가. 청구법인은 2003.6.9. OOO에 주상복합 건축물 18,500.33㎡(OOO, 이하 “이 건 건축물”이라 한다)를 신축 취득한 후 그 취득가액을 14,326,850,170원(도급공사비 13,991,000,000원, 설계·감리비 등 335,850,170원)으로 하여 산출한 취득세 등 합계 452,728,460원을 2003.6.13. 신고납부하였다.

나. 그 후 처분청은 2008년 5월 서울특별시장의 세무조사결과 청구법인이 당초 취득신고 당시 이 건 건축물 취득과 관련된 비용 일부(하수도원인자부담금 131,870,560원)를 누락하였음을 확인하고 그 누락된 가액을 과세표준으로 하고 「지방세법」 제112조 제1항 및 제131조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 3,164,890원, 농어촌특별세 290,110원, 등록세 1,265,950원, 지방교육세 232,080원, 합계 4,953,030원(가산세 포함)을 2008.6.12. 청구법인에게 부과고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2008.6.18. 서울특별시장에게 이의신청을 거쳐 2008.12.31. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

이 건 건축물을 신축하는 과정에서 시공사인 OOO와 당초 공사비를 13,166,000,000원으로 하는 내용의 공사도급계약을 체결하였다가 건축마감자재 및 건축설계비, 감리비, 소방감리비, 설비, 전기사양등의 상향조정으로 인한 비용증가를 이유로 공사비를 13,991,000,000원으로 증액하는 내용의 공사도급계약 변경계약을 체결하였고,

이후 공사를 진행하여 2003.6.9. 이 건 건축물에 대한 사용승인을 받고 2003.6.13. 처분청에 취득신고를 하면서 위 공사비에 설계비와 감리비 등이 포함되어 있는 줄 모르고 도급공사비에 설계비와 감리비를 합한 금액인 14,326,850,170원을 취득비용으로 하여 취득세 등을 신고납부하였다가, 2008.6.12. 처분청이 이 건 건축물 당초 취득비용에서 하수도원인자부담금이 누락되었다고 하면서 이 건 취득세 등을 부과고지함에 따라 당초 신고한 이 건 건축물의 취득비용 내역을 확인한 결과 설계비(224,000,000원)와 감리비(39,000,000원)가 이중으로 신고되었음을 확인하였는바,

당초 취득신고 당시 누락된 하수도원인자부담금을 과세표준으로 한 이 건 취득세 등의 부과처분은 적법한 것으로 인정한다 하더라도 당초 취득신고 당시 도급공사비에 포함되어 있음을 모르고 이중으로 신고한 설계비 및 감리비에 해당하는 취득세 등은 환부되어야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인은 2003.6.13. 이 건 건축물 취득신고 당시 공사도급금액에 전력공사비, 급수공사비, 시설분담금, 설계비, 감리비, 소방감리비 등을 합한 14,326,850,170원을 과세표준으로 취득세 등을 신고납부 하였는바, OOO와의 도급계약시 설계비 등이 포함된 일괄도급으로 공사계약을 체결하였다는 청구법인의 주장은 당초 OOO와 체결한 건축물설계 및 상주 감리용역계약, OOO과 체결한 소방공사 감리도급계약 등을 해지한 관련자료가 없어 설계비 등이 과세표준에 이중으로 계산되었는지 여부를 확인할 수 없고,

청구법인이 심판청구를 제기하면서 증빙자료로 제출한 공사도급계약 변경합의서와 당초 처분청에 이 건 건축물 취득신고 당시 제출한 공사도급계약 변경합의서상 계약금액 변경사유가 상이하고, 합의서 하단의 결재난이 없는 것으로 볼 때, OOO와 OOO가 작성한 설계계약서 등은 당초 청구법인이 제출한 공사도급계약서상 금액에 설계비와 감리비가 포함되어 있다고 인정할 수 있는증거자료가 될 수 없으므로, 당초 취득신고 당시 신고한 취득가액에 설계비등이 이중으로 계산되었다는 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

이 건 건축물 신축 취득에 따른 당초 신고가액에 설계비와 감리비 등이 이중으로 계산되었는지 여부

나. 관련 법령

(1) 지방세법

제111조【과세표준】① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. 다만, 연부로 취득하는 경우에는 연부금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 취득당시의 가액은 취득자가 신고한 가액에 의한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 다음 각 호에 정하는 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다.

1.·2. (생 략)

⑤ 다음에 게기하는 취득(증여·기부 기타 무상취득 및 「소득세법」제101조 제1항 또는 「법인세법」 제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득을 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액에 의한다.

3. 판결문·법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득

제130조【과세표준】① 부동산·선박·항공기·자동차 및 건설기계에 관한 등록세의 과세표준은 등기·등록당시의 가액으로 한다.

③ 제111조 제5항의 규정에 해당하는 경우에는 제2항의 규정에 불구하고 동조동항의 규정에 의한 사실상의 취득가액을 과세표준으로 한다. 다만, 등기·등록 당시에 자산재평가 또는 감가상각 등의 사유로 그 가액이 달라진 경우에는 변경된 가액을 과세표준으로 한다.

제25조의2【부과취소 및 변경】지방자치단체의 장은 지방세의 부과징수가 위법 또는 부당한 것임을 확인한 때에는 즉시 그 처분을 취소하거나 변경하여야 한다.

제82조【국세기본법 등의 준용】지방세의 부과와 징수에 관하여 이 법 및 다른 법령에서 규정한 것을 제외하고는 「국세기본법」과 「국세징수법」을 준용한다.

(2) 지방세법 시행령

제82조의2【취득가격의 입증 등】① 법 제111조 제5항 제3호에서 “판결문·법인장부 중 대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각 호에 정하는 것을 말한다.

2. 법인장부 : 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표, 결산서

제82조의3【취득가격의 범위】① 취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상 물건의 취득시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용[소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금에 충당한 금액의 이자 등 취득에 소요된 직접·간접비용(부가가치세를 제외한다)을 포함하되, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우에는 연체료 및 할부이자를 제외한다]을 말한다. 다만, 매매계약서상의 약정금액을 일시급등의 조건으로 할인한 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.

(3) 국세기본법

제22조의2【경정 등의 효력】① 세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리·의무관계에 영향을 미치지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 2003.6.9. 청구법인은 처분청으로부터 이 건 건축물에 대한 사용승인을 받은 후 2003.6.13. 그 취득가액을 14,326,850,170원(도급공사비 13,991,000,000원, 설계비·감리비·전력공사비 등 335,850,170원)으로 하여 산출한 취득세 등 452,728,460원을 신고납부하였으나, 하수도원인자부담금은 이 건 건축물 취득비용에서 제외하였고,

한편, 처분청은 세무조사결과 청구법인이 당초 취득신고 당시 이 건 건축물 취득과 관련된 비용인 하수도원인자부담금을 취득가액에서 누락하였음을 확인하고 2008.6.12. 이 건 취득세 등을 부과고지하였다.

(2) 처분청이 제출한 자료에 의하면, 2001.12.10.에 청구법인은 OOO와 이 건 건축물에 대한 설계 및 상주 감리용역계약을 체결하였는데, 설계비와 감리비는 각각 224,000,000원(부가가치세 별도)과 30,000,000원(부가가치세 별도)으로 되어 있고, 2002년 2월에OOO와 도급계약을 체결하였는데, 공사기간은 2002.1.31.부터 2003.3.30.까지, 계약금액은 14,482,600,000원(부가가치세 1,316,600,000원 포함)으로 되어 있으며, 2002년 6월에 OOO과 계약금액을 9,000,000원(부가가치세 별도)으로 하는 소방공사감리 도급계약을 체결하였고, 2003.3.26.에 OOO와 도급계약 변경합의서를 작성하였는데, 그 변경합의서에는 계약금액이 당초 14,482,600,000원(부가가치세 1,316,600,000원 포함)에서 15,390,100,000원[재료비(직접재료비, 작업부산물) 9,477,949,876원, 노무비(직접·간접) 2,956,842,576원, 경비(경비, 산재·고용보험료, 안전관리비) 750,745,704원, 일반관리비 395,566,145원, 이윤 805,461,843원, 부가가치세 1,399,100,000원]으로, 공사기간은 2002.2.9.부터 2003.5.31.까지로, 공사비 증가사유로는 “건축물 연면적 변경(당초 5,602.55평 → 변경 5,596.35평), 건축 마감자재 및 설비, 전기사양의 상향조절”로 기재되어 있다.

(3) 한편, 청구법인이 제출한 자료에 의하면, 2001.2.22.에 OOO가 OOO와 계약금액을 30,000,000원(부가가치세 별도)으로 하는 내용의 이 건 건축물 신축공사 상주 감리용역계약을, 2002.2.22.에 OOO가 OOO와 계약금액을 224,000,000원(부가가치세 별도)으로 하는 내용의 이 건 건축물 설계계약을 각각 체결하였고, 2003.3.26.에 청구법인과 OOO는 도급계약 변경합의서를 작성하였는데, 그 계약금액 변경사유에 “연면적의 변경(당초 5,602.55평 → 변경 5,596.35평), 건축 마감자재 및 건축설계비, 설계감리비, 소방감리비, 전기사양의 상향조절”로 되어 있어 처분청이 제출한 합의서와는 다르게 기재되어 있으며,2003.8.27.에 OOO는 OOO와 그 계약금액을당초 33,000,000원(부가가치세 포함)에서 41,250,000원(부가가치세 포함)으로 변경하는 내용의 상주 감리용역계약 변경 합의서를 작성하였다.

(4) 청구법인의 OOO 외주비계정 및 OOO의 OOO 공사미수금계정을 보면, OOO의 OOO 공사미수금계정의 대변잔액은 13,991,000,000원으로, 청구법인의 OOO 외주비계정의 차변잔액은 13,946,200,000원으로 기재되어 있는데, 당초 OOO와 이 건 건축물 설계계약을 체결하면서 합의한 계약금액 44,800,000원을 합하면 취득신고가액(공사도급금액) 13,991,000,000원과 일치한다.

(5) 청구법인의 자금을 관리하고 있는 OOO이 OOO에 지급한 금액은 15,390,100,000원임이 입금전표와 입금영수증에서 확인되고 있는데, 여기에서 부가가치세를 제외하면 신고가액(공사도급금액) 13,991,000,000원과 일치한다.

(6) OOO의 거래처별 계정원장을 보면, OOO가 OOO에 지급한 설계비 및 감리비 명목으로 지급한 금액은 261,500,000원(설계비 224,000,000원, 감리비 37,500,000원)인데, OOO가 발행한 세금계산서와 일치한다.

(7) 경정처분을 이유로 불복청구를 하면서 당해 경정처분이 있기 전의 확정행위(신고 또는 결정)의 흠결을 다툴 수 있는지를 보면, 신고나 결정에 의한 당초의 확정행위와 증액경정행위 모두 추상적으로 성립한 조세채무를 구체적으로 확정하는 일련의 행위로서 외형적으로는 각기 별도의 독립된 행위로 나타나지만 실제 있어서는 서로 밀접한 관계를 맺고 있다 할 것이며, 처분청의 증액경정은 당초의 확정된 세액을 포함하여 당해 조세채무 전체에 대한 최종적이고도 통일적인 인식 내지 확인이라는 전제하에 세액을 확정시키는 처분이라는 점과 증액경정이 유효하게 이루어지면 신고나 결정에 의한 당초의 확정행위 중 경정과 모순된 내용을 가진 부분은 존속할 수 없다고 하는 점에 비추어 보면 증액경정을 하는 경우에는 신고나 결정에 의하여 확정된 당초의 확정내용의 하자를 바로 잡도록 함이 법적안정성을 해치지 아니하면서 합법성을 유지하는 길이라 하겠다.

다만, 「국세기본법」 제22조의2 제1항에서 “당초 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리·의무관계에 영향을 미치지 아니한다.”라고 하여 경정의 효력이 미치는 범위를 세액을 기준으로 하여 증액경정이 있는 경우에도 당초에 확정된 세액에 그 효력이 미치지 못하도록 국한하고 있으므로, 불복청구를 함에 있어서도 당초의 확정된 세액을 초과하는 범위의 세액만이 다툼의 대상이 된다고 하여야 함이 세액을 기준으로 경정의 효력을 정한 위 규정에 비추어 보아 그 타당성이 인정된다 할 것이다OOO.

한편, 취득세의 과세표준은 일반적으로 신고가액과 시가표준액을 비교하여 높은 가액을 적용하는 것이나, 법인장부에 의하여 취득가격이 입증되는 경우에는 그 장부상 가액을 사실상의 취득가액으로 보아 이에 의하도록 하고 있는데, 이와 같이 법인의 경우에 개인과는 달리 장부상 가액에 의하도록 「지방세법」에 규정한 것은 법인은 객관화된 조직체로서 일반적으로 거래가액을 조작할 염려가 없어 그 장부상 가액의 신빙성이 인정된다는 이유에서 원칙적으로 실제의 취득가격에 부합하는 것으로 보고 있는바OOO,

청구법인이 OOO에 지급한 공사비 총액은 13,991,000,000원(부가가치세 제외)인 사실이 청구법인과 OOO 및 OOO의 법인장부와 세금계산서 등에서 확인되고 있는 점, 이 건 건축물 설계·감리비는 OOO가 OOO에 지급한 것으로 나타나고 있을 뿐 청구법인이 OOO와 OOO에게 별도로 이를 지급하였다는 사실이 나타나고 있지 아니한 점 등을 종합하여 볼 때, 청구법인과 OOO 체결한 공사도급계약 변경합의서상 계약금액에 설계비와 감리비가 포함되어 있다고 보아야 할 것이다.

따라서 청구법인이 당초 이 건 건축물에 대한 취득세 등을 신고하면서 도급계약서상 금액에 설계비와 감리비를 포함한 금액으로 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등으로 신고납부한 것은 잘못이 있다 할 것이나, 이 건 경정된 세액을 한도로 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 「지방세법」 제77조 제5항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.