2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 서울 송파구 XX동 11-9 XX오피스텔 404호에 본점을 두고 부동산 개발 및 분양 사업을 영위하는 법인으로, 2004년경부터 서울 광진구 XX동 530-14 외 55필지에서 공동주택 신축사업(이하 '이 사건 사업'이라 한다)을 진행하던 중 2005. 5. 11. 이 사건 사업에 관한 사업권 등 일체를 XX개발 주식회사(이하 'XX개발'이라 한다)에 양도(이하 '이 사건 사업권 양도'라 한다)하는 계약을 체결하였다.

나. 원고는 2005. 9. 6. 이 사건 사업권 양도와 관련하여 XX개발에게 공급가액 000원(공급대가는 부가가치세 000원을 포함한 000원임)의 세금 계산서를 발행하였으나 이에 대한 부가가치세 신고를 하지 않자, 피고는 2010. 2. 8. 위와 같이 신고 누락한 000원에 대하여 2005년 제2기 부가가치세 000원을 경정 • 고지하였다.

다. 그 후 서울지방국세청장은 이 사건 사업권 양도에 따른 공급대가를 000원이 아닌 000원(000원+000원+000원)으로 보아야 한다고 지적하였고, 이에 따라 피고는 2010. 12. 1. 원고에게 2005년 제2기 부가가치세 000원을 증액 경정 • 고지하였다.

라. 원고는 이에 불복하여 2011. 4. 7. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2012. 2. 1. 원고의 청구를 일부 받아들여 '피고가 2010. 12. 1.1) 원고에게 한 2005년 제2기 부가가치세 000원의 부과처분은 원고의 이 사건 사업권 양도대가를 공급대가 000원(000원+000원)으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다'는 결정을 하였다.

바. 이에 따라 피고는 2012. 2. 13. 위 000원의 부과처분을 000원으로 감액 경정하였다(이하 피고가 2010. 12. 1. 원고에게 한 2005년 제2기 부가가치세 000원의 부과처분 중 감액되고 남은 000원 부분을 '이 사건 처분'이라 한다).

[인정 근거] 갑 제1, 2, 4, 5호증, 을 제1호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

피고는 이 사건 사업권 양도대가를 공급대가 000원(000원+000원)으로 보았는데, 당초 원고가 세금계산서를 발행한 000원을 제외한 나머지 000원 부분(이하 '이 사건 쟁점금액'이라 한다)은 원고가 이 사건 사업권 양도대가로 받은 것이 아니다. 이는 이 사건 사업권 양도 계약 체결 당시 토지 매입이 진행 중인 부동산에 대하여 원고가 중도금에 상당하는 대금을 XX개발 대신 지급하고 이를 XX개발로부터 돌려받은 것에 불과하다. 따라서 원고가 위 000원을 XX개발로부터 이 사건 사업권 양도대가로 받았음을 전제로 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 원고와 XX개발 사이에 체결된 2005. 5. 11.자 이 사건 사업권 양도 계약서의 주요 내용은 다음과 같다.

(다음 내용 생략)

2) 한편 원고는 이 사건 사업권 양도 계약 전에 이 사건 사업부지 내 소유자 5명 (서울 광진구 XX동 530-35 및 530-36 토지 소유자 이AA, 같은 동 530-45 토지 소유자 양BB, 같은 동 530-50 토지 소유자 김CC, 같은 동 530-59 토지 소유자 공DD, 같은 동 530-17 토지 소유자 최EE, 이하 '이AA 등'이라 한다)과 부동산매매계약을 체결하였는데, 이 사건 사업권 양도 계약 당시까지 대금 지급이 모두 이루어지지 않아 원고 명의로 소유권이전등기를 마치지는 못하였다. 원고는 이 사건 사업권 양도 계약 이후 2005. 5. 18.부터 2005. 5. 23. 사이에 이AA에게 000원, 양BB에게 000원, 김CC에게 000원, 공DD에게 000원 합계 000원을 위 각 부동산매매계약의 중도금조로 지급하였다.

3) 원고는 2005. 7. 12. XX개발과 이 사건 사업권 양도에 관하여 정산합의(이하 '이 사건 정산합의'라 한다)를 하였는데, 그 주요 내용은 다음과 같다.

(다음 내용 생략)

4) 이 사건 정산합의서 작성 이후 XX개발은 2005. 7. 19.부터 2005. 8. 16.까지 사이에 양BB을 제외한 나머지 소유자들(최EE, 김CC, 공DD, 이AA)에게 원고가 이미 지급한 매매대금을 제외한 나머지 매매대금을 지급하고 해당 토지에 대하여 소유권 이전등기를 마쳤고, 원고는 2005. 9. 6. XX개발로부터 이 사건 정산합의서에서 약정한 000원을 받고 이에 대한 세금계산서를 발행하였다.

5) XX개발은 양BB에게 원고가 이마 지급한 매매대금을 제외한 나머지 매매대금을 지급하고 2005. 9. 16. 양BB 소유 토지에 대하여 소유권이전등기를 마쳤다.

6) 원고는 2005. 11. 4. XX개발과 이 사건 사업권 양도에 관하여 최종 정산합의 (이하 '이 사건 최종 정산합의'라 한다)를 하였는데, 그 주요 내용은 다음과 같다. 원고는 같은 날 XX개발로부터 위 최종 정산합의에 따라 000원(이 사건 쟁점금액인 000원+000원)을 지급받았다.

[인정 근거] 갑 제2, 3, 6, 7 내지 11호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

위 인정 사실에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정을 종합 하면, 이 사건 쟁점금액은 이 사건 사업권의 양도대가가 아니라 이 사건 사업권 양도 계약 이후 XX개발이 이AA 등에게 지급하여야 할 매매대금을 원고가 대신 지급한 금액이라고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 쟁점금액이 이 사건 사업권의 양도대가임을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

① 이 사건 사업권 양도 계약서 제1조 및 제3조에 의하면, 계약의 대상이 된 목적물에는 이 사건 사업권뿐만 아니라 이 사건 사업부지 내 토지(이미 원고 명의로 소유권이전등기를 마친 토지, 원고가 매수인이 되어 매매계약이 체결된 토지 등), 예금채권•채무 등 이 사건 사업과 관련한 일체의 권리가 포함되어 있다. 따라서 이 사건 사업권 양도 계약서에 따라 원고가 XX개발로부터 대금을 지급받았다 하더라도 그 전부가 부가가치세 과세대상이 되는 이 사건 사업권의 양도대가는 아니므로, 이 사건 사업권의 양도대가로 볼 수 없는 이 사건 사업부지의 매입 관련 비용 등은 과세대상에서 제외되어야 한다.

② 이 사건 사업권 양도 계약서 제5조에 의하면, 이 사건 사업권 양도 계약 이후 이 사건 사업부지의 매입대금은 XX개발이 지급하고, 원고는 이미 자신 명의로 체결된 부동산매매계약을 해제함과 동시에 XX개발이 부동산매매계약을 체결하고 소유권 이전등기를 마칠 수 있도록 적극 협조하여야 한다고 기재되어 있으므로, 원고는 이 사건 사업권 양도 계약 이후에는 이 사건 사업부지의 매입대금을 지급할 의무가 없다.

③ 원고는 이 사건 사업권 양도 계약 이후 이AA 등에게 자선과 체결한 각 부동산매매계약의 중도금 조로 합계 000원을 지급하였는바, 이는 원고가 이 사건 사업부지의 매입대금을 지급할 의무가 없음에도 XX개발이 이AA 등과 부동산매매계약을 체결하는데 협조하기 위하여 XX개발을 대신하여 지급한 것으로 보인다.

④ 이후 체결된 이 사건 정산합의서 제1, 2, 4항에 의하면, 원고와 XX개발은 사업지출비용을 정산한 결과 원고에게 이 사건 사업권 양도 계약서에 따른 대금 지급 의무가 없음을 확인하는 한편, XX개발은 이AA 등의 소유 토지에 관하여 XX개발 앞으로 소유권이전등기가 마쳐졌을 때 원고에게 000원을 지급하기로 하되, 다만 양BB 소유 토지를 제외한 토지들에 관한 소유권이 XX개발에 이전된 후 5일 이내 에 000원을, 양BB 소유 토지에 관한 소유권이 XX개발에 이전된 후 5일 이내에 000원을 각 원고에게 지급하기로 한 점에 비추어 볼 때, 위 000원에는 원고가 이AA 등에게 지급한 이 사건 사업부지의 매입대금(그 액수가 명확히 특정되지는 않으나 위 ③, ⑤항과 같은 사정에 비추어 보면 적어도 000원 이상인 것으로 보인다)이 포함되어 있다고 봄이 타당하다.

⑤ 이 사건 최종 정산합의서 제2, 3항에 의하면, 위 000원 중 000원은 이 사건 사업권 양도대가이고, 나머지 000(이 사건 쟁점금액)은 원고가 이 사건 사업부지 매입 및 관련 부대비용으로 발생한 금액을 지급하는 것이라고 기재 되어 있다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용한다.