1. 원심은, 원고가 구 대덕연구개발특구 등의 육성에 관한 특별법(2009. 1. 30. 법률 제9401호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 특구법’이라 한다)에 의해 지정된 대덕연구개발특구(이하 ‘특구’라 한다) 내의 대전 유성구 화암동 산 23-1 등 토지(이하 ‘이 사건 신청지’라 한다)에 노인의료복지시설(이하 ‘이 사건 사회복지시설’이라 한다)을 건립하기 위하여 피고에게 도시계획시설의 설치를 제안하자 피고는 2008. 10. 8. 이 사건 사회복지시설을 설치하고자 하는 도시관리계획(사회복지시설)결정을 하고 그 지형도면을 고시한 사실, 원고는 2008. 11. 20. 피고에게 도시계획시설사업 실시계획 인가신청과 함께 이 사건 사회복지시설에 대한 건축허가신청(이하 ‘이 사건 건축허가신청’이라 한다)을 한 사실, 피고는 2008. 12. 8. 원고에게 “① 특구 관리권자인 지식경제부장관이 구 특구법에 근거하지 않은 도시관리계획결정은 부당하다는 이유로 이 사건 사회복지시설 설립을 위한 도시관리계획결정에 대하여 철회를 요구하여 현재 철회 절차가 진행 중이고, ② 이 사건 사회복지시설 설립으로 인한 인근 연구기관의 연구환경저해 및 산림훼손, 무분별한 개발확산 및 난개발의 방지를 위하여 이 사건 신청지를 원형대로 유지·보전함이 타당하며, ③ 특구육성종합계획에 의거 지식경제부장관으로부터 특구개발사업자로 지정받은 후 실시계획승인을 득하는 등( 구 특구법 제6조 , 제26조 등)의 구 특구법 절차에 따르지 않은 개발사업은 불가하다”는 이유로 이 사건 건축허가신청을 반려하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 한 사실, 이 사건 신청지는 구 특구법 제34조 제2항 제3호 에 따른 특구 안의 토지용도 구분상 녹지구역에 속하는 사실 등을 인정한 다음, 이 사건 사회복지시설의 경우 구 특구법 제35조 제1항 제3호 , 같은 법 시행령 제30조 제5호 [별표 6]이 정하고 있는 녹지구역 내 노인복지시설로서 구 특구법에 의한 건축행위 및 건축허가 등의 제한을 받지 아니함이 명백하므로, 달리 이 사건 건축허가신청이 건축법 등 관계 법규에서 정한 제한을 위반하였다는 점에 관한 주장·입증이 없는 이상 이 사건 처분은 위법하고, 이는 비록 구 특구법 제6조 및 제27조 에 따른 특구육성종합계획과 특구개발사업의 시행자가 작성한 실시계획에 이 사건 사회복지시설의 설치에 관한 사항이 포함되어 있지 않다 하더라도 마찬가지라고 보아 이 사건 처분은 취소되어야 한다고 판단하였다.

2. 그러나 원심 판단은 다음과 같은 이유에서 그대로 수긍하기 어렵다.

구 특구법에 의하면, 지식경제부장관은 구 특구법의 목적을 효율적으로 달성하기 위하여 5년마다 특구의 육성에 관한 특구육성종합계획을 세우고 추진하여야 하는데, 특구육성종합계획에는 특구 육성의 기본방향에 관한 사항, 특구 안의 대학·연구소 및 기업의 연구개발 활동 및 지적재산권 관리의 지원에 관한 사항 등과 함께 특구에서 실시되는 도로·용수 등 기반시설의 설치, 산업 및 연구시설용지의 조성 등 개발사업(이하 ‘특구개발사업’이라 한다) 및 그 시행방법(시행자 선정을 포함한다)에 관한 사항 등이 포함되어야 하고( 구 특구법 제6조 ), 위 특구개발사업 및 그 시행방법에 관한 사항에는 특구의 명칭·위치 및 면적, 특구개발사업의 시행자·시행방법·시행기간, 토지이용계획 및 주요 기반시설계획, 재원조달방법, 인구수용계획 및 주거시설 조성계획, 교통처리계획, 대학·연구소 및 기업유치계획, 보건의료·교육·문화·복지시설 설치계획, 환경보전계획, 공원·녹지계획, 외국인의 투자유치 및 정주를 위한 환경조성계획 등이 포함되며( 구 특구법 시행령 제7조 ), 특구개발사업은 지식경제부장관이 직접 시행하거나 구 특구법 제26조 각 호 의 자 중에서 지식경제부장관이 지정하는 자가 이를 시행하는데( 구 특구법 제26조 ), 특구개발사업의 시행자는 그 시행자로 고시된 날로부터 2년 이내에 사업규모와 내용, 사업시행기간 및 재원조달계획 등 대통령령이 정하는 사항을 포함한 실시계획을 작성하여 지식경제부장관의 승인을 얻어(승인을 얻은 사항을 변경하고자 하는 경우에도 또한 같다) 개발사업을 시행하고( 구 특구법 제27조 ), 특구개발사업의 시행자가 실시계획의 승인 또는 변경승인을 얻은 경우에는 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제30조 의 규정에 따른 도시관리계획의 결정, 같은 법 제86조 의 규정에 따른 도시계획시설사업시행자의 지정 및 같은 법 제88조 의 규정에 따른 실시계획의 인가 등을 받은 것으로 의제하고 있다( 구 특구법 제29조 ).

연구개발특구의 육성을 통하여 그 지역에 있는 대학·연구소 및 기업의 연구개발을 촉진하고, 상호협력을 활성화하며, 연구개발 성과의 사업화 및 창업을 지원함으로써 국가기술의 혁신 및 국민경제의 발전에 이바지하고자 하는 구 특구법의 입법 목적과 위와 같은 규정들을 종합하여 보면, 구 특구법에 의하여 지정된 연구개발특구 내에서의 특구개발사업은 지식경제부장관 또는 지식경제부장관이 지정한 특구개발사업의 시행자가 특구육성종합계획과 특구관리계획에 맞게 실시계획을 작성하여 지식경제부장관의 승인을 얻는 등으로 구 특구법이 정하는 절차와 방식에 따라 이루어져야 할 것이다.

기록에 의하면, 이 사건 사회복지시설 설치사업은 구 특구법 제6조 , 같은 법 시행령 제7조 에 규정된 복지시설을 설치하는 사업으로서 특구개발사업에 해당한다고 할 것인데, 원고는 구 특구법이 정한 특구개발사업에 관한 절차와 방식에 따르지 아니한 채 이 사건 건축허가신청을 하였음을 알 수 있다.

위와 같은 사정을 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 원고의 이 사건 건축허가신청은 구 특구법이 정한 절차와 방식에 위배되는 것이고, 따라서 이를 이유로 이 사건 건축허가신청을 반려한 피고의 이 사건 처분은 적법하다.

그럼에도 불구하고 원심은 이와 달리 특구관리계획상 이 사건 신청지가 노인복지시설의 설치가 가능한 토지라는 등의 사정만으로 이 사건 처분이 위법하다고 판단하고 말았으니, 이러한 원심판단에는 구 특구법에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다.

3. 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.