2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2014. 7. 24. 원고에 대하여 한 2009년 1기분 부가가치세 ○○○원, 2009년 2기분 부가가치세 ○○○원, 2010년 1기분 부가가치세 ○○○원, 2010년 2기분 부가 가치세 ○○○원, 2011년 1기분 부가가치세 118,360,290원, 2011년 2기분 부가가치세 ○○○원, 2012년 1기분 부가가치세 ○○○원, 2012년 2기분 부가가치세 ○○○원, 2013년 1기분 부가가치세 ○○○원, 2013년 2기분 부가가치세 ○○○원의 경정청구 거부처분을 모두 취소한다.

가. 원고는 조선업 등을 목적사업으로 하는 회사로서, 원고의 수출용 선박(상선) 및 특수선(군함, 경비함 등) 제작과정에 임가공용역을 공급한 각 거래처에 대하여 "공급자가 부가가치세법 시행령 제26조 제1항 제2호 본문에서 규정하는 수출재화 임가공용역을 제공하였음을 확인한다."는 내용이 기재된 '임가공 용역제공 사실 증명확인서'(이하 '이사건 확인서'라 한다)를 발급하였고, 원고의 거래처들은 위 임가공용역에 관한 부가가치세 신고 시 이 사건 확인서를 첨부하여 영세율을 적용한 매출을 신고하였다.

나. 피고는 2014. 4.경 원고의 거래처 중 특수선 관련 임가공용역(이하 '이 사건 용역'이라한다)을 공급한 업체들(이하 '이 사건 거래처들'라 한다)의 부가가치세 신고 내용을 조사한결과 이 사건 거래처들이 조세특례제한법 제105조 제1항 제1호에 따른 영세율 적용대상인방산업체가 아님에도 위 가.항 기재와 같이 영세율을 적용하여 부가가치세를 신고하였음을확인하고 이 사건 거래처들에 대하여 부가가치세 수정신고를 안내하였고, 그에 따라 이사건 거래처들(폐업자 포함)은 별지 1 표 '경정청구 세액'란 기재 각 부가가치세를 원고로부터 거래징수하여 수정신고・납부하였다.

다. 원고는 2014. 7. 22.경 피고에게, 착오로 일반 과세거래인 이 사건 용역의 공급에 영세율을 적용하여 부가가치세를 신고・납부하였으나 이후 이 사건 거래처들에 대하여 2009년 1기분부터 2013년 2기분까지의 부가가치세(10%) 상당액 합계 ○○○원을 지급하였다고 주장하면서 별지 1 표 '경정청구 세액'란 기재 각 부가가치세를 각 해당 과세기간의 매입세액으로 공제하여 환급하여 달라는 취지의 경정청구(이하 '이 사건 경정청구'라 한다)를 하였다.

라. 이에 피고는 2014. 7. 24. 원고에게, "2009년 1기분부터 2010년 2기분까지의 부가 가치세 합계 ○○○원(이하 '이 사건 제1 거래분'이라 한다)에 관한 경정청구는 경정 청구기간인 3년이 도과한 부적법한 청구이고, 2011년 1기분부터 2013년 2기분 까지의 부가가치세 중 합계 ○○○원(이하 '이 사건 제2 거래분'이라 한다)에 관한 경정청구는 폐업자와의 거래분으로서 수정세금계산서가 발행되지 않아 이를 매입세액으로 공제할 수 없다."는 이유로 별지 1 표 '경정청구 거부금액'란 기재 각 부가가치세에 관한 원고의 이 사건 경정청구를 거부하는 이 사건 처분을 하였다.

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2014. 10. 14. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 위 심판청구는 2015. 6. 16. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제2호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 처분은 아래와 같은 이유로 위법하다.

1) 피고는 이 사건 제1 거래분에 관한 경정청구기간의 기산점을 원고가 각 부가가치세액을 신고한 시점(확정신고기한)으로 보아 위 경정청구가 3년의 기간이 도과한 것으로 판단하였으나, 원고와 같이 납세의무자인 사업자에게 사후적으로 부가가치세액을 거래징수당한 사업자가 매입세액공제를 신청한 경우에는 이를 후발적 경정청구에 해당한다고 보아야 하므로 경정청구기간이 도과하였다고 볼 수 없고, 설령 이를 통상의 감액 경정청구라고 보더라도 그 경정청구기간의 기산점을 납세의무자로부터 부가가치세액을거래징수당한 시점으로 보아야 한다.

2) 피고는 원고가 이 사건 거래처들 중 폐업한 사업자들로부터 수정세금계산서를 발급받지 못하였다는 이유로 이 사건 제2 거래분에 관한 경정청구를 거부하였으나, 폐업자를 포함한 이 사건 거래처들 역시 수정세금계산서의 발행 없이 수정신고된 부가가치세를 납부하였고, 부가가치세법 제39조 제1항 제2호는 '세금계산서를 발급받지 아니한 경우' 그 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있는 것에 불과하고, '거래처의 폐업으로 인하여 세금계산서를 발급받지 못한 경우'까지 매입세액을 공제할 수 없다고 규정한 것은 아니므로, 이 사건과 같이 수정된 부가가치세액을 납세의무자인 사업자에게 추가로 지급하고도 납세의무자의 폐업으로 인하여 수정세금계산서를 발급받지 못한 경우에는 수정세금계산서의 발행 없이도 그 매입세액을 매출세액에서 공제하여야 한다.

나. 관계 법령

별지 2 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 원고의 첫 번째 주장에 관한 판단

가) 구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제45조의2 제2항은 "과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다."고 규정하면서, '최초의 신고・결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때'(제1호), '제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때'(제5호) 등을 후발적 경정청구가 가능한 사유로 들고 있고, 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제5호의 위임에 의하여 '대통령령으로 정하는 사유'를 규정하고 있는 국세기본법 시행령 제25조의2는 그 각 호에서 '최초의 신고・결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우'(제1호), '최초의 신고・결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우'(제2호), '최초의 신고・결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우'(제3호), '그 밖에 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 사유가 있는 경우'(제4호)를 그러한 사유로 규정하고 있다.

한편 국세기본법이 후발적 경정청구제도를 둔 취지는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데에 있다(대법원 2014. 11. 27. 선고 2012두28254 판결 등 참조).

나) 앞서 본 바와 같이 후발적 경정청구는 '당초의 신고나 과세처분 당시에는 존재하지 아니하였던 후발적 사유'를 이유로 하는 것이므로, 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 과세표준 및 세액의 산정기초가 되는 거래 또는 행위의 존재 여부나 그 법률효과가 달라지는 경우 등의 사유는 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제5호, 국세기본법 시행령 제25조의2 제4호가 정한 후발적 경정청구사유에 포함될 수 있다고 할 것이나, 이 사건과 같이 법령 해석의 착오로 일반 과세거래인 용역의 공급에 영세율이 적용되는 것으로 오인하여 이를 전제로 부가가치세를 신고・납부하고 이후 그와 같은 오류가 시정되어 부가가치세를 거래징수 당하였다는 사유는, 당초 신고나 부과처분 시에 예측하기 어려웠던 감액사유가 통상적 경정청구기간이 경과한 후에 발생한 경우라고 보기 어려우므로, 이를 '당초의 신고나 과세처분 당시에는 존재하지 아니하였던 사유'로서 후발적 경정청구사유에 해당한다고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 경정청구가 후발적 경정청구임을 전제로 한 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 원고의 두 번째 주장에 관한 판단

구 국세기본법 제45조의2 제1항은 "과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고 기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다."고 규정하여 경정청구 기간의 기산점을 '법정신고기한'으로 명시하고 있을 뿐만 아니라, 경정청구기간을 일정하게 제한하는 것은 납세의무자에 대하여 그 기한 내에 자신의 과세표준 및 세액에 대한 계산을 충분히 검토하도록 하여 기한 내 신고의 적정화를 기함과 함께 조세법률관계의 조기안정, 세무행정의 능률적 운용 등 제반 요청을 만족시키기 위한 것인데(헌법재판소 2004. 12. 16.자 2003헌바78 전원재판부 결정 등 참조), 원고 주장과 같이 원고가 이 사건 거래처들에게 부가가치세액을 거래징수당한 시점을 경정청구기간의 기산점으로 삼게 되면 위와 같은 규정의 취지가 몰각된다. 따라서 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

3) 원고의 세 번째 주장에 관한 판단

가) 부가가치세법 제38조 제1항은 매출세액에서 공제하는 매입세액으로 '사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액'(제1호) 등을 규정하고 있고, 같은 법 제39조 제1항은 "제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다."고 규정하면서 '세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우'(제2호 본문) 등을 공제하지 아니하는 매입세액으로 규정하고 있는바, 원고가 이 사건 제2 거래분에 관한 수정세금계산서 없이 이 사건 경정청구를 한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 피고가 이 사건 제2 거래분을 매입세액으로 공제하지 아니한 것은 적법하다고 할 것이다.

나) 이에 대하여 원고는, 이 사건과 같이 용역을 공급한 사업자의 폐업으로 인하여 원고가 수정세금계산서를 발급받지 못한 경우에는 세금계산서가 없다고 하더라도 그 매입세액을 공제하여야 한다고 주장하나, ① 원고 주장과 같이 부가가치세법 제39조 제1항 제2호가 규정한 '세금계산서를 발급받지 아니한 경우'에 '(재화나 용역을 공급받는자가 자신의 의지와는 상관없이) 세금계산서를 발급받지 못한 경우'는 포함되지 않는다고 해석한다면, 재화나 용역을 공급받는 자가 세금계산서를 발급받지 못한 때에는 세금계산서 없이도 매입세액을 공제받을 수 있게 되는데, 이는 조세특례제한법 제126조의4가 "재화나 용역을 공급한 사업자가 세금계산서를 발급하지 아니한 경우 그 재화나 용역을 공급받은 자가 관할 세무서장의 확인을 받아 세금계산서를 발행할 수 있고, 이와 같은 매입자발행세금계산서의 부가가치세액도 부가가치세법에 따라 공제할 수 있는 매입세액으로 본다."는 규정을 둔 취지와도 어긋나는 결과를 가져오게 되는 점, ② 부가가치세법이 세금계산서를 거래 시마다 교부하도록 규정하고 있고, 또한 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 사실과 다르게 기재된 경우 그 매입세액을 매출세액에서 공제하지 않도록 규정하고 있는 점 등에 비추어 보면, 세금계산서는 단순히 거래의 증빙서류에 그치는 것이 아니라 부가가치세제를 유지하는 핵심적 역할을 수행하는 것으로 볼 수 있으므로, 매입세액공제의 요건으로서 세금계산서의 존부는 엄격하게 해석함이 타당한 점 등을 종합해 보면, 부가가치세법 제39조 제1항 제2호가 규정한 '세금계산서를 발급받지 아니한 경우'란 '세금계산서가 발급되지 아니한 모든 경우'를 의미한다고 할 것이어서 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다[원고는, 이 사건 제2 거래분에 관한 수정세금계산서를 발급받지 못한 것은 거래처의 폐업 때문이지 원고의 귀책사유로 인한 것이 아니므로 이를 이유로 매입세액을 공제하지 않는 것은 부당하다는 취지로도 주장하나, 원고가 수정세금계산서를 발급받지 못하여 이 사건 제2 거래분을 매입세액으로 공제받지 못한 것은 당초 원고가 이 사건 용역의 공급을 영세율 적용대상이라고 오인하여 이 사건 거래처들에 이 사건 확인서를 발급하여 준 것에 기인하였다고 볼 수 있으므로, 원고에게 전혀 귀책사유가 없다고 단정하기 어렵다].

3. 결 론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

심급 사건

참조조문

참조판례