가. 원고는 가축사육업 허가를 받고 충남 예산군 B(면적 621㎡), C(면적 720㎡)에 우사 2개동(면적합계 1,341㎡, 이하 ‘이 사건 축사’라 한다)을 지어 한우 10여 마리를 사육해오던 중 2015. 3. 3. 이 사건 축사시설을 486,150,000원의 사업비를 투입하여 현대화할 계획으로 피고에게 정부지원의 보조금 및 융자금 388,920,000원을 신청하는 내용의 축사시설현대화사업 신청서(이하 ‘이 사건 신청서’라 한다)를 제출하였다.

나. 원고는 이 사건 신청서에서 경영현황(현재)란에 “축종: 육계, 총 사육두수: 40,000”이라고 기재하였고 공사 세부계획은 축사시설(니플, 급수기공사, 자동급이기, 환기시설), 축산시설(사료반입장치, 차량소독기, 비상발전기), 전기시설, 공사계획면적은 1,341㎡(40,000두)라고 기재하였다.

다. 피고는 2015. 4. 15. 원고를 축사시설현대화사업 대상자로 선정하면서 총 사업비 486,150,000원 중 30%인 145,840,000원은 국비 보조로, 50%인 243,075,000원은 융자로, 나머지 20%인 97,230,000원 자비부담으로 사업을 진행한다는 내용의 결정을 하였다. 라.

이에 따라 원고는 2015. 5. 20. 주식회사 D(대표자 E, 이하 ‘D’이라 한다)과 축사시설 설치공사도급 표준계약(이하 ‘이 사건 도급계약’이라 한다)을 체결하면서 총 공사금액을 486,150,000원, 착공년월일 2015. 5. 20. 준공년월일 2015. 7. 30.로 하여 이 사건 축사 1,341㎡를 계사로 개축하는 내용의 계약을 체결하였다.

마. 이 사건 도급계약에 따라 계사 개축 공사를 완료한 후 원고는 피고에게 기성고 완료신고를 하였고, 피고는 사업장소에 나와 현지확인 및 정산절차 등을 거친 후 추진실적을 "축사개보수(철골, 판넬, 우레탄 등), 축사시설 중 환기, 난방시설"로 평가하여 2015. 6. 22....