2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 건축관련 시행업을 영위하는 법인으로서 2000. 1. 5. 소외 유한회사 우일종합건설(이하 ‘소외 회사’라 한다)과 사이에 소외 회사가 서울 성동구 성수2가 231-1 지상 상가건물(이하 ‘이 사건 상가건물’이라 한다)을 신축하는 내용의 공사도급계약을 체결하였다(이하 위 공사를 ‘이 사건 공사’라 한다).

나. 소외 회사가 2001. 6.경 이 사건 상가건물을 완공하자 원고는 위 상가건물의 점포를 분양한 후 2001년 2기 부가가치세를 신고·납부함에 있어 원고가 소외 회사에 2007. 7. 1. 공사대금 56억 원(부가가치세 포함)을 지급하였다는 전제 아래 2001. 7. 1자 소외 회사가 발행한 공급가액 5,090,909,090원, 세액 509,090,910원 합계 56억 원의 세금계산서(갑 제12호증, 이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)를 근거로 위 세금계산서의 세액을 매입세액으로 공제하여 2001년 2기 부가가치세로 1,221,011,211원을 신고·납부하였다.

다. 피고는 원고가 2002. 9. 30.경 당좌거래정지처분을 받음에 따라 2002. 10. 17. 원고에 대해 세무조사를 실시한 다음, 2003. 2. 1. ‘원고가 2001. 7. 1. 소외 회사에 공사대금 56억 원(부가가치세 포함)을 실제로 지급한 사실이 없음에도 마치 지급한 것처럼 허위로 이 사건 세금계산서가 작성되었다’는 이유로 위 세금계산서에 따른 부가가치세의 매입세액 공제 및 법인세의 손금산입을 부인하고, 원고에 대하여 2001년 2기 부가가치세를 1,894,748,960원으로 경정부과하고, 2001사업년도 법인세로 817,106,000원을 수시부과하였다(이하 위 부과처분들을 ‘2003. 2. 1.자 부과처분’이라 한다).

라. 이후 원고는 2006. 4. 17. 소외 회사를 상대로 서울동부지방법원 2006가합5213호 로 부당이득금 반환청구의 소를 제기하면서 소장을 통해 소외 회사가 원고로부터 이 사건 공사와 관련한 부가가치세 509,090,910원을 지급받고도 세무관서에 납부하지 아니하였으므로 위 금원의 반환을 구한다고 주장하였다가 이후 변론 종결일에 이르러 위 주장에는 소외 회사가 공사대금을 초과하여 지급받았으므로 청구취지 기재 금원의 반환을 구하는 취지도 포함되어 있다고 주장하였고, 위 소송이 소외 회사에 대하여 공시송달로 소송서류가 송달되고 변론이 진행된 결과 위 법원은 원고가 변론 종결일에 한 주장을 받아들여 2006. 11. 23. 원고 승소판결을 선고하였으며(인용금액 509,090,910원 및 이에 대한 지연손해금), 위 판결은 2006. 12. 14. 확정되었다(이하 ‘관련 사건 판결’이라 한다). 한편, 원고는 2006. 12. 4. 위 판결문을 송달받았다.

마. 원고는 2007. 2. 5. 피고가 이 사건 세금계산서를 허위세금계산서로 보고, 원고가 200. 7. 1. 소외 회사에 공사대금 56억 원을 지급한 사실이 없는 것으로 인정하여 위 세금계산서에 따른 부가가치세의 매입세액 공제 및 법인세의 손금산입을 부인하여 2003. 2. 1.자 부과처분을 하였으나, 관련 사건 판결의 확정에 따라 원고가 2001. 7. 1. 소외 회사에 공사대금 56억 원을 지급한 사실이 확정되었으므로 이 사건 세금계산서에 따른 부가가치세의 매입세액 공제 및 법인세의 손금산입을 인정하여 2001년 2기 부가가치세를 1,221,011,211원으로, 2001사업년도 법인세를 670,978,424원으로 각 감액해야 한다고 주장하면서, 피고에게 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 에 따른 경정청구를 하였다.

바. 피고는 2007. 3. 26. 관련 사건 판결문 및 원고가 제출한 자료만으로는 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 소정의 후발적 경정사유가 발생하였다고 볼 수 없다는 등의 이유로 원고의 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

사. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2007. 11. 2. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2008. 6. 30. 원고의 심판청구를 각하하는 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 3, 4, 6, 8 내지 11호증, 을 제8호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 주장 및 판단

가. 당사자의 주장

(1) 원고의 주장

원고는 관련 사건 판결에서 2003. 2. 1.자 부과처분의 각 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 행위(원고가 소외 회사에 공사대금 56억 원을 지급하지 않았다는 사실)와 양립할 수 없는 반대사실(원고가 소외 회사에 공사대금 56억 원을 지급하였다는 사실)이 확정되었고, 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 소정의 판결에서 공시송달에 의한 판결을 배제하고 있지 아니한 이상, 이는 후발적 경정청구 사유에 해당하므로, 원고의 후발적 경정청구를 거부한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 피고의 주장

피고는 관련 사건 판결이 소외 회사의 소재불명으로 공시송달로 소송서류가 송달되고 변론이 진행된 결과 2003. 2. 1.자 부과처분의 각 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 행위가 재판과정에서 투명하게 다투어지지 않았으므로, 위 판결의 확정만으로 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 소정의 후발적 경정사유가 발생하였다고 볼 수 없다고 주장한다.

나. 관련 법령

국세기본법 제45조의2 (경정등의 청구)

② 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 제1항 에서 규정하는 기간에 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2월이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고·결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해 기타 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정된 때

③ 제1항 및 제2항 의 규정에 의하여 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2월이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다.

다. 판단

(1) 국세기본법 제45조의2 제2항 의 규정내용과 취지, 실질과세의 원칙과 기간과세의 원칙, 권리의무확정주의, 기타 세법상의 제원칙을 종합할 때, 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 ‘과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에서 판결 등에 의하여 다른 것으로 확정된 때’라 함은 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 재판과정에서 투명하게 다투어졌고 그것이 판결의 주문과 이유에 의하여 객관적으로 확인되는 경우이거나, 그 이외에 의제자백에 의한 판결이나 임의조정, 강제조정, 재판상 화해 등과 같이 판결이나 결정문 자체로는 거래 또는 행위에 대한 판단을 알 수 없더라도 거래 또는 행위 등이 재판과정에서 투명하게 다투어 졌고 그 결론에 이르게 된 경위가 조서 등에 의하여 쉽게 확정할 수 있고, 조세회피의 목적이 없다고 인정되는 경우만을 한정한다고 해석함이 상당하다.

(2) 그런데, 관련 사건 판결(갑 제6호증)은 원고와 소외 회사 사이에 이 사건 공사와 관련하여 체결한 공사계약 및 추가공사계약에 따른 공사대금이 135억 원인데, 원고가 2000. 5.경부터 2002. 1.경 사이에 소외 회사에 금 16,079,023,500원을 지급한 사실을 인정하고, 원고가 소외 회사에 지급한 위 금원 중 약정공사대금을 초과하는 부분은 부당이득이므로 소외 회사는 원고에게 원고가 구하는 금 509,090,910원 및 이에 대한 지연손해금을 지급할 의무가 있다고 판결한 것이고, 여기에 앞서 본 관련 사건의 소송경과 등을 더하여 보면, 2003. 2. 1.자 부과처분의 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 행위, 즉 원고가 이 사건 세금계산서 내용대로 2001. 7. 1. 소외 회사에 공사대금으로 56억 원을 실제로 지급하였는지 여부가 재판 과정에서 대립된 당사자 사이에 투명하게 다투어졌다고 보기도 어렵고, 판결의 주문이나 이유에서 명확히 판단되었다고 볼 수도 없다.

또한, 갑 제13호증의 1 내지 6의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고는 관련 사건에서 2001. 7. 1. 소외 회사에 공사대금 56억 원을 지급하였다는 점을 입증할 만한 금융자료 등 객관적이고 합리적인 자료를 제출하지 못하고 있는 점, ② 원고가 소외 회사로부터 이 사건 공사와 관련하여 수취한 세금계산서 중 피고가 정상적인 세금계산서로 인정한 것(갑 제13호증의 1 내지 6)은 공급받는 자란에 소외 회사의 상호 등이 수기로 기재되어 있고, 공급가액 및 세액란에 인장이 날인되어 있으며, 품목란에 성동마트 기성금이라고 기재되어 있는 반면에, 피고가 허위계산서로 인정한 이 사건 세금계산서는 공급받는 자란에 소외 회사의 고무인이 날인되어 있고, 공급가액 및 세액란에 인장도 날인되어 있지 않으며, 품목란에도 공사대금이라고만 기재되어 있어 양자가 확연히 구별되는 점, ③ 원고가 관련 사건에서 법원에 제출한 대부분의 자료는 어렵지 않게 수집할 수 있는 자료로 보여서 위 자료들을 근거로 2003. 2. 1.자 부과처분에 대하여 불복할 수 있었을 것으로 보임에도 이를 하지 않은 점, ④ 원고의 대표이사 소외 2가 별건 형사사건에서 이 사건 공사계약의 공사대금이 92억 원이라고 진술하였다가 이를 번복하여 공사대금이 136억 원이라고 진술하였고, 관련 사건 소장에서는 공사대금이 135억 원이라고 진술하는 등 이 사건 공사대금의 규모에 대한 진술이 일관되지 않은 점 등에 비추어 보더라도, 위 관련 사건 판결에서 인정된 사실만으로는 이 사건 세금계산서가 진정한 것으로 확정되었다거나 원고가 2001. 7. 1. 소외 회사에 공사대금으로 56억 원을 지급하였다고 단언할 수 없고, 달리 이 점을 인정할 만한 아무런 증거도 없다.

따라서, 관련 사건 판결의 확정이 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 소정의 후발적 경정청구사유에 해당한다는 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

판사 한승(재판장) 정성완 장종철

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