가. 피고가 2012. 12. 1. 원고에 대하여 한 2010년 귀속 양도소득세 ○○○○원(가산세 포함)의 부과처분 중 ○○○원을 초과하는 부분을 취소한다.

나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송총비용 중 1/2은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

피고가 2012. 12. 1.1) 원고에 대하여 한 2010년 귀속 양도소득세 ○○○○원(가산세 포함. 이하 '이 사건 처분'이라 한다)의 부과처분을 취소한다.

2. 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

이 부분에 관하여 이 법원이 설시할 이유는 다음과 같이 일부 내용을 고치는 것 외에는 제1심 판결의 해당 부분(제1심 판결 제2쪽 제2행 내지 제21행, '1. 처분의 경위'부분) 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

<고치는 부분>

○ 제1심 판결 제2쪽 제15행의 "이 사건 토지를 공동매수한 BBB가" 부분을 "이 사건 토지와 같은 크기의 지분(이하 'BBB의 지분'이라 한다)을 CCC과 공동매수한 BBB가"로 고친다.

2. 원고의 주장 요지

CCC은 소외 BBB와 함께 이 사건 토지 및 BBB의 지분을 3억 6,200만 원에 공동매수하면서 매수대금을 1/2씩 분담하여 1/2씩 지분소유권 이전등기를 하기로 하되, 소외 BBB가 장로로 있는 △△△△△교회의 공금으로 매수대금을 지급한 후 나중에 1억 8,100만 원씩 분담하여 교회에 반환하기로 하였다. 그러나 △△△△△교회가 2003. 8. BBB의 공금 횡령 사실을 알게 되었고 CCC은 △△△△△교회에 이 사건 토지 지분 매수대금에 해당하는 1억 8,100만 원과 지연손해금 4,600만 원을 합한 2억 2,700만 원을 반환하였다. 따라서 이 사건 토지 지분의 실지취득가액은 1억 8,100만원임에도 불구하고 피고가 이와 다른 전제에서 실지취득가액을 알 수 없는 경우에 해당한다며 환산가액을 적용하여 한 이 사건 처분은 위법하다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 인정사실

1) CCC과 BBB는 2002. 11. 25. 소외 □□로부터 이 사건 토지 및 BBB의 지분을 매수하여 각 1,757분의 575.165 지분에 관하여 소유권이전등기를 마쳤는데, 이 때 매수대금의 지급은 △△△△△교회 장로로 있는 BBB를 통해 교회의 공금으로 지급하였다.

2) △△△△△교회는 2003. 8.경 BBB의 공금 유용 사실을 알게 되어 BBB와 CCC에게 이 사건 토지 지분 및 BBB의 지분의 이전을 요구하였고, 이에 따라 BBB의 지분은 2003. 11. 11. 소외 □□□ 장로에게 이전되었으나, 위 교회의 성도가 아닌 CCC은 2003. 9. 16. △△△△△교회의 사무장인 ○○○을 근저당권자로 하여 채권최고액 2억 4,000만 원으로 된 근저당권을 설정하여 주고 매매대금을 반환하거나 지분이전등기를 하지 않았다. △△△△△교회는 2004. 12. 13. ○○○ 명의의 근저당권에 기한 임의경매개시결정을 받았고, 이어 2005. 9. 2. 이 사건 토지 지분에 관하여 소유권이전청구권가등기를 한 뒤 위 임의경매신청을 취하하였다. 결국 CCC은 △△△△△교회에게 2006. 4. 27. 2,700만 원, 2006. 8. 18. 7,000만 원, 2006. 11. 24. 9,000만 원, 2006. 11. 27. 4,000만 원 합계 2억 2,700만 원을 지급한 뒤 2006. 12. 4. ○○○ 명의의 가등기 및 근저당권설정등기를 말소하였다.

3) CCC은 2006. 11. 22. 그 소유의 ○○ ○○구 ○○동 ○○ 대 ○○㎡ 및 그 지상 연와조 세멘와즙 1층 주택 건물(1층 ○○㎡, 지하실 ○○㎡)에 관하여 근저당권자 주식회사 □□은행에게 채권최고액 1억 6,500만 원으로 된 근저당권설정등기를 마쳐주었다. 한편 원고 명의의 ○○ ○○구 ○○로○가 ○○ 대 ○○㎡ 및 그 지상 목조와즙 평가건 주택(건평 10평 3홉)에 관하여 2006. 8. 17. 채권자 주식회사 △△상호저축은행, 채무자 CCC로 된 근저당권설정등기가 경료되었다.

4) 이 사건 토지 지분의 양도인인 □□는 이 사건 제3차 변론기일에 증인으로 출석하여 BBB와 CCC에게 이 사건 토지 지분 및 BBB의 지분 합계 1,757분의 1,150.33(약 282.12평)을 평당 약 120만 원에 양도하였다는 취지로 진술하였다. 한편 □□는 2003. 4. 30. 이 사건 토지 및 BBB의 지분의 양도가액을 기준시가로 적용하여 양도소득세 신고하였으나, 조세특례제한법 제69조에 의해 양도소득세가 감면되었다.

5) CCC의 동생인 DDD는 2013. 8.경 공동매수인이었던 BBB를 만나 이 사건 토지에 관한 계약서, 영수증 등 관련 서류를 확인하였는데, 이에 따르면 2002. 8. 20. 계약금 2,500만 원, 2002. 9. 17. 중도금 1억 5,000만 원, 2002. 9. 23. 잔금 1억 8,700만 원(이 중 7,000만 원은 근저당권 채무 인수) 등 이 사건 토지 및 BBB의 지분의 총 매매대금이 3억 6,200만 원이었으나, 그 후 BBB는 이사 등의 이유로 관련 서류를 찾을 수 없다고 주장하였다.

6) CCC이 이 사건 토지 지분을 취득할 당시 이 사건 토지 지분에 관하여 채권 최고액 9,800만 원, 근저당권자 △△농업협동조합, 채무자 □□로 된 근저당권설정등기와 △△농업협동조합을 지상권자로 하는 지상권설정등기가 되어 있었으나, 2007. 6. 19. 모두 말소되었다.

인정근거다툼 없는 사실, 갑 제6, 7호증, 갑 제9, 10호 증의 각 1, 2, 갑 제11호증, 을 제2호증의 1, 2의 각 기재, 제1심 증인 □□, BBB의 각 증언, 변론 전체의 취지

나. 판단

1) 이 사건 처분의 위법성

원고가 이 사건 토지 지분에 관한 계약서, 영수증 등의 서류를 증거로 제출하지 못하여 이 사건 토지의 취득가액을 알 수 있는 객관적인 증거는 없다. 그러나 앞서 인정한 사실관계에서 알 수 있는 다음과 같은 사정 즉, ① 양도인인 □□가 이 사건 토지를 평당 약 120만 원에 매도하였다고 증언하였는데, 이는 원고가 주장하는 이 사건 토지 지분 및 BBB의 지분의 취득가액 합계 3억 6,200만 원(전체 매매면적 282.12평으로 나누면 평당 약 128만 원)과 비슷한 점, ② CCC이 이 사건 토지 지분 매수대금과 관련하여 △△△△△교회에 반환한 돈이 2억 2,700만 원으로 원고가 주장하는 이 사건 토지 지분의 취득가액 이상인 점, ③ CCC의 동생인 DDD가 공동 매수인이었던 BBB를 만나 확인하였을 때 BBB는 이 사건 토지 지분 및 BBB의 지분의 전체 취득가액은 3억 6,200만 원으로 진술하고 있는데 그 진술이 구체적이고 상세할 뿐만 아니라 그 전체적인 내용을 볼 때 BBB가 이 사건 토지에 관한 매매계약서 및 매매대금 영수증 등을 보면서 진술하고 있는 것으로 보이는바, 이에 의하면 위 전체 매매대금 3억 6,200만 원 중 이 사건 토지 지분에 해당하는 매매대금은 1억 8,100만 원으로 볼 수 있는 점, ④ CCC은 2006. 4. 27.부터 11. 27.까지 △△△△△교회에 2억 2,700만 원을 반환하였는데, 그 무렵인 2006. 8. 17. 원고 명의의 ○○○1가 주택 및 부수토지에 채무자를 CCC로 한 근저당권설정등기가, 2006. 11. 22. CCC 명의의 신림동 주택 및 부수토지에 채무자를 CCC로 한 근저당권설정등기가 경료되어 CCC이 그 무렵 금융기관으로부터 대출을 받아 그 중 일부를 △△△△△교회에 반환하는데 사용하였을 가능성이 있는 점, ⑤ 이 사건 토지 지분 및 BBB의 지분을 취득할 당시 설정되어 있던 □□를 채무자로 한 근저당권설정등기 및 지상권설정등기의 채무자가 CCC이나 BBB로 변경등기 되지 아니하였으나, CCC이 취득한 이후에 말소등기가 마쳐졌고 BBB가 DDD에게 매매대금 중 7,000만 원은 대출금 채무를 인수한 것으로 진술한 사실에 비추어 보면 이 사건 토지 지분의 매수대금 중 일부는 근저당권채무를 인수하는 것으로 하여 지분 취득 이후 변제한 것으로 보이는 점 등을 종합하여 보면, CCC이 지급한 이 사건 토지 지분 실지 취득가액은 1억 8,100만 원으로 인정할 수 있고, 달리 반증이 없다.

따라서 이 사건 토지 지분의 취득가액을 확인할 수 없다는 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하다.

2) 정당한 세액의 계산

나아가 정당한 양도소득세액에 관하여 살펴보면 아래 표와 같다.(생략)

따라서 이 사건 처분 중 정당한 양도소득세액은 ○○○○원이다.

4. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 기각하여야 할 것인바, 제1심 판결은 위와 일부 결론을 달리하여 부당하므로, 피고의 항소를 일부 받아들여, 제1심 판결을 주문과 같이 변경한다.