26.대표이사 취임 후 대부분의 기간을 위암으로 입원하여 치료를 받다가2007.3.15. 사망한 점, 청구법인의 자금상황이 긴박하더라도2006.12.27. 청구법인과 OOR&D는 분양약정서를 작성시 분양가액의 30% 상당액을 분양수수료를 받기로 약정한 것은 통상 분양수수료에 비하여 매우 이례적인 점, OOR&D가 김OO 외 8인과의 분양알선수수료 계약이 청구법인과 OOR&D가 약정한2006.12.27. 이전에 이미 분양알선이 이루어졌고, 동 알선수수료도 상가 1호당 500만원, 1,000만원, 분양가의 12% 및 15% 등으로 일관성이 없는 점, 청구법인의 전 대표이사 김OO, 이사 김OO, 직원 이OO가 알선인으로 나타나고 분양알선자 중 윤OO·김OO·국OO·이OO 및 황OO의 경우 자신들이 OO상가 수분양자임에도 분양알선수수료를 받은 것으로 나타나는 것으로 일반 상거래에 비해 이례적인 점, 사실상 1인 사업자인OOOOOOOOOOOOOOO OOOO OO OO OOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOO,OOOO OOOOO OOOOOOOOOO OOO OOOOOOOO OOOO OOOOOOOOOO OOOOOOOO이 사망한 후인 2007.3.20.에 인출하여 개인적으로 투자하고 있는 회사인 OOOO 주식회사의 유상증자대금으로 사용한 사실이 수표이서내역에 의해 확인된 점, 검찰의 조세범 혐의사건에 대한 기소여부는 범죄의 구성요건 충족여부 등에 관한 판단으로 검찰의 무혐의 처리가 있었다하여 그것이 바로 과세처분의 부당함을 의미한다고 볼 수 없는 점등에 비추어 처분청이 청구법인이 실물거래 없이 쟁점세금계산서를 수취하였다고 보아 부가가치세 매입세액불공제, 법인세 손금불산입 및 대표자 상여 처분하여 한 과세처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.