가.청구인은 2004.8.9. OOO OOO OOO OOOO OOO외 3필지 OOOOO 3층건물 1,574.85㎡(이하“ 쟁점건물”이라 한다)을 당초면세사업을 위하여 분양받고, 과세사업인 부동산임대업을 겸영하기 위하여 2006.3.31. 부동산임대업을 사업자등록 하였는 바,청구인은 2006.6.16. 쟁점건물의 분양잔금 지급시 쟁점건물의 예정사용면적 비율(면세비율 30％, 과세비율 70％)에 의하여 쟁점건물의 면세분(621,465,600원)과 과세분(266,342,400원)을 안분계산한 금액으로 세금계산서를 교부받아 2006년 제1기 부가가치세 확정신고시 과세분 면적(472.455㎡)에 상당하는 매입세액을 환급받았으나,

2006.6.16. 쟁점건물에 대한 사용검사를 마쳐 부가가치세 과세사업과 면세사업에 사용할 면적이 확정된 후, 당초 과세사업의 예정사용면적이 과소계상됨을 확인하여, 분양잔급 지급분에 대한 과세·면세사업의 확정사용 면적비율을 산정하여 2006년 10월 부가가치세 과세표준 및 세액에 대한 경정청구를 하였다.

나.처분청은 위 경정청구에 대하여 부가가치 세법시행령 제61조 제1항의 규정에 따라 과세·면세 겸영사업자가 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액에 한하여 안분계산하는 것이므로 청구인의 주장은 이유없다고 보아 2006.12.26. 경정청구에 대한 거부통지를 하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여2007.3.20.이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점건물이 사용검사를 마쳐 과세사업과 면세사업에 실제 사용할 면적이 사용검사를 마치는 시점에 관할 소방서장이 발급한 소방시설 등 완비증명서 등에 의하여 확정되었으므로, 과세사업의 사업자등록일 이후에 교부받은 매입세금계산서에 대하여 공제되는 매입세액은 과세사업에 실지로 귀속되는 사용면적 비율에 의하여 산정하는 것이 타당하다.

나. 처분청 의견

면세사업을 영위하는 자가 추가로 과세사업을 겸영하고자 하는 경우 부가가치세법 제11조제1항의 규정을 준용하여 사업자등록정정신고서를 제출하여야 함에도청구인은 면세사업과 별도로 과세사업인 부동산임대업을 등록하였고,공통매입세액 안분계산은 부가가치 세법시행령 제61조 제1항의 규정에 의하여과세·면세겸영사업자가과세사업과면세사업에공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액에 한하여 적용하는 것이므로 청구인의 주장은 부당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

신축중인 건물을 매입하여 과세·면세사업을 겸영하려는 사업자가 지급한 분양잔금에 대하여 실지귀속이 구분되는 것으로 보아 공통매입세액 안분계산을 부인하고, 환급을 거부한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법

제5조【등 록】① 신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 개시하고자 하는 자는 사업개시일전이라도 등록할 수 있다.

제17조 【납부세액】① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액" 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다. (1995. 12. 29. 개정)

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

②다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액 (1993. 12. 31. 개정)

5. 제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 것을 제외한다.

(2) 부가가치세법시행령

제61조【매입세액의 안분계산】①사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.

면세사업에 관 면세공급가액

련된 매입세액 ＝ 공통매입세액 × ───────

총공급가액

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율

(3) 부가가치세법시행령

제61조의2【공통매입세액의 정산】사업자가 제61조제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 각호의 산식에 의하여 정산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고하는 때에 정산한다.

1. 제61조제4항제1호 및 제2호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우

가산 또는 공제되는 세액 ＝ {총 공통매입세액 ×

과세사업과 면세사업의 공급가액이

확정되는 과세기간의 면세공급가액

[1－ ─────────────────] － 기공제세액}

과세사업과 면세사업의 공급가액이

확정되는 과세기간의 총공급가액

제7조【등록신청과 등록증 교부】⑧ 「소득세법」제168조 및 「법인세법」제111조의 규정에 의하여 등록한 자로서 면세사업을 영위하는 자가 추가로 과세사업을 영위하고자 하는 경우에 제11조 제1항의 규정을 준용하여 사업자등록정정신고서를 제출한 때에는 제1항의 규정에 의한 등록신청을 한 것으로 본다

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 이 건 경정거부통지에 대한 경위를 살펴보면, 청구인이 부동산임대사업자 등록일(2006.3.31.) 이후에 교부받은 분양잔금분매입세금계산서(2006.6.16.) 합계액 887,808,000원(면세분 621,465,600원, 과세분 266,342,400원)에대하여 2006.6.16. 사용검사를 마친후 관할소방서장이 발급한 소방시설 등 완비증명서에 의하여 청구인이 과세사업에 사용한 부분인 산후조리원의 임대사용면적부분이 당초 예정사용면적보다 큰 722.09㎡로 나타남에 따라 기 환급받은 임대사용 예정면적(472.455㎡)을 초과한 증액면적(249.635㎡)에 해당하는 매입세액 14,072,950원을 환급신청한 사실이처분청 심리자료 등에 나타난다.

(2) 청구인에 의하면,과세사업의 사업자등록일 이후에 교부받은 매입세금계산서에 대하여 공제되는 매입세액은 과세사업에 실지로 귀속되는 사용면적 비율에 의하여 산정하는 것이 타당하다는 주장이므로 이에 대하여 살펴본다.

(가) 처분청 전산자료에 의하면,청구인은 2002.3.8. OOO 산부인과라는 상호로 의료업(면세사업)을 개업하였으며, 2006.5.30. 추가로 부동산임대업(과세사업)을 사업자등록한 사실이 확인된다.

(나)쟁점건물의 매매계약서(2004.8.9.)에 의하면, 청구인은 주식회사 OOOOO와 쟁점건물의 분양대금을 2,176,000,000원(계약금 20%, 중도금 60%, 잔금 20%)에 약정한 사실이 나타난다.

(다)청구인이 수취한쟁점건물의 매입세금계산서 내역은 아래표와 같다.

(단위: 원)

(라) 쟁점건물의 집합건축물대장 등에 의하면, 2006.6.16. 쟁점건물의 전유부분 면적은 1,574.85㎡, 공유부분 면적은 813.42㎡로 사용승인되었고,경기도 부천시 부천소방서장이 발급한 소방시설 등 완비증명서에 의하면, 청구인이 임대한 산후조리원의 사용면적은 총바닥면적 1,791.76㎡중722.09㎡로 나타난다.

(마) 종합하건대,면세사업(병원)에 사용하는 자가사용면적과 과세사업(산후조리원 임대)에 사용하는 임대면적이 엄격하게 구분되는 경우, 그 사용면적은 실지귀속, 즉 실지부분의 가장 적합한 판단기준으로 볼 수 있으므로 건물신축에 관련된 매입세액은 실지귀속이 확인되는 것으로 보아야 할 것인 바 (국심 94서374, 1994.9.16; 국심 94경3526, 1995.2.22, 같은 뜻임), 이 건의 경우, 청구인은 쟁점건물의 신축중에 분양잔금분에 대하여 과세사업 및 면세사업의 공통매입세액을 예정사용면적 비율(면세비율 70％, 과세비율 30％)에 의하여 안분계산하여 신고하였고, 쟁점건물 완공후 부가가치세 과세사업과 면세사업에 사용할 면적이 비로소 확정되었으므로 공제되는 매입세액의 계산을 확정된 사용면적 비율(면세비율 54.1％, 과세비율 45.9％)에 의하여 계산한 후 이를 근거로 경정청구한 사실이 확인되고 있으나,

면세사업을 영위하는 자가 추가로 과세사업을 영위하고자 하는 경우에는 부가가치세법 제11조제1항의 규정을 준용하여 사업자등록정정신고서를 제출할 수 있음에도청구인이 면세사업과 별도로 부동산임대부분을 과세사업자 등록을 한 사실과공통매입세액 안분계산은 부가가치 세법시행령 제61조제1항의 규정에 의하여과세·면세겸영사업자가과세사업과면세사업에공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액에 한하는 것인 바, 청구인은 건물신축분양자인 주식회사 OOOOO로부터 분양잔금에 대하여 과세사업 및 면세사업에 사용하는 건물분 매입세금계산서를 각각 실지귀속을 구분하여 교부받은 사실이 확인되므로 이 건 공통매입세액안분계산의 적용대상이 아닌 것으로 봄이 타당하다고 판단된다.

따라서, 처분청이신축중인 건물을 매입하여 과세·면세사업을 겸영하려는 청구인이 지급한 분양잔금에 대하여 그 실지귀속이 구분되는 것으로 보아 공통매입세액 안분계산을 하지 아니하고, 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2007년 7월 11일

주심국세심판관 박 동 식