가. 원고는 조경공사 및 토목사업 등을 영위하고 있는 법인으로, 2009. 7. 23. 소외 ㈜오렌지이엔지와 공동으로 서울특별시 에스에이치공사(‘서울특별시 에스에이치공사 설립 및 운영에 관한 조례’에 따라 서울특별시가 자본금 전액을 출자하여 설립한 지방공기업으로서 이하 ‘SH공사’라 한다)와 사이에 ‘세곡지구 국민임대주택단지 조성사업 조경공사’에 관한 공사도급계약(이하 ‘이 사건 공사도급계약’이라 한다)을 체결한 후, 같은 날 이 사건 공사에 착공하여 2013. 12. 24. 공사를 완료하였다.

나. 원고는 2009년 제2기 ~ 2012년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 SH공사에 조경공사 건설용역을 제공하고, 기성고에 따라 SH공사로부터 지급받은 공사용역 대가 중 전체택지조성면적에 대한 국민주택 단지조성면적 비율로 계산한 금액에 대하여는 이를 면세대상으로 보아 계산서를, 그 외 수입금액에 대하여는 세금계산서를 각 발행하여 해당 과세기간의 부가가치세를 신고하였다.

다. 서울지방국세청장은 2013. 1. 12.부터 같은 해

5. 10.까지 SH공사에 대한 세무조사를 실시하여 원고가 SH공사에 공급한 조경공사(이하 ‘이 사건 조경공사’라 한다) 용역 중 국민주택단지 밖 도로, 조경, 상하수도 건설용역은 부가가치세 과세대상임에도 부가가치세가 면제되는 국민주택건설용역으로 보아 계산서를 발행하였다는 이유로 피고에게 과세자료를 통보하였다. 라.

이에 따라 피고는 2014. 1. 7. 원고에게 부가가치세 2010년 제1기분 63,439,590원, 2010년 제2기분 47,216,610원, 2011년 제1기분 118,957,810원, 2011년 제2기분 122,687,320원, 2012년 제1기분 40,858,910원, 2012년 제2기분 2,659,550원(각 가산세 포함)을 각 경정고지하였다

상세 내역은 별지 1...