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가. 원고는 원고의 조부(祖父)와 부(父)가 1978.경 충남 청양군 B 외 1필지 합계 2,935㎡(이하 ‘이 사건 신청지’라 한다)에 허가 없이 건축하여 운영하던 돈사(이하 ‘이 사건 축사’라 한다)를 이어받아 ‘C’이라는 상호로 현재까지 이를 운영하고 있다.

나. 원고는 정부가 추진한 무허가 축사 적법화 정책에 따라 2018. 3. 8.경 피고에게 이 사건 축사에 관한 가축분뇨배출시설 설치허가신청서를 제출하고(이하 ‘이 사건 신청’이라 한다), 2018. 9. 21., 2018. 9. 24. 두 차례에 걸쳐 이 사건 축사에 관한 적법화 이행계획서를 제출하였다.

다. 피고는 2018. 10. 17. 원고에게 아래와 같이 적법화 이행계획서의 보완을 요구하였다

(이하 ‘이 사건 보완요구’라 한다). 귀하께서 제출하신 무허가축사 적법화 신청서 및 적법화 이행계획서 제출과 관련하여 악취 저감 계획이 미흡함과 현재 악취 발생과 관련하여 마을이장 등 다수의 주민이 허 가를 하지 말아달라는 청원 등이 있는바, 축사 악취 저감 세부계획서(악취저감시설 설치 등)와 주민동의서를 첨부하여 2018. 11. 30.까지 제출하여 주시기 바랍니다. 만약, 위의 기한까지 악취 저감 세부계획 및 주민동의서가 제출되지 아니하는 경우에는 무허가축사 적법화를 불허 처분할 예정임을 알려드립니다. 라.

피고는 2018. 11. 22. 아래와 같은 이유로 이 사건 신청을 불허가하는 처분을 하였다

(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 이행계획서 제출사항 중 악취에 대한 저감대책으로 돈사 350평 중 160평 규모를 폐쇄하 고 모돈 30두로 규모를 축소하여 사육하며, 돈사에 대한 시설개선을 통한 악취 발생을 최소화 하겠다는 내용으로 신청하였으나, 2018년 3월 마을주민과의 합의사항, 11월 19일 마을회의 결과...