가. 원고는 주택 및 상가 신축ㆍ판매업 등을 영위하는 회사로서 2008년경부터 고양시 일산동구 식사동 334 일원의 고양식사 도시개발사업구역 중 A3, A5, E4 블럭에서 ‘위시티블루밍아파트(이하 ‘이 사건 아파트’라고 한다)‘를 신축분양하였고, 2011. 3. 31. 그 작업진행률과 분양률을 기준으로 수입금액을 산정하여 2010년 귀속 법인세를 신고납부하였다.

나. 그런데 그 후 이 사건 아파트의 수분양자들 중 일부가 잔금을 납부하지 않은데다가, E4 블록 내 신축 중이던 상가의 시공사인 벽산건설 주식회사가 부도가 나자, 2011년에는 A3 블록 332세대 및 A5 블록 142세대, 2012년에는 A3 블록 20세대 및 A5 블록 12세대, E4 블록 189세대, 2013년에는 A3 블록 320세대 및 A5 블록 106세대에 관한 분양계약이 해제되었다.

다. 원고는 위 분양계약 해제 건 중 2011년과 2012년에 있었던 501세대에 대한 부분에 관하여 그 계약해제가 국세기본법 시행령 제25조의2 제2호에서 정한 경정청구사유에 해당된다고 주장하면서, 2013. 3. 27. 피고에게 2010년 귀속 법인세 중 4,409, 906,749원의 환급을 구하는 취지의 경정청구를 하였다. 라.

이에 대하여 피고는, 계약해제와 관련된 분양수입금액의 차이는 분양계약 해제일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 산입하여야 하므로 2010년 귀속 법인세에 대한 경정청구사유가 될 수 없다는 이유로 2013. 5. 16. 원고의 경정청구를 거부하였다.

마. 원고는 피고의 위 거부처분에 대하여 불복하여 2013. 8. 20. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 2015. 3. 13. 조세심판원으로부터2011. 12. 31. 이전에 분양계약이 해제된 세대에 대해서만 당초부터 분양이 없었던 것으로 하여 2010년 귀속 법인세의 과세표준 및 세액을 정정하고, 나머지 심판청구를...

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