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대전고등법원 2017.08.30 2017누10942

양도소득세경정거부처분취소

주문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소제기 이후의 소송총비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및...

이유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1990. 4. 23. 대전 유성구 B 답 523㎡에 관하여 원고 명의의 소유권이전등기를 마치고, 2003. 8. 7. 인접 농지인 C 답 67㎡를 위 토지에 합병 후, 위 B 답 590㎡는 그 중 104㎡가 2013. 8. 1. D로 분할되어 486㎡만 남게 되었다

(이하 이처럼 분할되고 남은 위 B 토지를 ‘이 사건 토지’라 한다). 나.

원고는 2014. 9. 5. 이 사건 토지에 관하여 주식회사 부원유앤아이에게 2014. 9. 1.자 매매(거래가액 305,812,000원)를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳐 주었고, 같은 달 26. 피고에게 이 사건 토지가 주거지역 등에 편입된 날(2011. 12. 28.)의 기준시가를 적용하여 감면세액을 29,858,108원으로 계산한 양도소득세를 신고하였다.

다. 그 후 원고는 2014. 12. 31. 피고에게 이 사건 토지에 관하여 환지예정지 지정을 받은 날(2013. 6. 21.)의 기준시가를 적용하여 감면세액을 43,964,080원으로 계산하여야 한다는 이유로, 과다납부한 양도소득세 14,105,972원(= 43,964,080원 - 29,858,108원)을 환급하여 달라는 경정청구를 하였으나, 피고는 2015. 2. 25. 원고에게 ‘당초 신고가 타당하다고 판단되어 원고의 경정청구를 불채택한다’는 거부처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다. 라.

원고는 2015. 4. 15. 조세심판원에 심판을 신청하였으나, 2015. 11. 10. 기각되었다.

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지 이 사건 토지의 경우 8년 이상 자경한 농지로서 연구개발특구의 육성에 관한 특별법(이하 ‘연구개발특구법’이라 한다)에 따라 환지예정지 지정을 받고 그 지정일로부터 3년 이내에 양도하였으므로, 구 조세특례제한법 2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것, 이하 '구...