가. 처분청은 2003.8.20.부터 서비스 자동차정비, 자동차검사업 등을 영위하고 있는 청구법인에 대하여 세무조사를 실시하여 청구법인이 임차하여 사용하고 있는 건물 중 3층을 OOO에게 보증금 1억원, 월세 7,500,000원(2004.8.1.～2005.4.30.), 월세 7,000,000원(2005.5.1.～2007.12.31.)에 전대하여 306,798천원(2004년 제2기분 39,155천원, 2005년 제1기분 45,963천원, 2005년 제2기분 43,996천원, 2006년 제1기분 44,291천원, 2006년 제2기분 44,328천원, 2007년 제1기분 44,291천원, 2007년 제2기분 44,772천원, 이하 “쟁점금액”이라 한다)을 수입금액 누락한 것으로 보아 2008.9.18. 청구법인에게 부가가치세 37,063,460원(2004년 제2기분 5,323,000원, 2005년 제1기분 6,021,660원, 2005년 제2기분 5,543,130원, 2006년 제1기분 5,361,620원, 2006년 제2기분 5,143,770원, 2007년 제1기분 4,920,730원, 2007년 제2기분 4,749,550원), 법인세 58,853,610원(2004.1.1.～12.31.사업연도분 8,414,310원, 2005.1.1.～12.31.사업연도분 19,010,230원, 2006.1.1.～12.31.사업연도분 16,197,340원, 2007.1.1.～12.31.사업연도분 15,231,730원)을 경정·고지하고 쟁점금액을 대표자에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다.

나. 청구법인은 이에 불복하여 2008.11.13. 이의신청을 거쳐 2009.2.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 자동차검사와 정비 및 판금업을 영위하는 업체로 3개부서OOOOO(OOO), OOOO(OOO), OOOO(OOO)O가 합하여 1개의 법인으로 되어 있으나, 각각 독립적인 지위와 권한을 갖고 영업을 하고 있으며, 청구법인의 사업장 월 임차료는 1,500만원이고 3개부서가 각각 독립채산제로 운영하다 보니 각 부서별로 임차료를 분담하는데 검사부서가 부담하여야 할 임차료를 판금부서에 전가시킨 내부거래를 임대수입금액누락으로 볼 수 없으며, OOO은 청구법인의 소속으로 판금부의 사업을 한 것으로 쟁점사업장 임차료를 공동부담한 것이다.

(2) 청구법인은 검사부서(OO OOO), 정비부서(OO OOO), 판금부서(OO OOO) 이상 3개 부서로 구성된 1개의 법인으로 2004년 제2기부터 2008년까지 부가가치세 신고는 물론 법인세, 갑근세 원천징수 등 모든 제세신고를 법인으로 하여 왔으며 처분청도 계속하여 이를 수리하여 왔으므로 이 건 처분은 「국세기본법」제18조의 세법해석의 기준, 소급과세의 금지 및 동법 제19조의 세무공무원의 재량의 한계의 규정을 위배한 처분이다.

(3) 이 건의 경우 OOO으로부터 받은 임대 수입전액은 그대로 건물 주인(임대주)에게 지급되어 대표이사 OOO 개인이 사용한 사실이 없으므로 이 건 상여처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) OOO은 청구법인의 사업장 일부를 임차하여 본인의 사업을 위하여 사용하였다고 진술하고 있고, OOO이 계약에 따른 매월분 임차료를 법인계좌와 OOO의 개인계좌에 입금하였던 사실이 확인된다.

(2) 청구법인의 대표이사 OOO과 OOO이 2004.7.14. 작성한 사용계약서에 의하면 월세를 청구법인 대표자에게 입금시킨다는 내용과 OOO과 OOO가 법인을 대표하여 승낙인으로 하고 OOO이 사용인 자격으로 하여 각각 서명날인하고 있는 점 등을 볼 때 사용계약서는 사업장을 전대하기 위한 약정서로 보이므로 사업장 전대로 인한 수입금액을 누락한 것으로 보아 과세한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

(1) 쟁점금액이 청구법인의 임대수입금액인지 여부

(2) 이 건 처분이 세법해석의 기준, 소급과세의 금지 및 세무공무원의 재량의 한계 규정을 위배한 처분인지 여부

(3) 임대수입전액이 그대로 건물 주인(임대주)에게 지급되어 대표이사 개인이 사용한 사실이 없으므로 이 건 상여처분을 취소하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

(1) 국세기본법(2003.12.30. 법률 제7008호로 개정된 것)

제14조 【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.

제18조 【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】

① 세법의 해석ㆍ적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래에 대하여는 그 성립후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.

④ (삭제, 1993. 12. 31.)

⑤ 세법 이외의 법률 중 국세의 부과ㆍ징수ㆍ감면 또는 그 절차에 관하여 규정하고 있는 조항은 제1항 내지 제3항의 규정의 적용에 있어서 이를 세법으로 본다.

제19조 【세무공무원의 재량의 한계】

세무공무원이 그 재량에 의하여 직무를 수행함에 있어서는 과세의 형평과 당해 세법의 목적에 비추어 일반적으로 적당하다고 인정되는 한계를 엄수하여야 한다.

(2) 부가가치세법 (2003.12.30. 법률 제7007호로 개정된 것)

제21조 【결정 및 경정】

① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

1. 확정신고를 하지 아니한 때

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

4. 제1호 내지 제3호 이외에 대통령령이 정하는 사유로 인하여 부가가치세를 포탈할 우려가 있는 때

(3) 법인세법 (2003.12.30. 법률 제7005호로 개정된 것)

제66조 【결정 및 경정】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

2. 제120조 또는 제120조의2의 규정에 의한 지급조서, 제121조의 규정에 의한 매출ㆍ매입처별계산서합계표 또는 매출ㆍ매입처별세금계산서합계표의 전부 또는 일부를 제출하지 아니한 때

제67조 【소득처분】

제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

(4) 법인세법 시행령 (2003.12.30. 대통령령 제18174호로 개정된 것)

제106조 【소득처분】

① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주가 아닌 주주 등인 임원 및 그와 동조 제4항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식 등을 합하여 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고， 조세특례제한법 제46조 제12항의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 주주 등인 임원 중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

가. 귀속자가 주주 등(임원 또는 사용인인 주주 등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 법 제94조의 규정에 의한 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 소득세법 제135조의 규정에 의한 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다.

라. 귀속자가 가목 내지 다목외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득

2. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유보로 할 것

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점(1)에 대하여 본다.

(가) 청구법인의 등기부등본에 의하면 회사설립일은 2003.8.20.이고, 발행주식 총수 10,000주, 자본총액은 50,000,000원으로 나타나고 있으며 임원에 관한 사항은 아래와 같다.

(나) 청구법인과 OOO간에 2003.7.16. 계약체결된 부동산임대차계약서에서 부동산의 표시 중 토지는 OOOOO OOO OOOO OOOOOOO 준공업지역 1,057.2㎡로, 건물은 창고 및 사무실 3층, 임대할 부분은 1층 창고 330㎡, 지층사무실 48.13㎡, 1층 52.89㎡로 기재되어 있고, 계약내용에는 보증금(2억원), 계약금(2천만원은 계약시에 지불하고 영수), 중도금(1억원은 2003.7.21.에 지불), 잔금(8천만원은 2003.8.5.까지 지불), 차임(1,500만원은 매월 말일에 지불)내용을 기재하고 있다.

(다) 이 건 사용계약서(2004.7.14.)에 의하면 청구법인 공동대표 OOO·OOO(승락인)와 OOO(사용인)이 OOOOO OOO OOOO OOOOOO상의 경량 철골조구조물 4층(자동차관련시설, 지층부터 계산하여 4층으로 기재한 것으로 보임) 662.29㎡ 및 알파(옥탑층 서편)를 보증금 1억원(계약금 2천만원, 잔금 8천만원)에 계약체결한 것으로 나타나고 있다.

또한, 위 사용계약서 단서조항에는 OOO을 청구법인 이사로 등재하고, 그 비용은 OOO이 감수하며, 월세는 매1년마다 성수동 실정에 알맞게 조정하며 매월 25일 750만원을 청구법인 대표자에게 입금시키며, 라콤프레쉬 등 전기사용료는 3층, 4층이 공동부담하고, 계약서에 명시된 OOO이 사용하는 작업장 및 주차장에서 일어난 모든 사고에 대해 민·형사상 책임을 감수하고 예기치 못한 사건이 사용자의 고의성에 의한 것으로 확인시에는 어떠한 처벌도 감수하며, 보증금 환불은 사건의 종료시까지 보류하며, 각종 공과금 및 세금은 각자 부담하고, 공동관리자를 채용하여 정리케하고 그 임금은 3인 공동부담으로 한다고 기재되어 있다.

한편, 청구법인은 위와 같이 사용계약서를 체결한 이유가 OOO이 법인설립시(2003년)에 참가하지 아니하고 2004년도에 합류하였으므로 임차료 부담부분을 명확히 하기 위하여 별도 사용계약서(공장 임차건물 공동사용지분에 따른 임차료 경비 부담액을 정한 내부적인 서류로 당사자간 정산할 문제로서 대외적인 효력이 전혀 없는 것임)를 작성한 것이며, OOO은 청구법인의 소속으로 판금부의 사업을 한 것으로 이 건 사업장 임차료를 공동부담한 것이라고 주장하고 있다.

(라) 공동대표 OOO, 공동대표 OOO이 2005년 10월에 작성한 청구법인 지분 및 관리영역에 관한 협약서에 의하면 OOO가 1층 정비부, 2층 작업장, 옥상광택실, 옥상 1/2를 관리하고, OOO은 1층 검사부, 3층 작업장, 옥상 1/2를 각자 관리한다고 기재되어 있고, 각자 관리하는 영업장에서 발생한 모든 건에 대하여 민·형사상 책임을 지고, 각자 관리하는 영업장에서 발생한 일외에 관해서는 협의를 하며, 임대료는 각자 OOO 계좌로 직접 송금하며, 월 임대료 1,500만원 중 750만원씩 공동부담함을 원칙으로 하되 그 시점은 OOO가 매각하는 시점을 기준으로 하며, 현재 임대료 부담금액은 OOO 700만원, OOO 800만원을 원칙으로 하고, 계산서는 임대료에 준하여 수령하며, OOO는 OOO 사무실을 제공하며 그 기간은 재임중으로 하며, OOO와 OOO은 서로 상호존중하며 상대방 영업장에 대하여 관여를 하여서는 안되며, 공동시설물에 관하여 고장 및 보수할 경우 공동부담하며, 각자 지분을 매각할 경우 협약서 내용을 매수인에게 승계한다고 기재되어 있다.

(마) OOO이 2004.7.26.부터 2007.10.26.까지 청구법인 통장 및 OOO 개인통장으로 입금한 내역은 청구법인 계좌 19건 114,004,296원, OOO 개인계좌 14건 89,900,070원 합계 33건 203,904,366원으로 처분청 심리자료에 나타나고 있다.

(바) OOOOO이 청구법인에게 2008.6.27. 「자동차관리법」제57조 제1항 제2호 위반(사업장의 일부를 다른 사람에게 임대함)으로 과징금 100만원의 행정처분을 하였고, OOOO지방법원 약식명령(OO OOOOOO OOOOO, OOOOOOOOOOO)에 의하면 자동차관리사업자는 사업장의 전부 또는 일부를 다른 사람에게 임대하거나 점용하게 하여서는 아니됨에도 청구법인이 무등록사업자인 OOO에게 사업장 일부를 임대하였다 하여 청구법인과 청구법인 대표이사인 OOO, OOO에게 각 100만원의 벌금을 부과한 내용이 나타나고 있으며, 청구법인의 대표이사 OOO은 의견진술시에 소액이므로 다투지 아니하였다고 주장하였다.

(사) 처분청 심리자료에 의하면 국세청 전산자료상 OOO이 개인사업한 내역과 사업자등록한 사실은 나타나지 않고, 청구법인에서의 근로소득내역은 아래와 같으며,

또한, 청구법인은 OOO의 부서 직원들에게 급여(OOOOOOO OOO O,OOO,OOOO, OOO O,OOO,OOOO, OOO O,OOO,OOOO, OOOOOO O OOO OO,OOO,OOOO, OOO O,OOO,OOOO)를 지급하고 근로소득원천징수를 신고하였다고 하면서 급여대장과 근로소득원천징수 영수증을 제시하고 있다.

(아) 청구법인의 청구인, OOO, OOO이 부가가치세를 분담하여 신고한 내역은 아래와 같으며, 부가가치세 매출액과 건물소유주에게 지급한 위 임차료가 청구법인의 수입과 비용에 반영된 내용이 청구법인의 법인세 신고내용에 나타나고 있다.

(OOO OO)

또한, 2005년도 회계서류 증빙철의 영수증에는 회계전표상에 ‘OO’이라는 도장이 여러 개 날인되어 있어 OOO의 지출한 경비가 청구법인의 비용으로 반영된 것으로 보이는 내용이 나타나고 있다.

(자) 과세관청은 OOO을 무등록사업자라고 하면서 수입금액 등에 대하여는 청구법인과 분리하여 별도 과세하지 아니하고 임대수입금액을 누락하였다 하여 이 건 과세한 것으로 나타나고 있다.

(차) 살피건대, 국세청 전산자료상 OOO이 개인사업한 내역과 사업자등록한 사실은 나타나지 않고, 청구법인이 OOO과 OOO의 직원들에게 급여를 지급한 내용이 나타나고 있으며, 청구법인의 매출에 대한 부가가치세를 OOO, OOO, OOO이 분담하여 신고하였고, 동 매출액이 청구법인의 수입금액으로 반영되었으며, 청구법인이 OOO으로부터 받은 임차료를 수령하여 OOO에게 임차료를 지급하였고 동 내역이 청구법인의 재무제표 등에 반영된 내용이 나타나고 있으며, 2005년도 회계서류 증빙철의 영수증에 ‘OO’이라는 도장이 날인되어 있어 OOO의 지출한 경비가 청구법인의 비용으로 반영된 내용이 나타나고 있고, OOO으로부터 받은 임차료를 합하여 청구법인이 당초 부담하기로 하였던 임차료 월 1,500만원을 건물 소유주에게 지급한 것으로 보아 위 사용계약서를 체결한 이유가 임차료 공동부담 부분을 명확히 하기 위하여 작성한 것이라는 청구주장이 일응 신빙성이 있다고 보이며, 처분청이 청구법인과 무등록사업자라는 OOO의 수입금액을 분리하여 과세하지 아니한 점을 고려할 때 OOO이 별도 사업자라고는 보여지지 아니하므로 처분청이 쟁점금액을 임대수입금액을 누락한 것으로 보아 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(2)쟁점(2)인세법해석의 기준, 소급과세의 금지 및 세무공무원의 재량의 한계 규정을 위배한 처분이라는 청구주장과 쟁점(3)인 임대수입전액이 그대로 건물 주인(임대주)에게 지급되어 대표이사 개인이 사용한 사실이 없으므로 이 건 상여처분을 취소하여야 한다는 청구주장은 쟁점(1)을 인용한 이상 심리의 실익이 없어 심리를 생략한다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2009. 12. 29.

주심조세심판관 이 광 호

배석조세심판관 이 효 연

김 완 석

김 학 근