갑제1,5호증의 각 1,2, 갑제9호증의 5,10,11,12,16내지30,33, 34,37내지67,89내지93, 을제1호증의 1내지4, 을제2호증의 1,2,3, 을제3호증의 각 기재와 증인 이갑천의 증언에 변론의 전취지를 종합하면 다음의 사실을 인정할 수 있고 반증없다.

가. 원고 학교법인 ○○학숙(이하 원고 ○○학숙이라 한다)은 사립학교법 제10조 에 의하여 설립된 학교법인으로서 ○○대학교, ○○대학교 병설 실업초급대학과 ○○중,고등학교 등을 유지 운영하고 있는데, 1967. 12. 29. 문교부장관의 허가를 받아 소외 주식회사 해운대○○호텔(이하 ○○호텔이라 한다)의 전재산(부동산, 동산, 영업시설, 채무일체)을 원고 ○○학숙의 기본재산이던 부산 ○○구 ○○동 ○○ 외 대지 2필지와 교환하고, 1974. 10.경 문교부장관의 정관변경승인을 받아 ○○호텔의 발행주식 전부를 학교법인의 수익용 기본재산(수익용 사업체)에 편입시킨 다음, 호텔경영에서 나오는 수익을 원고 ○○학숙의 사업수입으로 세입예산에 편성, 집행하여 왔다.

나. 그런데 1976년경부터 해운대 일대에 대형호텔들이 건립되면서 ○○호텔은 경영수지가 점차 악화되어 오다가 1980년대부터는 사실상 휴면상태에 들어가기에 이르렀고, 한편 원고 ○○학숙은 1987년경 ○○대학교에 의과대학 설치허가를 받아 그에 따른 부속병원의 건축 및 시설비 등으로 막대한 자금(약 700억원)이 필요하게 되자 그 재원마련을 위하여 수익용 기본재산인 ○○호텔을 매각하기로 하고, 문교부장관에게 수익용 기본재산에 대한 처분허가를 신청하여 같은해 12. 29. 원고가 소유하던 ○○호텔의 총 발행주식 94,258주 전부에 대하여 처분가격을 금 7,623,000, 000원 이상으로, 그 처분금의 용도를 ○○대학교 부속병원의 건립비로 한정하여 처분허가를 받았다.

다. 그러나 원고 ○○학숙은 원매자가 선뜻 나서지 않아 이를 처분하지 못하고 있던 중 마침 소외 ○○생명보험주식회사로부터 당시 재벌기업에 대한 문어발식 기업확장을 규제하는 정부시책으로 인하여 주식양수는 불가능하니 ○○호텔의 소유재산만을 매수하겠다는 제의를 받고, 누적된 부속병원 건축비로 심한 자금압박을 받고 있던 터라 부득이 이를 승락하여, ○○호텔에 대하여는 해산 및 청산절차에 들어가 1990. 1. 31. 해산등기와 동시에 대표이사이던 원고 정○○를 청산인으로 선임하였고, 청산인으로 선임된 원고 정○○는 1990. 3. 26. ○○호텔 소유의 부동산, 동산, 영업시설일체를 ○○생명보험주식회사에게 대금 25,194,000,000원에 양도하고, 그 대금을 포함한 ○○호텔의 총 잔여재산 금 25,227,692,147원 중에서 ○○호텔의 은행등 금융기관에 대한 채무, 임대차보증금, 종업원 퇴직금, 제세공과금등을 변제 또는 납부하고 남은 금 19,662,270,000원 전액을 ○○호텔의 발행주식 100%를 소유하던 원고 ○○학숙에게 인도하고, 원고 ○○학숙은 이를 ○○대학교 부속병원의 건축 및 그 시설비로 전부 충당하였다.

라. 한편 ○○호텔의 청산인인 원고 정○○는 1990. 6.경 ○○호텔의 전재산 처분행위가 학교법인이 교육사업을 위하여 그 기본재산을 매각한 경우에 해당한다고 하여, 피고에게 구 조세감면규제법 제67조의3 에 따라 매각재산중 ○○호텔의 부동산인 부산 ○○구 ○○동 ○○외 11필지 토지 3,309평 및 건물 3,735평(이하 이 사건 부동산이라 한다)의 양도에 따른 특별부가세 면제신청을 하였으나, 피고는 비록 ○○호텔이 원고 ○○학숙의 수익용 기본재산(사업체)이기는 하나, 호텔업을 목적으로 하는 영리상사법인으로서 학교법인인 원고 ○○학숙과는 별개의 독립된 법인으로서 이 사건 부동산 양도는 ○○호텔이 자기소유 부동산을 처분한 것에 지나지 아니하고, 따라서 그 양도소득 역시 원고 ○○학숙이 아닌 ○○호텔에 귀속한다는 이유로 그 면제신청을 받아들이지 아니하고, 1991. 12. 16. ○○호텔에 대하여 이 사건 부동산의 양도에 따른 특별부가세 금 3,893,770,320원을 부과하였다가, ○○호텔이 그 세액중 금 3,573,558,950원 및 가산금 893,389,640원을 체납하자 더 이상 ○○호텔의 재산으로는 그 체납세액에 충당하여도 부족하다고 판단하여 1993. 8. 24. 국세기본법 제39조 , 제38조 에 의거하여 원고 ○○학숙은 ○○호텔의 1인주주로서 청산회사인 ○○호텔의 잔여재산 전부를 인도받았다고 하여, 또한 원고 정○○는 ○○호텔의 청산인으로서 ○○호텔의 체납세액을 확보하지 아니하고 잔여재산 전부를 원고 ○○학숙에게 인도하였다 하여, 원고들에 대하여 제2차 납세의무자로 지정, 위 체납 세액의 납부통지를 하였다.(피고의 원고들에 대한 제2차 납세의무지정 및 납부통지를 이 사건 부과처분이라 한다)

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 국세기본법(1993. 12. 31. 법률 제4672호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)은 제14조 제1항 에서 이른바 실질과세의 원칙을 선언하고 있고, 법인세법도 제3조 제1항 에서 자산 또는 사업에서 생기는 수입의 전부 또는 일부가 법률상 귀속되는 법인과 실질상 귀속되는 법인이 다른 경우에는 그것이 실질상 귀속되는 법인에게 이 법을 적용한다고 규정하고 있으며, 구 조세감면규제법(1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전면개정되기 전의 것, 이하 조감법이라 한다) 제67조의3 제1,4항 , 그 시행령 제55조의3 제1항 의 각 규정에 의하면 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인이 교육사업에 사용하거나 다른 수익용 재산을 취득할 목적으로 그 기본재산인 토지등을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 납세의무자가 제출한 세액면제신청서에 의하여 그 양도목적이 확인되는 경우에는 특별부가세를 면제하도록 되어 있는 바, 위와 같은 실질과세의 원칙은 과세관청의 부과처분의 경우 뿐만 아니라 세금감면규정을 해석, 적용함에 있어서도 마찬가지로 존중되어야 할 것이다.

나. 한편 사립학교의 특수성에 근거하여 그 보호, 육성이라는 차원에서, 사립학교법은 학교법인이 수익사업체를 경영하는 경우 일정한 사항에 관하여 신고 또는 공고절차를 거치도록 하고 있으며( 같은법 제6조 ), 학교법인이 그 기본재산을 처분하는 경우에는 관할청의 허가를 받도록 하여 그 처분을 제한하고 있고( 같은법 제28조 ), 그 예산 및 결산에 관하여는 관할청의 지도, 감독을 받도록 하여( 같은법 제31조 ) 그 재산이나 회계등에 관하여 특별한 관리를 하고 있으며, 조감법에서 그 기본재산의 양도소득에 대하여 일정한 경우 특별부가세를 면제하는 규정을 둔 것도 같은 취지에서 나온 것이라 할 것인 바, 위에서 인정한 것과 같이 ○○대학교에 의과대학 설치허가를 받은 원고 ○○학숙이 그에 따른 부속병원의 건축 및 시설비용을 마련하기 위하여 그 수익용 기본재산인 ○○호텔을 처분하기로 하여 그 처분대금을 그에만 사용할 것을 조건으로 문교부장관으로부터 그 기본재산인 ○○호텔의 발행주식 전부에 대하여 처분허가를 받았으나 재벌기업의 문어발식 기업확장을 규제하는 정부시책에 맞추어 주식양수가 불가능하다는 매수인측의 사정에다가 자금압박에 쫓긴 나머지 부득이 주식을 처분하지 못하고 ○○호텔 소유의 전 영업재산을 매각하는 방식에 따르게 되었고, 그 결과 ○○호텔에 대하여 해산 및 청산절차를 거쳐 잔여재산의 처리방식으로 그 매득금을 인도받게 된 이 사건에 있어서 비록 주식처분의 방법에 의하지는 아니하였지만 문교부장관의 처분허가에 기하여 ○○호텔의 전 영업재산을 처분하고, 그 처분대금을 ○○대학교 부속병원의 건축 및 시설비용에 모두 충당한 일련의 행위는 결국 학교법인이 교육사업에 사용할 목적으로 그 기본재산을 양도한 것과 다름이 없으므로 그로 인하여 발생한 소득은 조감법 제67조의3 의 규정에 의하여 특별부가세 면제대상이 된다고 보아야 할 것이다.(원고 ○○학숙이 ○○호텔의 주식을 처분하였다면 특별부가세가 당연히 면제된다고 할 것인 바, 감독관청의 주식처분허가를 받은 후 ○○호텔의 전 영업재산을 처분하고, 그 후속절차로 ○○호텔을 해산 및 청산한 것은 주식을 처분한 것과 그 실질에 있어서 아무런 차이가 없는 데도 그 세금이 면제되지 아니한다고 하는 것은 형평에 반할 뿐더러 실질과세의 원칙에도 반한다 할 것이며, 피고의 ○○호텔에 대한 원부과처분에 대하여 ○○호텔이 제기한 취소소송에서 ○○호텔의 패소판결이 확정되었지만 그 판결은 이 사건 원고들이 주장하는 특별부가세 면제의 점에 대한 판단도 없는 이상 이 사건 판단에 저촉된다고 할 수 없다)

3. 결론

그렇다면 이 사건 부동산의 양도소득이 구 조감법 제67조의3 소정의 특별부가세 면제대상에 해당하지 않음을 전제로, 피고가 원고들을 제2차 납세의무자로 지정, ○○호텔의 체납세액에 대하여 특별부과세를 부과한 것은 위법하다 할 것이므로 그 부과처분의 취소를 구하는 원고들의 이 사건 청구는 모두 이유있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

1995. 8. 24.

심급 사건

참조조문